[日本語] English
万見
- PDB-5jfy: Crystal structure of a plant cytidine deaminase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jfy
タイトルCrystal structure of a plant cytidine deaminase
要素Deoxycytidine deaminase
キーワードHYDROLASE / Cytidine deaminase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / HEXANE-1,6-DIOL / Deoxycytidine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Brassica oleracea var. capitata (キャベツ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Taylor, M.W. / Lee, J.E.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: To be published
著者: Taylor, M.W. / Lee, J.E.
履歴
登録2016年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Data collection
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Deoxycytidine deaminase
B: Deoxycytidine deaminase
C: Deoxycytidine deaminase
D: Deoxycytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,62821
ポリマ－59,4754
非ポリマー1,15217
水3,585199
1
A: Deoxycytidine deaminase
B: Deoxycytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,23510
ポリマ－29,7382
非ポリマー4978
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area11410 Å2
手法PISA
2
C: Deoxycytidine deaminase
D: Deoxycytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,39311
ポリマ－29,7382
非ポリマー6559
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area11410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.808, 99.808, 143.061
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-204-

ACT

21B-204-

ACT

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Deoxycytidine deaminase


分子量: 14868.873 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 19-153 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brassica oleracea var. capitata (キャベツ)
プラスミド: pET46 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: H2EMX8

-
非ポリマー , 6種, 216分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.93 % / 解説: Bipyramidal
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.0085 M CoCl2, 0.085 sodium acetate pH 4.6, 0.85 M 1,6-hexanediol, 15% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月20日
詳細: Vertical Focusing Mirror: ultra-low expansion (ULE) titanium siliicate flat mirror with Pt, Uncoated, and Pd strips
放射モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.67 Å / Num. obs: 41687 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 31.61 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 101431
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.1620.607663932670.6221.495
8.91-47.672.50.0213385270.99938.984.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.1 Å44.64 Å
Translation2.1 Å44.64 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PHASER2.6.0位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B3J

2b3j


解像度: 2.101→44.635 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2136 1952 4.67 %
Rwork0.1806 39866 -
obs0.1822 37797 97.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 262.41 Å2 / Biso mean: 51.2129 Å2 / Biso min: 18.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.101→44.635 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3533 0 122 199 3854
Biso mean--93.64 47.35 -
残基数----476
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033659
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54943
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043558
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003645
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6071290
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1005-2.1530.31961300.29642672280293
2.153-2.21120.30461400.27212866300699
2.2112-2.27630.28951390.25262822296199
2.2763-2.34980.26161390.23682833297299
2.3498-2.43380.24191400.22082882302299
2.4338-2.53120.26711400.20782851299199
2.5312-2.64640.24451390.198328743013100
2.6464-2.78590.20571390.186928783017100
2.7859-2.96040.191430.16762882302599
2.9604-3.18890.22041420.1642896303899
3.1889-3.50970.15541420.14992870301299
3.5097-4.01730.17181410.14232888302998
4.0173-5.06020.18441420.14372863300596
5.0602-44.64560.23531360.19532789292588

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る