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- PDB-4hr7: Crystal Structure of Biotin Carboxyl Carrier Protein-Biotin Carbo... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hr7 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Biotin Carboxyl Carrier Protein-Biotin Carboxylase Complex from E.coli | ||||||
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![]() | LIGASE/BIOTIN BINDING PROTEIN / biotin carboxylase / biotin carboxyl carrier protein / acetyl-CoA carboxylase / protein-protein interaction / protein complex / protein interface / antibiotic target / ATP grasp / biotin-dependent carboxylase / fatty acid synthesis / LIGASE-BIOTIN BINDING PROTEIN complex | ||||||
Function / homology | ![]() biotin carboxylase / acetyl-CoA carboxylase complex / biotin carboxylase activity / malonyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA carboxylase activity / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / molecular adaptor activity / protein homodimerization activity / ATP binding ...biotin carboxylase / acetyl-CoA carboxylase complex / biotin carboxylase activity / malonyl-CoA biosynthetic process / acetyl-CoA carboxylase activity / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / molecular adaptor activity / protein homodimerization activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Broussard, T.C. / Kobe, M.J. / Pakhomova, S. / Neau, D.B. / Price, A.E. / Champion, T.S. / Waldrop, G.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: The three-dimensional structure of the biotin carboxylase-biotin carboxyl carrier protein complex of E. coli acetyl-CoA carboxylase. Authors: Broussard, T.C. / Kobe, M.J. / Pakhomova, S. / Neau, D.B. / Price, A.E. / Champion, T.S. / Waldrop, G.L. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 330.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 522.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 539.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 72.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 99.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Details | QUATERNARY STRUCTURE IS AN (ALPHA)4(BETA)4 HETEROOCTAMER. |
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Components
#1: Protein | Mass: 49386.656 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P24182, biotin carboxylase, acetyl-CoA carboxylase #2: Protein | Mass: 18872.521 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 295.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.15K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 8, 2012 / Details: KB mirrors |
Radiation | Monochromator: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.49→104.3 Å / Num. obs: 79251 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 2.5 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 11.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.49→2.63 Å / Redundancy: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 11167 / Rsym value: 0.331 / % possible all: 95.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRIES 1DV1 AND 1BDO Resolution: 2.495→104.26 Å / SU ML: 0.31 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / Cross valid method: THROUGHOUT / Phase error: 24.79 / Stereochemistry target values: ML / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 38.07 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.495→104.26 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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