[日本語] English
万見
- PDB-5jfi: Crystal structure of a TDIF-TDR complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jfi
タイトルCrystal structure of a TDIF-TDR complex
要素
  • CLE41
  • Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase TDR
キーワードSIGNALING PROTEIN / TDIF peptide / TDR receptor extracellular domain / LRR / glycosylation / hydroxylation
機能・相同性
機能・相同性情報


procambium histogenesis / phloem development / xylem development / axillary shoot meristem initiation / maintenance of root meristem identity / cell-cell signaling involved in cell fate commitment / phloem or xylem histogenesis / secondary shoot formation / apoplast / receptor serine/threonine kinase binding ...procambium histogenesis / phloem development / xylem development / axillary shoot meristem initiation / maintenance of root meristem identity / cell-cell signaling involved in cell fate commitment / phloem or xylem histogenesis / secondary shoot formation / apoplast / receptor serine/threonine kinase binding / regulation of cell differentiation / non-specific serine/threonine protein kinase / phosphorylation / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 41/42/44 / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site ...CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 41/42/44 / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine Rich Repeat / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CLE41 / CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein 41 / Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase TDR
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.749 Å
データ登録者Xu, G. / Li, Z.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a TDIF-TDR complex
著者: Xu, G. / Li, Z.
履歴
登録2016年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase TDR
C: CLE41
B: Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase TDR
D: CLE41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,63314
ポリマ－137,4214
非ポリマー2,21210
水2,810156
1
A: Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase TDR
C: CLE41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8167
ポリマ－68,7102
非ポリマー1,1065
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area24670 Å2
手法PISA
2
B: Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase TDR
D: CLE41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8167
ポリマ－68,7102
非ポリマー1,1065
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint16 kcal/mol
Surface area24700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.445, 92.445, 252.615
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

-
要素

#1: タンパク質 Leucine-rich repeat receptor-like protein kinase TDR / Protein PHLOEM INTERCALATED WITH XYLEM / Tracheary element differentiation inhibitory factor ...Protein PHLOEM INTERCALATED WITH XYLEM / Tracheary element differentiation inhibitory factor receptor / TDIF receptor


分子量: 67429.945 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-642 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TDR, PXY, At5g61480, MCI2.4
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q9FII5, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド CLE41


分子量: 1280.322 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 88-99 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: A0A178VDH8, UniProt: Q84W98*PLUS
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 200 mM MgSO4, 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.0422 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0422 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.749→46.223 Å / Num. obs: 54277 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 20.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.749→46.223 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2665 1605 3.09 %
Rwork0.214 --
obs0.2156 52019 94.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.749→46.223 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9104 0 140 156 9400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0129480
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.56212908
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6545556
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0871478
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011668
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.749-2.83780.36021060.30683777X-RAY DIFFRACTION77
2.8378-2.93920.34251430.27084134X-RAY DIFFRACTION87
2.9392-3.05680.36881300.25694426X-RAY DIFFRACTION91
3.0568-3.19590.28971600.24214601X-RAY DIFFRACTION95
3.1959-3.36440.30991640.24134654X-RAY DIFFRACTION97
3.3644-3.57510.31641560.22864725X-RAY DIFFRACTION98
3.5751-3.8510.23991500.18834815X-RAY DIFFRACTION99
3.851-4.23830.22981340.1814813X-RAY DIFFRACTION100
4.2383-4.8510.22411740.17064802X-RAY DIFFRACTION100
4.851-6.10950.28261490.20984827X-RAY DIFFRACTION100
6.1095-46.2290.24211390.23614840X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9808-0.2114-0.41830.9611-0.75461.4448-0.0503-0.5480.6242-0.9192-0.2695-0.78680.75810.12180.3960.97470.1136-0.04530.41980.19070.684211.353622.1172-24.0321
22.099-0.778-0.48432.2115-1.91515.5098-0.06270.14220.321-0.47530.20720.52880.0978-0.6001-0.19160.6054-0.068-0.20560.40990.17680.6337-1.202315.9668-10.6386
32.68390.25630.36473.3753-0.14251.83540.0173-0.1364-0.0845-0.39240.26540.80160.2944-0.5893-0.2180.4541-0.0829-0.1690.59510.21170.5798-2.5609-0.41656.8807
43.7150.23961.77642.38780.45262.84820.1605-0.2522-0.60880.02680.0450.15470.3438-0.1334-0.22680.4548-0.0798-0.1450.46460.07490.470414.0328-12.367118.0975
53.88161.10261.12092.89420.58823.92260.18570.0491-0.68740.03490.168-0.41230.48210.3938-0.24030.43740.0208-0.09340.4711-0.03190.522135.8909-9.955626.0287
62.60511.24381.9212.96721.1453.6096-0.23850.13240.034-0.04530.2377-0.3173-0.13030.38480.05080.40310.0546-0.09590.6086-0.11280.517650.18927.065434.7607
72.11191.5358-0.02692.4031.74962.5075-0.0878-0.03030.10330.52560.6087-0.9437-1.19470.2254-0.23570.73090.109-0.2850.6462-0.15880.805449.72921.906844.0692
87.2554-1.76830.5489.8533-0.38023.9765-0.52330.187-0.21790.59990.1344-0.786-0.5926-0.62170.45380.287-0.1043-0.00190.5278-0.04150.441614.05935.66718.9876
91.0647-0.01531.69040.4685-0.16542.6677-0.1498-0.70750.20.1762-0.3289-0.1678-0.4954-0.71910.34380.52680.0878-0.12080.98960.03410.836968.3349-34.844523.1423
102.2309-0.76461.99171.5544-0.00165.32770.2187-0.6422-0.50730.0104-0.0773-0.22770.618-0.0091-0.14460.4064-0.0838-0.16270.6780.22140.676562.2087-47.38989.7002
112.8995-0.06620.44452.9958-0.96172.6480.273-0.3481-0.7469-0.32560.00620.14010.6884-0.1589-0.35820.5987-0.0742-0.20320.45430.1670.561945.8136-48.8018-7.8248
122.032-0.0154-0.63083.5273-1.31712.95490.07950.057-0.0828-0.19990.13570.47910.0606-0.4698-0.21010.4363-0.0806-0.09180.46590.13420.424233.8507-32.2073-19.0456
133.06171.507-0.32422.8937-0.58282.84070.07350.0030.36970.11060.15480.6809-0.2625-0.3916-0.20040.53780.04210.03950.41390.10150.503436.2378-10.3593-27.0028
143.1140.9564-0.7242.9504-2.44223.42380.30530.07140.40740.2135-0.17610.0886-0.3891-0.0083-0.14310.54320.04180.12720.3140.07110.447553.32153.9156-35.7032
152.26080.1621-1.4651.39471.42922.6830.5928-0.22880.55350.2412-0.3252-0.26770.21190.7927-0.04830.56080.13530.12490.58940.27690.745467.82723.1301-45.2151
169.8444-1.74312.88795.7199-2.8288.27820.17780.83450.95910.2017-0.6589-0.07520.30580.85660.5780.4187-0.09020.0360.357-0.00740.424551.8858-32.2203-9.9541
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 40:100)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resseq 101:200)
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resseq 201:300)
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resseq 301:400)
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and (resseq 401:500)
6X-RAY DIFFRACTION6chain A and (resseq 501:600)
7X-RAY DIFFRACTION7chain A and (resseq 601:625)
8X-RAY DIFFRACTION8chain C and (resseq 651:662)
9X-RAY DIFFRACTION9chain B and (resseq 40:100)
10X-RAY DIFFRACTION10chain B and (resseq 101:200)
11X-RAY DIFFRACTION11chain B and (resseq 201:300)
12X-RAY DIFFRACTION12chain B and (resseq 301:400)
13X-RAY DIFFRACTION13chain B and (resseq 401:500)
14X-RAY DIFFRACTION14chain B and (resseq 501:600)
15X-RAY DIFFRACTION15chain B and (resseq 601:625)
16X-RAY DIFFRACTION16chain D and (resseq 651:662)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る