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- PDB-5jjk: Rho transcription termination factor bound to rA7 and 6 ADP-BeF3 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jjk
タイトルRho transcription termination factor bound to rA7 and 6 ADP-BeF3 molecules
要素
  • Transcription termination factor Rho
  • rA12: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
キーワードTRANSCRIPTION/RNA / protein-RNA complex / TRANSCRIPTION-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent activity, acting on RNA / helicase activity / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription termination factor Rho / Rho termination factor, N-terminal / Rho termination factor, RNA-binding domain / Transcription termination factor Rho, ATP binding domain / Rho termination factor, RNA-binding domain / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho RNA-binding domain profile. / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho termination factor, N-terminal domain superfamily / Cold shock domain ...Transcription termination factor Rho / Rho termination factor, N-terminal / Rho termination factor, RNA-binding domain / Transcription termination factor Rho, ATP binding domain / Rho termination factor, RNA-binding domain / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho RNA-binding domain profile. / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho termination factor, N-terminal domain superfamily / Cold shock domain / Cold shock protein domain / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / RNA / RNA (> 10) / Transcription termination factor Rho / Transcription termination factor Rho
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Thomsen, N.D. / Lawson, M.R. / Witkowsky, L.B. / Qu, S. / Berger, J.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071747 米国
G. Harold and Leila Y. Mathers Foundation 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2016
タイトル: Molecular mechanisms of substrate-controlled ring dynamics and substepping in a nucleic acid-dependent hexameric motor.
著者: Thomsen, N.D. / Lawson, M.R. / Witkowsky, L.B. / Qu, S. / Berger, J.M.
履歴
登録2016年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Structure summary
改定 1.22016年12月28日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.62023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.72024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription termination factor Rho
B: Transcription termination factor Rho
C: Transcription termination factor Rho
D: Transcription termination factor Rho
E: Transcription termination factor Rho
F: Transcription termination factor Rho
G: rA12: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,70825
ポリマ－291,6037
非ポリマー3,10518
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.760, 199.210, 112.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.830, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 7分子 ABCDEFG

#1: タンパク質
Transcription termination factor Rho / ATP-dependent helicase Rho


分子量: 47949.500 Da / 分子数: 6 / 変異: N-terminal MGH insertion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: rho, Z5293, ECs4716 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS
参照: UniProt: P0AG32, UniProt: P0AG30*PLUS, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: RNA鎖 rA12: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')


分子量: 3905.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 37分子

#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 / 詳細: 200 mM KOAc, 40% MPD, 0.5% ethyl acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→49.803 Å / Num. obs: 49848 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 65.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 3.15→3.26 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JJI

5jji


解像度: 3.15→49.803 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.7
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2649 2514 5.04 %Random
Rwork0.2334 ---
obs0.235 49847 98.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 205.92 Å2 / Biso mean: 80.4692 Å2 / Biso min: 21.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.15→49.803 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18696 155 192 19 19062
Biso mean--69.91 64.5 -
残基数----2385
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00919380
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5626134
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042984
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033334
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.52211900
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.15-3.21060.32991460.323326572803100
3.2106-3.27610.32121390.31012625276499
3.2761-3.34730.38731410.315926132754100
3.3473-3.42520.34011360.28582667280399
3.4252-3.51080.29491440.2682625276999
3.5108-3.60570.31961450.26992630277599
3.6057-3.71180.29081330.28382600273399
3.7118-3.83150.28411410.26172671281299
3.8315-3.96840.25941420.23272581272399
3.9684-4.12730.2671350.22192647278299
4.1273-4.3150.24151420.2132645278799
4.315-4.54230.23281320.21152609274199
4.5423-4.82670.26881480.19262627277599
4.8267-5.1990.22951390.19932615275499
5.199-5.72150.28091360.22812662279899
5.7215-6.54790.26111380.23292619275799
6.5479-8.24360.22671380.21662611274998
8.2436-49.80870.21321390.19482629276897
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0223-0.01430.01570.0096-0.01010.0119-0.15270.7532-0.3255-0.8527-0.335-0.0010.04650.2071-01.4103-0.033-0.08891.50460.16131.314644.299517.6948-21.5411
20.6750.3033-0.44360.1518-0.19450.2912-0.5996-0.1826-0.9847-0.6150.0225-0.32320.9836-0.2112-0.06181.33320.12830.00451.7078-0.61531.116244.3422-44.9421-19.1947
30.85850.14850.4230.08610.12560.25770.234-0.8096-0.47530.1464-0.7359-0.08111.14390.5254-0.04431.07030.08120.00250.91480.42211.615141.8798-71.261135.3174
40.1406-0.1038-0.08160.24720.02930.0927-0.3666-0.1954-0.32030.62620.38470.27410.8152-0.01050.00011.2180.2999-0.07131.3818-0.04290.492842.2587-39.713682.7717
50.04880.0301-0.00730.0674-0.06090.06960.33660.65860.0019-0.3509-0.08280.3336-0.1255-0.07490.00091.5865-0.4609-0.72851.90150.13841.566244.456844.707428.2353
60.25660.1907-0.01740.3994-0.34320.52320.03110.20180.5535-0.6157-0.0143-0.6301-0.11630.22260.00430.6466-0.1257-0.00610.32090.22421.086646.334820.6555-2.4178
70.84190.3422-0.54510.81890.43560.98170.07520.86980.1208-0.4049-0.1764-0.28490.35430.3752-0.04730.48840.20020.18061.17820.00640.362845.2691-25.3554-14.7598
80.45030.2794-0.68360.5015-0.18651.2470.14070.1157-0.9399-0.2061-0.2704-0.44140.52930.5606-0.03060.54410.1769-0.05390.3167-0.06861.131943.9285-58.539419.5093
90.9576-0.3596-0.18860.5196-0.08881.0060.0635-0.1749-0.65490.32990.1454-0.21470.16940.51180.00330.69860.1322-0.02731.16250.09040.506642.4024-45.574263.364
100.03670.045-0.03360.0521-0.04250.02890.6055-0.80070.0189-0.2326-0.6009-0.36330.0677-0.1982-01.40780.0402-0.32931.7122-0.11771.174340.6052-2.696975.3689
110.28630.3189-0.07640.5394-0.27360.2040.0867-0.7136-0.27560.3011-0.3223-0.05930.37590.2498-01.2003-0.0629-0.2471.1191-0.24791.125443.615332.291545.0167
121.61290.2276-0.33952.62260.45070.9131-0.13570.07240.62510.1118-0.10320.1278-0.3001-0.1223-0.00910.56140.0662-0.10950.29980.0420.785217.386610.80439.834
132.8018-0.09320.0661.1792-0.60321.84830.0580.54770.0796-0.0971-0.04380.225-0.034-0.0948-0.00210.38840.0276-0.00610.3651-0.01610.283316.1337-19.0895-0.2905
142.4857-0.12590.75271.30320.32582.5370.2605-0.2198-0.7058-0.03330.05540.28130.1482-0.43330.03960.3833-0.0508-0.01570.20890.11310.454514.6677-43.005320.4068
152.12320.19620.03551.5641-0.64762.82120.2576-0.9809-0.38220.4150.53610.41790.018-0.8740.3560.41780.01740.25241.09170.4690.251413.201-37.140951.4917
160.90220.30930.0273.845-0.32811.3959-0.0705-1.05230.3913-0.0375-0.02420.6082-0.3112-0.721-0.00430.94940.390.01391.58-0.26640.644812.2045-7.173662.6796
171.50031.1632-0.14141.0677-0.55653.8515-0.1124-0.21720.15550.2631-0.08070.021-0.3658-0.2211-0.00020.95010.1552-0.11150.5604-0.28251.072214.718.319141.1008
180.06650.3168-0.0952.0249-1.65672.9228-0.11130.32961.07120.38090.87170.4904-1.9689-0.81310.21971.07050.09440.20860.5770.02710.567325.2893-12.366430.6584
191.23710.1442-0.15520.2152-0.13380.0891-0.2753-0.53090.61970.29530.42190.0935-0.2556-0.2250.34640.5360.2739-0.0720.8413-0.00530.492317.4681-12.891830.9691
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:47 )A1 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 1:47 )B1 - 47
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 1:47 )C1 - 47
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 1:47 )D1 - 47
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN F AND RESID 1:46 )F1 - 46
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 48:124 )A48 - 124
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 48:128 )B48 - 128
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND RESID 48:128 )C48 - 128
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN D AND RESID 48:128 )D48 - 128
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN E AND RESID 49:128 )E49 - 128
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN F AND RESID 49:128 )F49 - 128
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN A AND ( RESID 129:414 OR RESID 415:416 ) )A129 - 414
13X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN A AND ( RESID 129:414 OR RESID 415:416 ) )A415 - 416
14X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND ( RESID 129:417 OR RESID 1000:1002 ) )B129 - 417
15X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND ( RESID 129:417 OR RESID 1000:1002 ) )B1000 - 1002
16X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND ( RESID 129:417 OR RESID 1000:1002 ) )C129 - 417
17X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND ( RESID 129:417 OR RESID 1000:1002 ) )C1000 - 1002
18X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN D AND ( RESID 129:414 OR RESID 415:416 ) )D129 - 414
19X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN D AND ( RESID 129:414 OR RESID 415:416 ) )D415 - 416
20X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN E AND ( RESID 129:414 OR RESID 415:416 ) )E129 - 414
21X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN E AND ( RESID 129:414 OR RESID 415:416 ) )E415 - 416
22X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN F AND ( RESID 129:414 OR RESID 415:416 ) )F129 - 414
23X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN F AND ( RESID 129:414 OR RESID 415:416 ) )F415 - 416
24X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN G AND RESID 1:7 )G1 - 7
25X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN A AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN C AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN B AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN E AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN D AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN G AND RESID 101:101 ) OR ( CHAIN F AND RESID 1101:1103 )A1101 - 1103
26X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN A AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN C AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN B AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN E AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN D AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN G AND RESID 101:101 ) OR ( CHAIN F AND RESID 1101:1103 )C1101 - 1103
27X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN A AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN C AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN B AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN E AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN D AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN G AND RESID 101:101 ) OR ( CHAIN F AND RESID 1101:1103 )B1101 - 1103
28X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN A AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN C AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN B AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN E AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN D AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN G AND RESID 101:101 ) OR ( CHAIN F AND RESID 1101:1103 )E1101 - 1103
29X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN A AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN C AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN B AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN E AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN D AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN G AND RESID 101:101 ) OR ( CHAIN F AND RESID 1101:1103 )D1101 - 1103
30X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN A AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN C AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN B AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN E AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN D AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN G AND RESID 101:101 ) OR ( CHAIN F AND RESID 1101:1103 )G101
31X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN A AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN C AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN B AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN E AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN D AND RESID 1101:1103 ) OR ( CHAIN G AND RESID 101:101 ) OR ( CHAIN F AND RESID 1101:1103 )F1101 - 1103

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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