PDB-5jlv: Receptor binding domain of Botulinum neurotoxin A in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jlv

タイトル

Receptor binding domain of Botulinum neurotoxin A in complex with human glycosylated SV2C

要素

Botulinum neurotoxin type A
Synaptic vesicle glycoprotein 2C

キーワード

HYDROLASE / glycosylation / botulinum neurotoxin / receptor binding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

Toxicity of botulinum toxin type F (botF) / Toxicity of botulinum toxin type D (botD) / host cell junction / Toxicity of botulinum toxin type A (botA) / negative regulation of neurotransmitter secretion / bontoxilysin / dopaminergic synapse / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / neurotransmitter transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Yao, G. / Zhang, S. / Mahrhold, S. / Lam, K. / Stern, D. / Bagramyan, K. / Perry, K. / Kalkum, M. / Rummel, A. / Dong, M. / Jin, R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: N-linked glycosylation of SV2 is required for binding and uptake of botulinum neurotoxin A.
著者: Yao, G. / Zhang, S. / Mahrhold, S. / Lam, K.H. / Stern, D. / Bagramyan, K. / Perry, K. / Kalkum, M. / Rummel, A. / Dong, M. / Jin, R.

履歴

登録	2016年4月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月3日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月27日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jlv.cif.gz	467.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jlv.ent.gz	383.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jlv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5jlv_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jlv_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5jlv_validation.xml.gz	45.5 KB	表示
CIF形式データ	5jlv_validation.cif.gz	65.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/5jlv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/5jlv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5jmcC 3fuoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jmc-2 4jra-2 5jmc-4 5jmc-1 5jmc-3 5mfc-1 3tg1-d 4jra-1 2w68-d 6es1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (8) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (6) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Botulinum neurotoxin type A

B: Botulinum neurotoxin type A

C: Synaptic vesicle glycoprotein 2C

D: Synaptic vesicle glycoprotein 2C

ヘテロ分子

129 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Botulinum neurotoxin type A

C: Synaptic vesicle glycoprotein 2C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Botulinum neurotoxin type A

D: Synaptic vesicle glycoprotein 2C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.002, 111.853, 126.253
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.29, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1619- HOH

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Botulinum neurotoxin type A / BoNT/A / Bontoxilysin-A / BOTOX 分子量: 49877.488 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 872-1296 / 変異: T1158A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: botA, atx, bna / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10845, UniProt: P0DPI1*PLUS, bontoxilysin
#2: タンパク質	Synaptic vesicle glycoprotein 2C 分子量: 13590.926 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 473-567 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SV2C, KIAA1054 / 発現宿主: Mammalian expression vector pCBio (その他) / 参照: UniProt: Q496J9

#1: タンパク質

Botulinum neurotoxin type A / BoNT/A / Bontoxilysin-A / BOTOX

分子量: 49877.488 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 872-1296 / 変異: T1158A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
遺伝子: botA, atx, bna / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10845, UniProt: P0DPI1*PLUS, bontoxilysin

#2: タンパク質

Synaptic vesicle glycoprotein 2C

分子量: 13590.926 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 473-567 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SV2C, KIAA1054 / 発現宿主: Mammalian expression vector pCBio (その他) / 参照: UniProt: Q496J9

-
糖 , 3種, 3分子

#3: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#7: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 665分子

#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 659 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.83 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium phosphate monobasic, 4% polypropylene glycol P 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→123.809 Å / Num. obs: 99668 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 2.9 % / Net I/σ(I): 6.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3FUO

3fuo

解像度: 2→123.809 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.54

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2158	4975	4.99 %
R_work	0.1755	-	-
obs	0.1776	99659	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→123.809 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8677	0	27	659	9363

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	8965
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.003	12123
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.775	3336
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	1306
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1553

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.2848	155	0.2537	3146	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0227-2.0465	0.2721	144	0.2385	3198	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0465-2.0715	0.2883	172	0.237	3137	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0715-2.0977	0.2892	163	0.2263	3170	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0977-2.1253	0.2456	158	0.2175	3159	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1253-2.1544	0.2648	144	0.2181	3175	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1544-2.1852	0.2548	171	0.2192	3153	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1852-2.2178	0.2819	161	0.2134	3159	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2178-2.2525	0.2417	154	0.2131	3172	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2525-2.2894	0.2577	166	0.2076	3179	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2894-2.3289	0.2625	184	0.214	3098	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3289-2.3713	0.2621	167	0.2067	3218	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3713-2.4169	0.2719	161	0.1947	3148	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4169-2.4662	0.2379	159	0.1964	3150	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4662-2.5198	0.2041	171	0.201	3180	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5198-2.5785	0.2493	171	0.1955	3158	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5785-2.6429	0.277	162	0.2059	3123	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6429-2.7144	0.2347	146	0.195	3204	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7144-2.7943	0.2397	188	0.1939	3180	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7943-2.8845	0.2409	152	0.1839	3164	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8845-2.9876	0.2298	182	0.18	3146	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9876-3.1072	0.2043	171	0.1694	3164	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1072-3.2486	0.2044	169	0.1779	3155	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2486-3.4199	0.2152	183	0.1714	3151	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4199-3.6342	0.2089	168	0.1551	3165	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6342-3.9148	0.1846	182	0.1519	3159	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9148-4.3088	0.1673	190	0.1386	3151	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3088-4.9323	0.1574	163	0.1243	3162	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9323-6.2142	0.1961	171	0.1571	3167	X-RAY DIFFRACTION	99
6.2142-124.0464	0.2215	147	0.1837	2993	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4285	-0.1202	-0.3298	1.6471	0.5475	3.9314	0.0119	-0.5733	0.1046	0.1516	0.1341	-0.0527	-0.4573	0.7945	0.0216	0.2033	-0.2511	0.0047	0.2571	-0.0065	0.1758	16.3501	30.9918	273.0494
2	0.7069	-0.0386	0.1645	3.9996	-0.7382	1.0041	0.0994	0.0278	-0.1193	-0.0643	-0.148	-0.0357	0.1164	0.0066	0.0025	0.2269	-0.0985	-0.0021	0.2083	0.0316	0.2777	-3.3311	3.2344	267.0681
3	3.8827	0.4068	0.5396	2.2593	0.2031	3.3313	-0.0495	-0.2857	0.537	-0.0251	-0.068	0.6185	-0.2858	-0.532	0.0486	0.3261	-0.0086	0.0034	0.7752	-0.0385	0.4874	-67.2797	26.4668	293.2051
4	2.8684	-0.3144	-0.288	2.1027	0.409	2.6045	0.1182	-0.3732	-1.0132	0.1319	-0.2074	0.3227	0.5285	-0.722	0.0106	0.2625	-0.2835	-0.0378	0.3979	0.082	0.4692	-56.8904	12.0454	289.4646
5	2.4001	0.7837	-0.2094	2.2583	0.1294	1.3457	-0.0374	0.0988	0.1114	-0.2341	-0.1693	0.4152	-0.0425	-0.538	-0.0768	0.2255	-0.0612	-0.0297	0.3234	-0.0044	0.2403	-56.91	25.0419	282.7152
6	1.9858	0.5322	-0.0026	2.5957	-0.6321	1.3284	0.0755	-0.0583	-0.0357	0.0465	-0.2058	-0.4552	-0.0962	0.2296	0.054	0.2498	-0.0872	-0.0161	0.2689	0.0393	0.3052	-30.9681	32.2325	286.3211
7	2.7637	1.0813	0.2054	3.0458	-0.3859	2.1101	-0.2426	-0.3907	0.6422	0.4778	-0.0736	-0.0812	-0.3553	-0.0043	-0.0218	0.3354	-0.097	-0.0118	0.2271	-0.0436	0.292	-37.8929	45.9968	289.5466
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10	2.1574	-0.2478	-0.3793	4.03	-2.527	3.9422	0.1451	0.1403	0.0231	-0.1591	-0.0249	0.0811	0.0445	-0.0656	-0.0594	0.1819	-0.0755	-0.0121	0.2123	0.0164	0.2351	-37.7166	32.2011	280.7836
11	9.9033	-6.9528	-3.8842	4.8948	2.6155	2.2091	0.4184	-0.027	1.125	-0.2659	0.1997	-0.4797	-0.5229	0.0439	-0.1803	0.5426	-0.0164	0.1183	0.5974	-0.0052	0.4545	-30.4771	32.4965	261.0649
12	3.9905	-1.1661	0.2872	2.143	1.8682	2.135	0.2128	-0.2327	-0.2932	0.1825	0.0298	0.1736	0.0563	-0.2731	-0.126	0.3926	-0.0456	-0.0299	1.1183	-0.0253	0.6412	-32.7931	24.5705	247.0042
13	2.4899	-1.9966	1.5556	4.8215	-3.9068	3.157	-0.0452	-0.1177	0.0062	0.4666	0.0443	0.4386	-0.2234	-0.7379	-0.1292	0.3748	0.1036	0.0898	0.5193	0.0506	0.4157	-26.8794	34.2739	254.9281
14	3.8046	0.0585	1.3775	2.0418	-0.0636	6.4923	0.3032	0.1464	-0.1203	0.1193	-0.2319	0.324	0.0582	-0.8529	-0.0358	0.176	0.0676	0.039	0.3594	0.036	0.2485	-22.734	28.1146	250.3829
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18	2.459	-1.7776	2.937	2.279	-0.6582	5.574	-0.0645	-0.133	-0.2066	-0.0353	0.0907	-0.2596	-0.3249	0.3191	0.0211	0.3345	-0.088	-0.1245	0.5719	0.0374	0.5455	-13.1163	17.6379	304.7303
19	2.6255	-1.8091	3.1701	2.7911	-1.0508	5.2595	0.18	-1.0915	-1.5659	0.1752	0.311	-0.1486	0.6143	-0.0471	-0.4061	0.3085	-0.0489	-0.1601	0.5283	0.1426	0.6289	-17.4118	11.577	305.5523
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21	2.1881	-1.0923	2.9609	1.8203	-0.6943	4.4428	0.5201	-0.1153	-1.6199	-0.0088	0.4484	-0.2362	0.8502	0.2381	-0.4233	0.3702	-0.0089	-0.2117	0.4357	0.0306	0.8215	-17.0657	9.5235	300.4949
22	2.0119	-0.8464	0.5547	1.5549	-1.204	8.6329	-0.1593	0.1099	0.3892	-0.0236	0.0837	-0.1726	-0.7401	0.1742	0.0909	0.4113	-0.1047	-0.0362	0.4015	0.0838	0.3646	-22.5486	20.9755	296.5437
23	6.9128	2.8903	0.0301	3.3918	4.1103	7.6874	0.208	1.269	-1.2063	-0.2483	0.3928	-0.5072	0.0675	0.4744	-0.4471	0.5506	-0.3054	-0.0971	1.1114	0.0943	0.4884	-14.2731	16.9292	290.832
24	9.9274	-6.5501	2.4576	4.4253	-0.7252	8.3442	0.6356	0.288	-0.8022	-0.4514	0.1708	-0.3463	1.1896	0.8229	-0.8215	0.516	-0.0202	-0.2106	0.5369	-0.1853	0.7454	-17.3035	6.9629	294.855
25	4.571	-5.2241	2.3212	6.6951	-0.4966	7.5456	0.1201	-0.0422	-0.5201	-0.323	-0.0111	0.0867	0.1214	0.2421	-0.3545	0.3256	-0.0278	-0.0779	0.378	0.0619	0.4132	-25.1339	17.0822	294.2507

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 870 through 1102 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1103 through 1296 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 870 through 906 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 907 through 1065 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1066 through 1102 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1103 through 1164 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1165 through 1194 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1195 through 1225 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1226 through 1268 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1269 through 1296 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 470 through 483 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 484 through 489 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 490 through 499 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 500 through 538 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 539 through 566 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 474 through 479 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 480 through 489 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 490 through 509 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 510 through 518 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 519 through 528 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 529 through 538 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 539 through 543 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 544 through 548 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 549 through 555 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 556 through 564 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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