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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jme | ||||||
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タイトル | Crystal structure of acetylcholine binding protein (AChBP) from Aplysia Californica in complex with alpha-conotoxin PeIA | ||||||
要素 |
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キーワード | ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN / AChBP / Conotoxin (コノトキシン) / Nicotinic | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / : / response to nicotine / toxin activity / neuron projection / シナプス / extracellular region ...host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / acetylcholine receptor activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / : / response to nicotine / toxin activity / neuron projection / シナプス / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aplysia californica (ジャンボアメフラシ) Conus pergrandis (エンマノイモ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.336 Å | ||||||
データ登録者 | Bobango, J. / Sankaran, B. / McIntosh, J.M. / Talley, T.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of acetylcholine binding protein (AChBP) from Aplysia Californica in complex with alpha-conotoxin PeIA 著者: Bobango, J. / McIntosh, J.M. / Sankaran, B. / Talley, T.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5jme.cif.gz | 227.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5jme.ent.gz | 180.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5jme.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/5jme ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/5jme | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4ez1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26212.105 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 18-236 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aplysia californica (ジャンボアメフラシ) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WSF8 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1656.908 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: C-terminal is aminated / 由来: (合成) Conus pergrandis (エンマノイモ) / 参照: UniProt: Q1L777*PLUS #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.18 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 0.25 M magnesium chloride, 20% w/v PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.336→48.821 Å / Num. obs: 66090 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 14.75 % / Biso Wilson estimate: 36.0398620104 Å2 / Net I/σ(I): 3.51 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4EZ1 解像度: 2.336→48.821 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.13 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 99.75 Å2 / Biso mean: 39.913 Å2 / Biso min: 18.69 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.336→48.821 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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