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- PDB-5jmf: Heparinase III-BT4657 gene product -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jmf
タイトルHeparinase III-BT4657 gene product
要素Heparinase III protein
キーワードLYASE / HeparinaseIII / BT4657 gene product / Bacteroides thetaiotaomicron
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Heparin-sulfate lyase, N-terminal / : / Heparinase II/III N-terminus / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #70 / Heparinase II/III-like / Heparinase II/III-like, C-terminal / Chondroitin AC/alginate lyase / Chondroitin AC/alginate lyase / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Glycosyltransferase ...Heparin-sulfate lyase, N-terminal / : / Heparinase II/III N-terminus / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #70 / Heparinase II/III-like / Heparinase II/III-like, C-terminal / Chondroitin AC/alginate lyase / Chondroitin AC/alginate lyase / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Distorted Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Heparinase III protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.854 Å
データ登録者Ulaganathan, T.S. / Shi, R. / Yao, D. / Garron, M.-L. / Cherney, M. / Cygler, M.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2017
タイトル: Conformational flexibility of PL12 family heparinases: structure and substrate specificity of heparinase III from Bacteroides thetaiotaomicron (BT4657).
著者: Ulaganathan, T. / Shi, R. / Yao, D. / Gu, R.X. / Garron, M.L. / Cherney, M. / Tieleman, D.P. / Sterner, E. / Li, G. / Li, L. / Linhardt, R.J. / Cygler, M.
履歴
登録2016年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Database references
改定 1.22017年1月18日Group: Database references
改定 1.32017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.42018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.52024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heparinase III protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3314
ポリマ－77,0921
非ポリマー2393
水9,656536
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area390 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area27830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.690, 45.741, 80.514
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.05, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1202-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Heparinase III protein


分子量: 77092.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482 / 遺伝子: BT_4657 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q89YS4
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.12 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG 3350, 100mM Bis-Tris pH 5.5, 200mM Magnesium chloride,500mM NDSB-201 as additive inn crystallization drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→20.503 Å / Num. obs: 58055 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 27.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.854→20.503 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2032 2903 5.07 %
Rwork0.1646 --
obs0.1665 57221 98.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.854→20.503 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5213 0 15 536 5764
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015441
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9837378
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0673175
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06744
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007953
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8541-1.88450.2521200.2512286X-RAY DIFFRACTION89
1.8845-1.9170.26461230.23192570X-RAY DIFFRACTION98
1.917-1.95180.26421270.21912523X-RAY DIFFRACTION98
1.9518-1.98930.25431460.21282590X-RAY DIFFRACTION99
1.9893-2.02990.2741290.19872522X-RAY DIFFRACTION98
2.0299-2.0740.26041240.1922601X-RAY DIFFRACTION99
2.074-2.12220.22991340.18512568X-RAY DIFFRACTION99
2.1222-2.17520.23681500.17262592X-RAY DIFFRACTION99
2.1752-2.23390.22411340.16552564X-RAY DIFFRACTION99
2.2339-2.29960.19461460.17082587X-RAY DIFFRACTION99
2.2996-2.37370.22031580.16112600X-RAY DIFFRACTION100
2.3737-2.45840.2611190.18972597X-RAY DIFFRACTION100
2.4584-2.55660.25391480.18142609X-RAY DIFFRACTION100
2.5566-2.67280.23871360.18232632X-RAY DIFFRACTION100
2.6728-2.81340.21471550.17172600X-RAY DIFFRACTION100
2.8134-2.98910.19981300.17492634X-RAY DIFFRACTION100
2.9891-3.21910.20011590.16392626X-RAY DIFFRACTION100
3.2191-3.54160.18691490.15142618X-RAY DIFFRACTION100
3.5416-4.05060.16971590.14252627X-RAY DIFFRACTION100
4.0506-5.09040.15531080.12992714X-RAY DIFFRACTION100
5.0904-20.50410.1911490.16452658X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.76050.19420.36552.23010.55112.04680.2049-0.7632-0.67070.57390.0622-0.12330.5888-0.0621-0.14940.43910.0125-0.01880.37990.16850.402928.215118.891464.4618
24.1107-1.8531-0.67110.3389-0.1535-0.2944-0.0773-0.03840.05670.06470.03470.0277-0.0549-0.03470.03180.21590.0128-0.00180.2397-0.04650.24452.753624.991651.7444
32.8941-0.34940.79131.85990.04472.0017-0.0803-0.28780.11080.2448-0.0205-0.1843-0.06840.01460.06640.1579-0.0017-0.00270.1929-0.00990.178482.8921.405961.1693
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 21 through 245 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 246 through 395 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 396 through 666 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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