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- PDB-5jjf: Structure of the SRII/HtrII Complex in I212121 space group ("U" s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jjf
タイトルStructure of the SRII/HtrII Complex in I212121 space group ("U" shape) - M state
要素
  • Sensory rhodopsin II transducer
  • Sensory rhodopsin-2
キーワードSIGNALING PROTEIN / sensory rhodopsin II / transducer / membrane protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / monoatomic ion channel activity / chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Htr2, transmembrane domain / Htr2 transmembrane domain / Helix hairpin bin / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain ...Htr2, transmembrane domain / Htr2 transmembrane domain / Helix hairpin bin / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / Bacterial rhodopsins retinal binding site. / HAMP domain profile. / HAMP domain / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
EICOSANE / RETINAL / Sensory rhodopsin-2 / Sensory rhodopsin II transducer
類似検索 - 構成要素
生物種Natronomonas pharaonis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ishchenko, A. / Round, E. / Borshchevskiy, V. / Grudinin, S. / Gushchin, I. / Klare, J. / Remeeva, A. / Polovinkin, V. / Utrobin, P. / Balandin, T. ...Ishchenko, A. / Round, E. / Borshchevskiy, V. / Grudinin, S. / Gushchin, I. / Klare, J. / Remeeva, A. / Polovinkin, V. / Utrobin, P. / Balandin, T. / Engelhard, M. / Bueldt, G. / Gordeliy, V.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: New Insights on Signal Propagation by Sensory Rhodopsin II/Transducer Complex.
著者: Ishchenko, A. / Round, E. / Borshchevskiy, V. / Grudinin, S. / Gushchin, I. / Klare, J.P. / Remeeva, A. / Polovinkin, V. / Utrobin, P. / Balandin, T. / Engelhard, M. / Buldt, G. / Gordeliy, V.
履歴
登録2016年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensory rhodopsin-2
B: Sensory rhodopsin II transducer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,72716
ポリマ－43,7592
非ポリマー3,96714
水1,00956
1
A: Sensory rhodopsin-2
B: Sensory rhodopsin II transducer
ヘテロ分子

A: Sensory rhodopsin-2
B: Sensory rhodopsin II transducer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,45332
ポリマ－87,5184
非ポリマー7,93528
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556-x+1/2,y,-z+11
Buried area15170 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area22460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.558, 113.779, 125.387
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Sensory rhodopsin-2 / Sensory rhodopsin II / SR-II


分子量: 26534.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Natronomonas pharaonis (古細菌) / 遺伝子: sop2, sopII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42196
#2: タンパク質 Sensory rhodopsin II transducer / HTR-II / Methyl-accepting phototaxis protein II / MPP-II


分子量: 17224.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Natronomonas pharaonis (古細菌) / 遺伝子: htr2, htrII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42259

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糖 , 1種, 1分子

#4: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 3種, 69分子

#3: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#5: 化合物
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: 1 M Na/K phosphate , pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→36 Å / Num. obs: 28034 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.144

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1h2s

1h2s


解像度: 1.9→36 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2324 1419 5.06 %
Rwork0.2015 --
obs0.2031 28023 98.58 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2090 0 171 56 2317
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014449
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3036028
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5721536
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.288733
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008718
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.96770.34011440.26022532X-RAY DIFFRACTION96
1.9677-2.04650.28661400.2182567X-RAY DIFFRACTION97
2.0465-2.13960.22031420.1992594X-RAY DIFFRACTION98
2.1396-2.25240.3091400.24562688X-RAY DIFFRACTION100
2.2524-2.39350.21281280.1852671X-RAY DIFFRACTION100
2.3935-2.57830.23291540.17872659X-RAY DIFFRACTION100
2.5783-2.83770.23851490.17832684X-RAY DIFFRACTION100
2.8377-3.2480.2261400.19072696X-RAY DIFFRACTION100
3.248-4.09130.23361330.19222750X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.13490.0250.00220.10030.00440.0009-0.0502-0.0124-0.042-0.0366-0.0294-0.05120.04110.0845-0.48410.0861-0.00170.03140.16390.02470.044911.86852.619538.7603
20.04610.0132-0.00540.008-0.00140.0033-0.01560.0093-0.0007-0.002-0.0414-0.01590.02240.0235-0.00010.567-0.00060.12860.4195-0.11490.76917.2831-21.202134.0298
30.23790.00850.11610.0602-0.01030.3301-0.07030.0510.01420.0038-0.0210.0019-0.00440.0393-0.84710.11810.03120.02110.09540.01720.02782.46362.456537.4948
40.1836-0.14-0.07560.19170.08640.10940.00090.0350.0216-0.0412-0.05480.076-0.0009-0.0467-0.2210.06550.0598-0.03530.0606-0.0610.1028-7.2566-2.330544.2328
50.09130.0177-0.01780.0033-0.00720.1445-0.0248-0.00290.06360.0093-0.02430.0706-0.0937-0.1277-0.44680.08540.06480.01870.1291-0.04820.2281-12.38044.543153.2726
60.0665-0.0525-0.0090.05830.02460.0195-0.0158-0.0124-0.0215-0.0059-0.01720.020.0420.00010.02060.16020.01650.08620.1004-0.02940.2077-6.5488-20.691352.8324
70.1204-0.0439-0.01240.16530.0290.1245-0.0207-0.049-0.00330.0247-0.02040.0339-0.0141-0.0355-0.17890.02950.0160.01970.0235-0.00970.05470.2558-6.188853.8911
80.08540.0662-0.07430.1009-0.03540.1787-0.0447-0.0222-0.0170.0035-0.0896-0.09860.01640.1164-0.95560.14450.0738-0.01310.09940.03240.09766.62920.17448.7016
91.25290.2123-0.77560.0362-0.1320.4853-0.20990.1844-0.3933-0.0856-0.1003-0.12930.07460.2384-0.17550.3831-0.0429-0.03480.28830.02220.31316.63910.895654.8881
100.02960.00220.00040.0016-0.00390.0111-0.0541-0.04220.03880.0324-0.0065-0.0016-0.0702-0.0129-0.81690.20290.0829-0.12420.111-0.02120.06668.67318.406959.8501
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 27 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 33 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 34 through 65 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 66 through 116 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 117 through 142 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 143 through 153 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 154 through 180 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 181 through 222 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 22 through 52 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 53 through 84 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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