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- PDB-5jk4: Phosphate-Binding Protein from Stenotrophomonas maltophilia. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jk4
タイトルPhosphate-Binding Protein from Stenotrophomonas maltophilia.
要素Alkaline phosphatase
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Periplasmic binding protein / pyroglutamate / phosphate / low-barrier hydrogen bond / hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


alkaline phosphatase / alkaline phosphatase activity
類似検索 - 分子機能
: / PBP domain / PBP superfamily domain / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Alkaline phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Stenotrophomonas maltophilia R551-3 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Keegan, R. / Waterman, D. / Hopper, D. / Coates, L. / Guo, J. / Coker, A.R. / Erskine, P.T. / Wood, S.P. / Cooper, J.B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: The 1.1 angstrom resolution structure of a periplasmic phosphate-binding protein from Stenotrophomonas maltophilia: a crystallization contaminant identified by molecular replacement ...タイトル: The 1.1 angstrom resolution structure of a periplasmic phosphate-binding protein from Stenotrophomonas maltophilia: a crystallization contaminant identified by molecular replacement using the entire Protein Data Bank.
著者: Keegan, R. / Waterman, D.G. / Hopper, D.J. / Coates, L. / Taylor, G. / Guo, J. / Coker, A.R. / Erskine, P.T. / Wood, S.P. / Cooper, J.B.
履歴
登録2016年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月3日Group: Database references
改定 1.22016年8月17日Group: Database references
改定 2.02020年3月11日Group: Atomic model / Data collection / Polymer sequence / カテゴリ: atom_site / entity_poly / pdbx_nonpoly_scheme
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkaline phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4152
ポリマ－38,3201
非ポリマー951
水13,025723
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area14150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.729, 77.856, 56.287
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Alkaline phosphatase


分子量: 38320.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Stenotrophomonas maltophilia R551-3 (バクテリア)
参照: UniProt: B4SL31, alkaline phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO4
由来: (天然) Stenotrophomonas maltophilia R551-3 (バクテリア)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 723 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.7 % / 解説: Plate-like needle.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 15 % w/v PEG 8K, 100 mM TRIS pH 8.0, 10 mM sodium formate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→44.94 Å / Num. obs: 120995 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 5.3 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.1→1.12 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.631 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 85.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
DIALSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2q9t

2q9t


解像度: 1.1→38.928 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 10.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1246 5944 4.92 %
Rwork0.1015 --
obs0.1026 120754 93.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→38.928 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2705 0 5 723 3433
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062816
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9613859
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.903973
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008504
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1-1.11250.19411710.18733471X-RAY DIFFRACTION85
1.1125-1.12560.20551960.16363692X-RAY DIFFRACTION91
1.1256-1.13930.15071580.14773688X-RAY DIFFRACTION90
1.1393-1.15370.15491830.14033752X-RAY DIFFRACTION92
1.1537-1.16890.16951920.13653694X-RAY DIFFRACTION91
1.1689-1.18490.14872030.13643688X-RAY DIFFRACTION91
1.1849-1.20190.15922060.13293732X-RAY DIFFRACTION92
1.2019-1.21980.16161940.12963774X-RAY DIFFRACTION91
1.2198-1.23890.15362070.12383674X-RAY DIFFRACTION93
1.2389-1.25920.13622170.11963744X-RAY DIFFRACTION92
1.2592-1.28090.13791990.11613767X-RAY DIFFRACTION93
1.2809-1.30420.13561900.10933781X-RAY DIFFRACTION92
1.3042-1.32930.12572040.10563768X-RAY DIFFRACTION94
1.3293-1.35640.13191770.10533852X-RAY DIFFRACTION93
1.3564-1.38590.1352140.1013764X-RAY DIFFRACTION94
1.3859-1.41810.12131850.09563878X-RAY DIFFRACTION94
1.4181-1.45360.13342060.09163830X-RAY DIFFRACTION94
1.4536-1.49290.1152030.08943828X-RAY DIFFRACTION95
1.4929-1.53680.11641910.08563848X-RAY DIFFRACTION95
1.5368-1.58650.11742090.08533862X-RAY DIFFRACTION95
1.5865-1.64320.11791960.08393897X-RAY DIFFRACTION95
1.6432-1.70890.11341900.08733882X-RAY DIFFRACTION96
1.7089-1.78670.10821900.08473943X-RAY DIFFRACTION96
1.7867-1.88090.10322170.08783933X-RAY DIFFRACTION96
1.8809-1.99880.10651810.08743950X-RAY DIFFRACTION97
1.9988-2.15310.10642250.08643948X-RAY DIFFRACTION97
2.1531-2.36970.10012190.08663964X-RAY DIFFRACTION97
2.3697-2.71250.11952030.09384016X-RAY DIFFRACTION98
2.7125-3.41720.11112020.10054066X-RAY DIFFRACTION99
3.4172-38.95220.13812160.10864124X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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