PDB-5jjc: Crystal Structure of double mutant (Q96A-Y125A) O-Acetyl Serine S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jjc

タイトル

Crystal Structure of double mutant (Q96A-Y125A) O-Acetyl Serine Sulfhydralase from Brucella abortus

要素

Cysteine synthase

キーワード

TRANSFERASE / cysteine synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella abortus S19 (ウシ流産菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Dharavath, S. / Gourinath, S.

引用

ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2017
タイトル: Structure-based mutational studies of O-acetylserine sulfhydrylase reveal the reason for the loss of cysteine synthase complex formation in Brucella abortus
著者: Dharavath, S. / Raj, I. / Gourinath, S.

履歴

登録	2016年4月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年4月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jjc.cif.gz	275.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jjc.ent.gz	220.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jjc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jjc_validation.pdf.gz	454.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jjc_full_validation.pdf.gz	463.4 KB	表示
XML形式データ	5jjc_validation.xml.gz	56.1 KB	表示
CIF形式データ	5jjc_validation.cif.gz	81.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/5jjc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/5jjc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jisSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jis-2 5jis-1 4ywd-d 1oas-d 4tlv-1 2wgg-1 3moh-1 1c97-d 3fxa-d 6en6-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Cysteine synthase

B: Cysteine synthase

C: Cysteine synthase

D: Cysteine synthase

147 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cysteine synthase

C: Cysteine synthase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cysteine synthase

D: Cysteine synthase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.820, 104.820, 242.041
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Cysteine synthase / O-Acetyl Serine Sulfhydralase 分子量: 36818.457 Da / 分子数: 4 / 変異: Q96A, Y125A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella abortus S19 (ウシ流産菌) 株: S19 / 遺伝子: BAbS19_I09950 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0F6AQU1, cysteine synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 949 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Cysteine synthase / O-Acetyl Serine Sulfhydralase

分子量: 36818.457 Da / 分子数: 4 / 変異: Q96A, Y125A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Brucella abortus S19 (ウシ流産菌)
株: S19 / 遺伝子: BAbS19_I09950 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0F6AQU1, cysteine synthase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 949 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.2 詳細: sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→90.78 Å / Num. obs: 98795 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.4 % / Net I/σ(I): 24.7
反射シェル	解像度: 2.01→2.08 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5JIS

5jis

解像度: 2.01→33.971 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.71 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2081	4925	4.99 %	RANDOM
R_work	0.1682	-	-	-
obs	0.1702	98757	99.12 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→33.971 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9996	0	0	949	10945

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	10184
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.177	13831
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.621	3717
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1569
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1821

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0099-2.0328	0.2374	170	0.1755	3069	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0328-2.0567	0.2234	154	0.1694	3191	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0567-2.0818	0.2373	156	0.1664	3096	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0818-2.1081	0.1957	142	0.1623	3186	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1081-2.1358	0.2381	170	0.1679	3164	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1358-2.1651	0.2115	159	0.1591	3146	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1651-2.196	0.2118	157	0.1693	3121	X-RAY DIFFRACTION	100
2.196-2.2288	0.2449	183	0.1687	3178	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2288-2.2636	0.2186	180	0.1703	3064	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2636-2.3007	0.2132	153	0.1702	3189	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3007-2.3404	0.2465	164	0.1672	3106	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3404-2.3829	0.2514	138	0.1763	3201	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3829-2.4288	0.2032	130	0.1771	3142	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4288-2.4783	0.2095	169	0.1666	3122	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4783-2.5322	0.2247	185	0.1746	3114	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5322-2.5911	0.2295	180	0.1708	3132	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5911-2.6558	0.2691	172	0.1765	3107	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6558-2.7276	0.2337	163	0.1807	3154	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7276-2.8079	0.2114	189	0.1811	3090	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8079-2.8984	0.2314	176	0.193	3153	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8984-3.002	0.2554	136	0.1995	3108	X-RAY DIFFRACTION	99
3.002-3.1221	0.2308	199	0.2002	3088	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1221-3.2641	0.2293	156	0.179	3139	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2641-3.436	0.2199	151	0.1781	3127	X-RAY DIFFRACTION	99
3.436-3.651	0.1952	155	0.1628	3113	X-RAY DIFFRACTION	99
3.651-3.9326	0.165	149	0.1415	3111	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9326-4.3276	0.1643	174	0.1369	3096	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3276-4.9522	0.1578	162	0.1395	3108	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9522-6.2329	0.1849	159	0.1699	3099	X-RAY DIFFRACTION	98
6.2329-33.9756	0.1894	194	0.171	3118	X-RAY DIFFRACTION	98

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)