PDB-4qdn: Crystal Structure of the endo-beta-N-acetylglucosaminidase from T...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qdn

タイトル

Crystal Structure of the endo-beta-N-acetylglucosaminidase from Thermotoga maritima

要素

Flagellar protein FlgJ [peptidoglycan hydrolase]

キーワード

HYDROLASE / GH73 family (Cazy database) / inverting mechanism / bacterial peptidoglycan hydrolysis / typical lysozyme alpha-beta fold with only the alpha-lobe / Glycoside hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

amidase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Lipski, A. / Nurizzo, D. / Bourne, Y. / Vincent, F.

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2015
タイトル: Structural and biochemical characterization of the beta-N-acetylglucosaminidase from Thermotoga maritima: Toward rationalization of mechanistic knowledge in the GH73 family.
著者: Lipski, A. / Herve, M. / Lombard, V. / Nurizzo, D. / Mengin-Lecreulx, D. / Bourne, Y. / Vincent, F.

履歴

登録	2014年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qdn.cif.gz	65.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qdn.ent.gz	49.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qdn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qdn_validation.pdf.gz	446.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qdn_full_validation.pdf.gz	447.1 KB	表示
XML形式データ	4qdn_validation.xml.gz	7.7 KB	表示
CIF形式データ	4qdn_validation.cif.gz	9.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/4qdn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qd/4qdn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3nns-3 2chf-d 2qzj-2 6is2-3 2qzj-1 1d4z-d 4lx8-d 5zrg-d 6is3-1 1hey-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Flagellar protein FlgJ [peptidoglycan hydrolase]

ヘテロ分子

16.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Flagellar protein FlgJ [peptidoglycan hydrolase]

ヘテロ分子

A: Flagellar protein FlgJ [peptidoglycan hydrolase]

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
32.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.560, 61.194, 101.205
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-312- HOH

#1: タンパク質	Flagellar protein FlgJ [peptidoglycan hydrolase] / Flagellar-related protein / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase 分子量: 15846.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: MSB8 / 遺伝子: THEMA_01495, TM0633, Tmari_0634, TM_0633 / プラスミド: pDEST14-TM0633 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: Q9WZA1, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.92 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 50% MPD, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M ammonium phosphate monobasic, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年1月30日
放射	モノクロメーター: channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50.6 Å / Num. all: 16301 / Num. obs: 16057 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0.08 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 23.8 Å² / R_sym value: 0.086 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.585 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2119 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SHARP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
MOSFLM		データ削減
PROTEUM PLUS	PLUS	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→37.054 Å / SU ML: 0.08 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1936	330	2.06 %	RANDOM
R_work	0.1669	-	-	-
obs	0.1675	16052	98.48 %	-
all	-	16052	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→37.054 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	963	0	13	70	1046

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1063
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.96	1447
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.443	418
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	155
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	183

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-2.142	0.2302	163	0.1859	7649	X-RAY DIFFRACTION	97
2.142-37.0631	0.1835	167	0.1617	8073	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9673	1.4532	0.3407	2.3159	3.1401	5.9073	0.0585	0.1102	-0.1605	-0.1964	-0.1511	0.2229	0.2422	-0.6638	0.0977	0.1621	-0.0353	-0.0081	0.1851	0.0348	0.1493	-5.4217	2.1486	16.494
2	4.0004	-5.0875	-4.4905	9.4251	6.2707	7.7504	0.0058	0.1211	0.1224	-0.247	0.1437	-0.1416	-0.1514	0.0736	-0.1906	0.1783	-0.0613	0.005	0.1553	0.0115	0.1411	1.0943	5.879	11.2757
3	5.6313	-1.2561	6.3482	4.9855	-5.2937	2.0019	1.0173	0.5108	-0.4503	-1.1191	-0.3559	0.1554	0.5181	0.868	-0.6679	0.3342	0.0155	0.0049	0.2856	-0.0242	0.2024	3.7506	-6.1531	8.526
4	1.9073	0.1168	2.9404	6.1541	-2.4082	6.435	-0.0771	0.166	0.1381	-0.3957	0.1257	-0.4505	0.1765	0.9385	-0.0696	0.1764	-0.0001	0.0358	0.306	-0.0519	0.2039	10.0276	-0.1885	16.8415
5	7.2251	-6.2696	4.7861	5.5525	-4.8365	7.1993	0.2013	0.4615	0.1739	-0.0503	0.5062	0.2582	0.118	-0.0935	-0.5753	0.3868	-0.0707	-0.1221	0.8241	-0.1084	1.0996	19.0043	8.9041	19.0571
6	2.8453	1.1938	-0.6134	6.1197	-2.2482	4.5967	-0.0699	0.0112	0.0743	-0.0625	0.1274	-0.3643	-0.0896	0.6225	-0.097	0.0982	-0.0222	0.0207	0.2276	-0.0456	0.156	8.5625	5.5911	20.9224
7	6.879	1.4921	1.3838	2.0237	-1.3781	3.9508	0.1108	0.0714	1.0112	-0.4155	0.0208	-0.012	-1.3293	0.14	-0.1473	0.4366	-0.0804	0.0783	0.1345	-0.0167	0.335	4.1382	19.7113	13.0157
8	8.4382	1.0826	-0.4255	4.2345	1.2512	4.4339	-0.0983	0.8815	0.1637	-0.5502	0.0633	-0.2894	-0.5331	0.5427	0.0118	0.2941	-0.0954	0.0651	0.2735	0.0202	0.2025	8.4225	13.7645	4.9849
9	5.6944	2.8122	-2.9716	8.2534	-2.5049	2.2827	-0.5164	0.6515	0.0612	-0.9648	0.5261	0.334	-0.1864	-0.2102	-0.1328	0.334	-0.0861	-0.0194	0.2538	0.0093	0.1361	0.5891	6.9301	2.395

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 20 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 35 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 36 through 40 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 41 through 50 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 51 through 55 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 74 through 95 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 96 through 105 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 106 through 123 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 124 through 136 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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