PDB-5jma: Crystal structure of Mycobacterium avium SerB2 in complex with se...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jma

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium avium SerB2 in complex with serine at catalytic (PSP) domain

要素

Phosphoserine phosphatase

キーワード

HYDROLASE / HAD family / phosphoserine phosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoserine phosphatase / L-phosphoserine phosphatase activity / L-serine biosynthetic process / dephosphorylation / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium avium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Shree, S. / Dubey, S. / Agrawal, A. / Ramachandran, R.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Mycobacterium avium SerB2 in complex with serine at catalytic (PSP) domain
著者: Shree, S. / Ramachandran, R.

履歴

登録	2016年4月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jma.cif.gz	165.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jma.ent.gz	129 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jma.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jma_validation.pdf.gz	453 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jma_full_validation.pdf.gz	455.7 KB	表示
XML形式データ	5jma_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	5jma_validation.cif.gz	23.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/5jma ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/5jma	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3p96S 5jlp 5jlr S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5jlp-1 3p96-1 5jlr-1 5it4-1 5jjb-1 5it0-1 5is2-1 5mhl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (2) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Phosphoserine phosphatase

ヘテロ分子

42 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoserine phosphatase

ヘテロ分子

A: Phosphoserine phosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
84.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.968, 109.645, 134.246
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Phosphoserine phosphatase / PSPase / O-phosphoserine phosphohydrolase 分子量: 41787.820 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 5-400 / 変異: G31R / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium avium (strain 104) (バクテリア) 株: 104 / 遺伝子: serB, MAV_3907 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QJI1, phosphoserine phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-SER / SERINE / セリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₃
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.33 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 25% PEG 8000, 0.1 M Magnesium acetate, 0.1 M HEPES pH 6.6, 0.1 - 0.5 M ortho phospho L- serine.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→33.561 Å / Num. obs: 58573 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.7 % / Net I/σ(I): 11.529
反射シェル	解像度: 2.03→2.1 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3P96

3p96

解像度: 2.03→33.561 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.63
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2559	3806	6.5 %
R_work	0.2103	-	-
obs	0.2132	58573	99.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 152.08 Å² / B_iso mean: 49.6018 Å² / B_iso min: 21.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.03→33.561 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2854	0	16	108	2978
B_iso mean	-	-	58.98	55.66	-
残基数	-	-	-	-	396

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2901
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.998	3955
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	502
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	515
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.434	1010

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0299-2.0556	0.3854	129	0.3788	1898	2027	91
2.0556-2.0826	0.4323	138	0.3649	1951	2089	98
2.0826-2.1111	0.3779	139	0.3416	2029	2168	99
2.1111-2.1413	0.3705	139	0.3072	2035	2174	99
2.1413-2.1732	0.3337	133	0.2961	2007	2140	99
2.1732-2.2072	0.2881	146	0.2885	2056	2202	99
2.2072-2.2434	0.3184	140	0.2748	2027	2167	99
2.2434-2.282	0.3171	146	0.281	2005	2151	99
2.282-2.3235	0.3095	141	0.2441	2043	2184	99
2.3235-2.3682	0.286	145	0.2453	2062	2207	100
2.3682-2.4165	0.2671	139	0.2357	1971	2110	100
2.4165-2.4691	0.2744	145	0.2155	2082	2227	100
2.4691-2.5265	0.2752	137	0.2223	2019	2156	100
2.5265-2.5896	0.2775	143	0.2102	2061	2204	100
2.5896-2.6596	0.2903	144	0.2174	2029	2173	100
2.6596-2.7379	0.2863	144	0.2231	2030	2174	100
2.7379-2.8262	0.2552	136	0.2083	2035	2171	100
2.8262-2.9271	0.3006	144	0.2134	2030	2174	100
2.9271-3.0443	0.2903	146	0.2027	2056	2202	100
3.0443-3.1827	0.2178	139	0.1916	2066	2205	100
3.1827-3.3504	0.2474	145	0.1871	2012	2157	100
3.3504-3.5601	0.2539	144	0.1788	2060	2204	100
3.5601-3.8346	0.2383	140	0.1853	2037	2177	100
3.8346-4.2198	0.2103	139	0.1691	2062	2201	100
4.2198-4.8289	0.1845	142	0.1722	2015	2157	100
4.8289-6.078	0.2436	138	0.2062	2044	2182	100
6.078-33.5661	0.2265	145	0.1917	2045	2190	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -5.2245 Å / Origin y: -11.038 Å / Origin z: -38.7809 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3679 Å²	-0.1228 Å²	0.0062 Å²	-	0.2976 Å²	-0.0044 Å²	-	-	0.2747 Å²
L	0.8463 °²	0.7225 °²	1.2151 °²	-	1.2866 °²	1.2496 °²	-	-	2.2366 °²
S	-0.0738 Å °	0.1528 Å °	-0.0865 Å °	-0.2407 Å °	0.1341 Å °	0.0042 Å °	-0.0209 Å °	0.19 Å °	-0.0653 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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