PDB-5jho: Crystal structure of the regulatory domain of the sodium driven c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jho

タイトル

Crystal structure of the regulatory domain of the sodium driven chloride bicarbonate exchanger.

要素

Electroneutral sodium bicarbonate exchanger 1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / membrane protein / bicarbonate exchanger / anion transport

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium,bicarbonate:chloride antiporter activity / sodium:bicarbonate symporter activity / hippocampal mossy fiber / positive regulation of synaptic vesicle exocytosis / sodium ion transmembrane transporter activity / basolateral protein secretion / symmetric synapse / Bicarbonate transporters / solute:inorganic anion antiporter activity / bicarbonate transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.801 Å

データ登録者

Alvadia, C. / Sommer, T. / Bjerregaard-Andersen, K. / Morth, J.P.

資金援助

ノルウェー,

デンマーク, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: The crystal structure of the regulatory domain of the human sodium-driven chloride/bicarbonate exchanger.
著者: Alvadia, C.M. / Sommer, T. / Bjerregaard-Andersen, K. / Damkier, H.H. / Montrasio, M. / Aalkjaer, C. / Morth, J.P.

履歴

登録	2016年4月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年1月31日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jho.cif.gz	207.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jho.ent.gz	168.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jho.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jho_validation.pdf.gz	441.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jho_full_validation.pdf.gz	445.5 KB	表示
XML形式データ	5jho_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	5jho_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/5jho ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/5jho	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3qdz-d 4tzq-d 4m1r-d 7auy-d 1wra-3 3fle-d 6qzn-d 5lvs-d 4wvd-d 6faw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Electroneutral sodium bicarbonate exchanger 1

B: Electroneutral sodium bicarbonate exchanger 1

77.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.040, 98.040, 212.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

#1: タンパク質	Electroneutral sodium bicarbonate exchanger 1 / Electroneutral Na(+)-driven Cl-HCO3 exchanger / Solute carrier family 4 member 8 / k-NBC3 分子量: 38906.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC4A8, KIAA0739, NBC, NBC3, NDCBE1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q2Y0W8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Electroneutral sodium bicarbonate exchanger 1 / Electroneutral Na(+)-driven Cl-HCO3 exchanger / Solute carrier family 4 member 8 / k-NBC3

分子量: 38906.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC4A8, KIAA0739, NBC, NBC3, NDCBE1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): GOLD / 参照: UniProt: Q2Y0W8

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.58 % / 解説: bipymidal
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.4 詳細: 40 mg/ml protein, 100 mM Formic Acid , pH 4.4, 9 % PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→69.32 Å / Num. obs: 26378 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.9 % / B_iso Wilson estimate: 76.5 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 30.5
反射シェル	解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
xia2		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.801→24.988 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.87

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2378	1334	5.08 %
R_work	0.2004	-	-
obs	0.2022	26275	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.801→24.988 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3779	0	0	5	3784

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3849
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.394	5210
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.196	1440
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	598
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	675

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8013-2.9013	0.3486	123	0.2985	2422	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9013-3.0173	0.2974	111	0.2734	2454	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0173-3.1543	0.3053	131	0.2496	2474	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1543-3.3203	0.2826	142	0.2406	2417	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3203-3.5278	0.2622	135	0.2362	2472	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5278-3.7993	0.2636	136	0.2286	2476	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7993-4.18	0.2458	143	0.2043	2474	X-RAY DIFFRACTION	100
4.18-4.7812	0.2041	122	0.1632	2519	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7812-6.01	0.2058	151	0.1827	2538	X-RAY DIFFRACTION	100
6.01-24.9889	0.2224	140	0.1817	2695	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.5227	-0.1999	0.1902	0.0285	0.3014	3.633	-0.3693	1.6796	2.8506	-0.7635	-0.4553	-1.6673	-1.4137	0.5189	-0.3414	1.5951	-0.0014	0.2516	1.1113	0.6297	1.4753	-19.3773	92.4226	80.3484
2	6.1123	-1.2218	0.5625	3.5278	0.1504	5.1228	-0.3802	-1.2411	0.2498	0.2952	0.6062	0.1378	-0.5539	-0.4354	-0.3256	0.8112	0.2893	-0.0985	0.9744	-0.021	0.6983	-28.0834	80.4229	98.8393
3	4.0731	4.8262	-3.5722	7.1205	-6.0127	5.385	-0.6225	-0.1928	-1.1122	-1.1265	0.9912	0.7464	0.8383	-1.549	-0.3164	1.1405	0.2341	-0.2767	1.1944	0.0287	1.1105	-43.8537	78.7598	84.2581
4	8.9448	0.9077	-1.6435	8.4322	-2.3435	5.7227	-0.4321	-1.6869	1.3053	-0.1062	0.4232	1.2537	-0.5339	-0.8664	0.0233	0.8991	0.3793	-0.1802	1.2633	0.045	0.887	-39.2064	82.3786	97.7807
5	8.5796	-2.7803	0.4363	4.4505	-0.2882	4.6116	0.0396	-0.0577	0.6485	-0.3704	0.0377	-0.2537	-0.1665	-0.1979	-0.1262	0.6647	0.2186	-0.0717	0.5546	-0.0395	0.4577	-27.2846	81.1039	90.9981
6	8.3326	-0.8779	1.4664	0.4614	1.4688	7.6036	-0.3406	0.0965	-1.0953	0.3119	0.2546	1.6179	1.164	-0.1509	0.2107	0.6738	-0.2703	0.0411	0.7069	0.1982	1.3566	-9.5338	47.295	94.3655
7	4.9949	-0.4812	-1.3231	2.944	-0.1836	7.9978	0.2824	-0.0327	0.1075	-0.6269	-0.0223	-0.4147	-0.8125	0.418	-0.2286	0.6448	0.0711	0.144	0.49	-0.0141	0.6363	6.9346	65.5698	90.1674
8	8.4657	4.1967	-5.5952	6.7529	-1.6857	3.9494	-0.7204	1.03	-0.7208	-1.51	0.6653	0.0508	0.564	-0.5338	0.1298	1.3527	0.2298	0.1139	0.9386	-0.2051	0.7594	8.2977	53.2396	73.4833
9	6.1313	0.9162	-4.8916	7.1685	2.7656	5.6334	-0.1515	-0.0703	-0.1444	-0.6779	-0.3642	-1.1847	0.2474	2.5642	-0.2547	0.8728	0.2122	0.3146	0.9962	0.026	1.0446	18.4329	61.4793	86.2317
10	6.1683	-1.4737	-0.61	4.8185	-0.123	6.8885	-0.0279	0.2315	-0.1772	-0.3015	-0.0246	-0.0681	0.082	-0.1712	0.0544	0.5516	0.0482	0.029	0.4038	-0.0542	0.4424	2.0448	59.8373	89.7119

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 43 through 62 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 63 through 133 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 134 through 152 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 153 through 254 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 255 through 344 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 42 through 62 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 63 through 133 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 134 through 152 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 153 through 236 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 237 through 344 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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