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- PDB-5jjl: Rho transcription termination factor bound to rU8 and 5 ADP-BeF3 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jjl
タイトルRho transcription termination factor bound to rU8 and 5 ADP-BeF3 molecules
要素
  • Transcription termination factor Rho
  • rU12: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードTRANSCRIPTION/RNA / protein-RNA complex / TRANSCRIPTION-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent activity, acting on RNA / DNA-templated transcription termination / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription termination factor Rho / Rho termination factor, N-terminal / Rho termination factor, RNA-binding domain / Transcription termination factor Rho, ATP binding domain / Rho termination factor, RNA-binding domain / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho RNA-binding domain profile. / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho termination factor, N-terminal domain superfamily / Cold shock domain ...Transcription termination factor Rho / Rho termination factor, N-terminal / Rho termination factor, RNA-binding domain / Transcription termination factor Rho, ATP binding domain / Rho termination factor, RNA-binding domain / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho RNA-binding domain profile. / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho termination factor, N-terminal domain superfamily / Cold shock domain / Cold shock protein domain / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / RNA / RNA (> 10) / Transcription termination factor Rho / Transcription termination factor Rho
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Thomsen, N.D. / Lawson, M.R. / Witkowsky, L.B. / Qu, S. / Berger, J.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071747 米国
G. Harold and Leila Y. Mathers Foundation 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2016
タイトル: Molecular mechanisms of substrate-controlled ring dynamics and substepping in a nucleic acid-dependent hexameric motor.
著者: Thomsen, N.D. / Lawson, M.R. / Witkowsky, L.B. / Qu, S. / Berger, J.M.
履歴
登録2016年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Structure summary
改定 1.22016年12月28日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.62023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.72024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription termination factor Rho
B: Transcription termination factor Rho
C: Transcription termination factor Rho
D: Transcription termination factor Rho
E: Transcription termination factor Rho
F: Transcription termination factor Rho
G: rU12: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)293,91422
ポリマ－291,3267
非ポリマー2,58815
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26370 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area92450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.091, 199.071, 111.666
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.022, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 7分子 ABCDEFG

#1: タンパク質
Transcription termination factor Rho / ATP-dependent helicase Rho


分子量: 47949.500 Da / 分子数: 6 / 変異: N-terminal MGH insertion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: rho, Z5293, ECs4716 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS
参照: UniProt: P0AG32, UniProt: P0AG30*PLUS, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: RNA鎖 rU12: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3')


分子量: 3629.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 31分子

#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 / 詳細: 200 mM KOAc, 40% MPD, 0.5% ethyl acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→49.52 Å / Num. obs: 46060 / % possible obs: 96.12 % / Biso Wilson estimate: 63.31 Å2
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JJI

5jji


解像度: 3.2→49.52 Å / SU ML: 0.410615569722 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.7612787883
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 2310 5.01519756839 %
Rwork0.232 43750 -
obs0.234 46060 96.1205367391 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 73.3330848993 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→49.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18888 165 160 16 19229
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062515017640219504
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57346508041626316
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03976390524553028
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003098246677023363
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.96311032647533
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.201-3.27060.3520257643241480.3269906712332731X-RAY DIFFRACTION95.5526053767
3.2706-3.34670.315374535721460.3044658948492695X-RAY DIFFRACTION96.9955616251
3.3467-3.43030.3229702701371470.2914386167452736X-RAY DIFFRACTION96.1
3.4303-3.52310.2806896377081400.2687840767022726X-RAY DIFFRACTION96.4658364187
3.5231-3.62670.3084591280131530.2650031985062751X-RAY DIFFRACTION95.9682749504
3.6267-3.74370.2987850911821360.2623419510752731X-RAY DIFFRACTION96.2726662189
3.7437-3.87750.3150374458381540.2496110848962729X-RAY DIFFRACTION96.7774420947
3.8775-4.03260.2826042385031370.2449265654182758X-RAY DIFFRACTION96.8551354968
4.0326-4.21610.3005418279581400.2213758308222731X-RAY DIFFRACTION96.6992253284
4.2161-4.43820.2154281062071570.2119639725422743X-RAY DIFFRACTION96.6988996332
4.4382-4.71610.266704983281370.2001489530142763X-RAY DIFFRACTION97.0548862115
4.7161-5.07990.2281211140441480.199378844032750X-RAY DIFFRACTION96.4392678869
5.0799-5.59050.2686693112471440.2249179187562735X-RAY DIFFRACTION96.1268781302
5.5905-6.3980.2444626533741400.2366277442752746X-RAY DIFFRACTION95.373430271
6.398-8.05520.2382995476361440.228333633632674X-RAY DIFFRACTION94.1215764863
8.0552-49.52490.2208443947031390.1874504646852751X-RAY DIFFRACTION94.660989191
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0149209205424-0.0144257376644-0.01647351501980.01163542390730.01365658738730.01762993443440.08386449266090.339690942838-0.352273272668-0.316227084232-0.05646535469660.3052511176-0.0186437435846-0.1446493564713.11050801788E-71.1988247324-0.10426038727-0.0002789072245291.185140802870.03428758586961.3025821746144.611500012817.1756330619-20.6816066986
20.02615910917250.0108769063516-0.0164813177650.0103792113823-0.002434596107480.0120244189496-0.0673747676190.208539306364-0.945977626003-0.400136687016-0.0622917859255-0.1437611717350.8213999957940.0252298132446-4.9911655972E-71.274203756640.09635223267450.1511264354041.50057796398-0.291122729631.0271093235644.6710399051-44.4574502425-19.4303201714
30.22915173526-0.01644759018940.1217508717950.04148208476280.005043000058670.07711459044630.0888970491072-0.636221424287-0.6616073994060.574337696833-0.413675975634-0.2809811662440.4244735978560.146038635181-0.003772992880971.113239284790.0837870199279-0.1953395743410.8444591469450.375107499921.4893664755842.345561037-71.398698072135.3884897329
40.0556477854567-0.0002199269764830.007711188966410.1194458053240.02588723815140.0680174668441-0.0972582310975-0.162785448273-0.03517996223640.6774400835370.1802544196060.291225000253-0.144433634862-0.03067947328695.66881495723E-80.944786384350.222789453730.003861546761.12339652744-0.04464449015480.55114292624842.7661252773-39.189064525381.8481124703
50.04721830705660.03417010881380.02451403232420.04122787591570.006278411698630.0345972031158-0.09570449219390.52017056859-0.0717524808704-0.2620860371420.1336903394650.263017495570.3000199677910.02327237670924.37545477692E-71.07028369366-0.295023490013-0.2475908374471.60499035504-0.01354682950551.3171587217745.264117772444.323885447527.985370074
60.03794074916950.05050834816880.125216082160.07501034952710.1798783445630.446077470878-0.1314361292470.1533324338160.45780718618-0.7560048041070.129150435459-0.774914090673-0.1575669715170.3226636009850.1194921388150.61748076032-0.07781493320930.04103153161090.2614900740360.2559377587191.083153732346.314469515221.122633223-2.165510819
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精密化 TLSグループ
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2X-RAY DIFFRACTION2chain B and resseq 1:47
3X-RAY DIFFRACTION3chain C and resseq 1:47
4X-RAY DIFFRACTION4chain D and resseq 1:47
5X-RAY DIFFRACTION5chain F and resseq 1:47
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and resseq 48:124
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and resseq 48:128
8X-RAY DIFFRACTION8chain C and resseq 48:128
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10X-RAY DIFFRACTION10chain E and resseq 49:128
11X-RAY DIFFRACTION11chain F and resseq 49:128
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14X-RAY DIFFRACTION14chain C and resseq 129:417
15X-RAY DIFFRACTION15chain D and resseq 129:416
16X-RAY DIFFRACTION16chain E and resseq 129:405
17X-RAY DIFFRACTION17chain F and resseq 129:416
18X-RAY DIFFRACTION18chain G and resseq 1:9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る