PDB-4eiw: Whole cytosolic region of atp-dependent metalloprotease FtsH (G399L)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eiw

タイトル

Whole cytosolic region of atp-dependent metalloprotease FtsH (G399L)

要素

ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH

キーワード

HYDROLASE / Walker motif / ATPase

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / ATP-dependent peptidase activity / protein catabolic process / metalloendopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 3.9 Å

データ登録者

Suno, R. / Niwa, H. / Tsuchiya, D. / Yoshida, M. / Morikawa, K.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Structure of the whole cytosolic region of ATP-dependent protease FtsH
著者: Suno, R. / Niwa, H. / Tsuchiya, D. / Zhang, X. / Yoshida, M. / Morikawa, K.

履歴

登録	2012年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eiw.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eiw.ent.gz	919.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eiw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4eiw_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4eiw_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	4eiw_validation.xml.gz	121.4 KB	表示
CIF形式データ	4eiw_validation.cif.gz	166.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/4eiw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/4eiw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2dhrC 2di4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2dhr-d 4ww0-1 6gcn-1 4xss-2 4hr7-d 10241 6wlw-d 6gcn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (4) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH

B: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH

C: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH

D: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH

E: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH

F: ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH

ヘテロ分子

340 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	146.153, 146.153, 349.064
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.54705, 0.820012, -0.168273), (0.451831, -0.120025, 0.883992), (0.704688, -0.559619, -0.436167)	-55.31256, 31.55028, 141.9297
3	given	(0.544596, 0.431386, 0.71925), (0.824786, -0.119916, -0.552583), (-0.152127, 0.894162, -0.421107)	-83.18717, 128.2198, 23.5971

#1: タンパク質	ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH 分子量: 56178.215 Da / 分子数: 6 / 断片: soluble region, UNP residues 126-624 / 変異: G399L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / 遺伝子: ftsH, TTHA1492 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q5SI82, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

#1: タンパク質

ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH

分子量: 56178.215 Da / 分子数: 6 / 断片: soluble region, UNP residues 126-624 / 変異: G399L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: ftsH, TTHA1492 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5SI82, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ

#2: 化合物

ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP

分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.1M TRIS-HCL, 1% PEG 8000, 0.2mM ZN ACETATE, 2.5MM ADP, 5mM MgCl2, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月20日
放射	モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.9→100 Å / Num. all: 40304 / Num. obs: 37156 / % possible obs: 97.12 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 3.9→4.1 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SHARP		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 3.9→71.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.752 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.715 / SU B: 150.225 / SU ML: 1.011 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.948 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.31154	1960	5 %	RANDOM
R_work	0.29938	-	-	-
obs	0.29999	37156	97.12 %	-
all	-	40304	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 112.472 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.18 Å²	1.09 Å²	0 Å²
2-	-	2.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.9→71.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21267	0	162	0	21429

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	21786
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.895	1.987	29433
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.223	5	2703
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.736	22.779	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	27.039	15	3879
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.132	15	270
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	3294
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	16494
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.9→4.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	125	-
R_work	0.305	2511	-
obs	-	-	92.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9327	0.3169	0.4787	3.2946	-0.4178	9.4719	-0.3225	0.0134	0.2	0.498	-0.1908	-0.2314	-0.1102	-0.1834	0.5133	0.8642	-0.2451	0.0906	1.1059	0.1316	1.3162	-1.2141	102.5212	41.5024
2	5.4461	-0.4841	1.4523	4.6781	-1.845	3.5897	0.066	-0.0555	0.6154	-0.1724	-0.1352	-0.595	-0.0068	0.514	0.0693	1.3596	-0.2556	-0.0219	0.9247	-0.1677	1.4647	-15.9171	120.8539	76.7179
3	5.0185	-2.1357	-2.6385	4.9774	0.9936	3.9928	-0.2518	-0.3369	-0.3605	0.2458	-0.2708	-0.3133	-0.1262	0.8793	0.5226	1.3981	-0.1679	-0.2423	1.2266	-0.1639	1.2812	-9.1145	92.0303	97.4437
4	3.4996	-0.029	-2.4587	2.2082	-0.4483	6.5107	0.3625	0.3568	0.305	-0.1198	0.0601	-1.0319	-0.6554	0.6676	-0.4225	1.0102	0.0091	-0.2141	1.3708	-0.0566	0.9432	15.2795	57.2513	100.8282
5	3.2933	-0.8591	-0.2619	5.526	-1.4001	3.985	0.4067	0.3425	0.3124	-0.9037	0.1135	-0.4854	-0.1057	0.5736	-0.5202	0.9075	0.0524	-0.1103	1.6096	-0.0953	1.4232	20.7193	54.4548	65.6061
6	2.3048	-0.1883	-0.6404	8.0997	0.9755	2.8607	-0.1432	0.3107	-0.0273	0.4011	0.3903	-0.6903	-0.12	0.2145	-0.2471	0.6839	0.066	-0.0346	1.6989	0.1628	1.47	21.8115	77.4435	28.9285
7	1.6388	0.704	-3.0114	6.2569	-5.3199	14.4014	0.2519	0.2053	0.8414	0.0252	-0.0505	-0.7585	-1.6603	0.9521	-0.2014	0.3021	-0.2378	0.0256	0.3353	0.2457	0.6988	-28.4536	91.8251	39.5327
8	3.7475	-3.9941	1.7664	16.4671	-3.4802	3.9898	-0.4258	-0.5642	1.3634	1.3629	0.2459	-0.8757	-1.3828	0.1452	0.1799	0.5351	-0.1166	0.0255	0.1544	-0.268	0.5737	-38.1154	95.798	70.7735
9	6.0495	-4.9035	-1.5352	11.1981	7.0749	9.0756	-0.0634	-1.1653	0.7838	1.1709	0.219	-0.9666	-0.4542	0.4126	-0.1556	0.6524	-0.3459	-0.166	0.4242	-0.0631	0.1406	-30.2836	72.1155	93.3728
10	4.589	-1.4076	-0.104	2.2566	-3.0676	16.3281	-0.1947	-0.7008	0.072	0.7584	-0.0876	-0.8133	0.5123	1.6786	0.2823	0.5352	0.0896	-0.4684	0.2765	0.0104	0.4459	-12.4019	45.7744	84.7599
11	5.9033	-4.6353	0.8225	9.4699	-4.0909	4.1003	-0.0723	0.1704	0.3664	0.2992	-0.4169	-1.8299	0.3356	1.4548	0.4892	0.1495	0.2759	-0.1848	0.8833	-0.2255	0.546	-2.676	42.1996	52.8116
12	10.1236	-4.6241	-6.8122	8.7241	4.326	7.1325	0.4683	0.6955	0.5371	-0.7682	-0.0059	-1.5066	-0.6437	1.0357	-0.4624	0.0901	-0.1344	0.1177	0.962	0.0594	0.2766	-9.9802	65.438	30.2071

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	143 - 399
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	147 - 399
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	143 - 399
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	147 - 399
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	143 - 399
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	147 - 399
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	400 - 600
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	400 - 600
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	400 - 600
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	400 - 600
11	X-RAY DIFFRACTION	11	E	400 - 600
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	400 - 600

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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