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- PDB-5jev: del-[Ru(phen)2(dppz]2+ bound to d(TCGGCGCCGA) with Cobalt hexammine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jev
タイトルdel-[Ru(phen)2(dppz]2+ bound to d(TCGGCGCCGA) with Cobalt hexammine
要素DNA (5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')
キーワードDNA / Ruthenium / cross-linking / DNA probe
機能・相同性Delta-Ru(phen)2(dppz) complex / COBALT HEXAMMINE(III) / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 0.99 Å
データ登録者Hall, J.P. / Cardin, C.J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Delta chirality ruthenium 'light-switch' complexes can bind in the minor groove of DNA with five different binding modes.
著者: Hall, J.P. / Keane, P.M. / Beer, H. / Buchner, K. / Winter, G. / Sorensen, T.L. / Cardin, D.J. / Brazier, J.A. / Cardin, C.J.
履歴
登録2016年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22016年9月28日Group: Database references
改定 1.32016年11月9日Group: Database references
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,6954
ポリマ－3,0461
非ポリマー1,6493
水1,20767
1
A: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3898
ポリマ－6,0922
非ポリマー3,2976
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_664-y+1,-x+1,-z-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)48.720, 48.720, 29.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-221-

HOH

21A-267-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*A)-3')


分子量: 3045.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-0TN / Delta-Ru(phen)2(dppz) complex


分子量: 743.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H26N8Ru
#3: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1uL 2mM d(TCGGCGCCGA), 1uL 2mM del-[Ru(phen)2(dppz)]2+, 6uL of a solution containing 10% (V/V) 2-methyl-2,4-pentanediol, 40mM Na-cacodylate, 20mM Cobalt hexammine, 12mM NaCl and 80mM KCl.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.8266 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月14日
放射モノクロメーター: dual Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8266 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.99→22.61 Å / Num. obs: 19226 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 0.99→1.02 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.833 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 92.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXDE位相決定
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 0.99→18.901 Å / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 12.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.141 1804 5.22 %
Rwork0.1233 --
obs0.1242 19198 90.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.99→18.901 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 202 109 67 378
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013475
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.325761
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.801158
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07658
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.02121
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.99-1.01680.25311350.2692545X-RAY DIFFRACTION91
1.0168-1.04670.22291590.23062498X-RAY DIFFRACTION90
1.0467-1.08050.18791580.18662499X-RAY DIFFRACTION90
1.0805-1.11910.17651360.15962556X-RAY DIFFRACTION91
1.1191-1.16390.13961630.12892512X-RAY DIFFRACTION91
1.1639-1.21680.1561480.11242572X-RAY DIFFRACTION91
1.2168-1.2810.11351280.09582526X-RAY DIFFRACTION90
1.281-1.36120.10741640.09222532X-RAY DIFFRACTION91
1.3612-1.46630.1041200.08592568X-RAY DIFFRACTION92
1.4663-1.61380.09981210.08192555X-RAY DIFFRACTION91
1.6138-1.84710.12371300.09172529X-RAY DIFFRACTION90
1.8471-2.32650.1411150.12892484X-RAY DIFFRACTION88
2.3265-18.90420.15331270.1422376X-RAY DIFFRACTION85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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