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- PDB-5jer: Structure of Rotavirus NSP1 bound to IRF-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jer
タイトルStructure of Rotavirus NSP1 bound to IRF-3
要素
  • Interferon regulatory factor 3
  • Rotavirus NSP1 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / Viral Immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


IRF3 mediated activation of type 1 IFN / MDA-5 signaling pathway / macrophage apoptotic process / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / host cytoskeleton / programmed necrotic cell death / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN ...IRF3 mediated activation of type 1 IFN / MDA-5 signaling pathway / macrophage apoptotic process / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / host cytoskeleton / programmed necrotic cell death / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / cGAS/STING signaling pathway / mRNA transcription / signal transduction involved in regulation of gene expression / TRAF6 mediated IRF7 activation / toll-like receptor 4 signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / DNA-binding transcription activator activity / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of type I interferon production / immune system process / antiviral innate immune response / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / positive regulation of interferon-beta production / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / promoter-specific chromatin binding / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / cellular response to virus / Evasion by RSV of host interferon responses / ISG15 antiviral mechanism / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Interferon gamma signaling / sequence-specific double-stranded DNA binding / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Interferon alpha/beta signaling / regulation of inflammatory response / TRAF3-dependent IRF activation pathway / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / regulation of apoptotic process / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / defense response to virus / sequence-specific DNA binding / host cell cytoplasm / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / innate immune response / apoptotic process / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rotavirus non-structural protein 1 / Rotavirus RNA-binding Protein 53 (NS53) / Tumour Suppressor Smad4 - #10 / Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor ...Rotavirus non-structural protein 1 / Rotavirus RNA-binding Protein 53 (NS53) / Tumour Suppressor Smad4 - #10 / Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / SMAD-like domain superfamily / Tumour Suppressor Smad4 / SMAD/FHA domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon regulatory factor 3 / Non-structural protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rotavirus A (ロタウイルス A)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.913 Å
データ登録者Zhao, B. / Li, P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structural basis for concerted recruitment and activation of IRF-3 by innate immune adaptor proteins.
著者: Zhao, B. / Shu, C. / Gao, X. / Sankaran, B. / Du, F. / Shelton, C.L. / Herr, A.B. / Ji, J.Y. / Li, P.
履歴
登録2016年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月29日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Rotavirus NSP1 peptide
D: Rotavirus NSP1 peptide
F: Rotavirus NSP1 peptide
H: Rotavirus NSP1 peptide
A: Interferon regulatory factor 3
C: Interferon regulatory factor 3
E: Interferon regulatory factor 3
G: Interferon regulatory factor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,6358
ポリマ－116,6358
非ポリマー00
水00
1
B: Rotavirus NSP1 peptide
A: Interferon regulatory factor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1592
ポリマ－29,1592
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area12160 Å2
手法PISA
2
D: Rotavirus NSP1 peptide
C: Interferon regulatory factor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1592
ポリマ－29,1592
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1060 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area12000 Å2
手法PISA
3
F: Rotavirus NSP1 peptide
E: Interferon regulatory factor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1592
ポリマ－29,1592
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11850 Å2
手法PISA
4
H: Rotavirus NSP1 peptide
G: Interferon regulatory factor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1592
ポリマ－29,1592
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11890 Å2
手法PISA
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10500 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area41570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.772, 107.924, 135.647
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
Rotavirus NSP1 peptide


分子量: 2257.318 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rotavirus A (ロタウイルス A) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99FX5*PLUS
#2: タンパク質
Interferon regulatory factor 3 / IRF-3


分子量: 26901.416 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 189-427 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRF3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14653

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 200 mM MgCl2, 23% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→47.94 Å / Num. obs: 22409 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 15.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.913→47.94 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2503 1998 8.94 %
Rwork0.2096 --
obs0.2133 22342 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.913→47.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7688 0 0 0 7688
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027935
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58910815
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4852875
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0231157
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031410
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.913-2.98540.34531320.31091354X-RAY DIFFRACTION95
2.9854-3.06610.31911410.30251439X-RAY DIFFRACTION100
3.0661-3.15630.3141410.27461435X-RAY DIFFRACTION100
3.1563-3.25820.28871420.25121442X-RAY DIFFRACTION100
3.2582-3.37460.29381410.25331439X-RAY DIFFRACTION100
3.3746-3.50970.26871390.21851418X-RAY DIFFRACTION100
3.5097-3.66940.26591420.2211444X-RAY DIFFRACTION100
3.6694-3.86280.25891430.21061459X-RAY DIFFRACTION100
3.8628-4.10470.22471420.19421453X-RAY DIFFRACTION100
4.1047-4.42140.23651430.18661452X-RAY DIFFRACTION100
4.4214-4.86590.20481450.17051469X-RAY DIFFRACTION100
4.8659-5.56910.20931440.17881467X-RAY DIFFRACTION100
5.5691-7.0130.25611480.20461497X-RAY DIFFRACTION100
7.013-47.94670.22151550.1831576X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.76641.5413-0.61761.25790.38862.87220.79491.2402-1.0677-0.5284-0.31510.12960.619-0.07720.18210.67160.05080.19520.5543-0.15660.5771150.3238413.83294.3607
22.0794-0.42581.04452.43680.15353.7572-0.3492-0.62211.21490.1751-0.1739-0.3385-0.69520.06030.20130.5966-0.0393-0.07110.4981-0.02960.4773144.6759449.806166.4574
34.83540.4880.00215.351.33413.5640.34470.7580.9518-0.71340.13171.1791-0.65190.2244-0.40440.57570.063-0.03680.66020.17780.5926128.792451.76787.1977
46.4999-1.83331.1345.064-0.72025.11460.3901-0.7703-1.21380.49560.06960.20160.0772-0.3499-0.79040.4151-0.04450.02810.5438-0.01570.4233124.1451410.982566.1065
52.61791.73-0.3886.85712.06092.00270.1207-1.146-0.1223-0.2761-0.3076-1.1297-0.09080.0187-0.31620.31420.0120.04550.43250.02710.3317159.8513436.603927.2227
65.7675-0.32941.11851.56810.99453.7411-0.07980.6208-0.36230.3109-0.0331-0.50731.20870.53840.09060.49520.18590.05850.4560.10820.2881156.8469420.348224.6428
77.2655-3.04490.29214.3138-0.49084.2287-0.40080.2034-2.8905-0.3758-0.49771.12761.1518-0.48540.61150.9969-0.06940.36790.34080.00210.6013144.1142410.801716.106
82.7355-0.2522-0.10240.5224-1.22562.58870.25250.3214-0.04060.37840.1944-0.13290.63020.367-0.09620.31610.09350.24980.3390.09990.4852160.8408427.027214.4811
95.0009-0.2356-0.78122.53-0.07433.38330.5950.35080.4202-0.9569-0.1124-0.55-0.22380.4402-0.29680.29490.01110.21550.43010.0040.4272154.3993430.67529.7139
102.09020.40330.06574.05551.38252.1146-0.0076-0.23150.43950.10350.0378-0.1154-0.28920.0571-0.0220.31540.01890.11710.2955-0.0030.3135153.7457442.159520.5566
112.2055-0.8092-0.20985.40770.02431.730.04670.90180.0158-0.4346-0.1901-0.6038-0.0287-0.01890.04950.2585-0.0754-0.04160.3542-0.05030.2297150.0562430.370245.5208
121.9329-1.6854-0.49062.2548-0.03835.06270.27760.44140.7254-0.6013-0.2615-0.8705-1.389-0.00270.09430.6328-0.13460.04310.54390.04060.5902157.2336444.545146.8659
133.6017-0.0362-1.53043.34950.74263.48320.07940.12690.1405-0.1134-0.03530.0969-0.6651-0.026-0.05560.3431-0.0844-0.1110.33390.04610.3491148.5328442.898155.1459
146.81351.81441.68792.39121.01712.15040.337-0.6405-1.15680.7456-0.0791-0.91050.25470.1988-0.14040.2986-0.0197-0.06210.30250.06970.5156149.1806432.68462.1482
151.446-0.5175-0.53584.49611.33592.8401-0.19340.0126-0.4832-0.15980.0497-0.12220.4911-0.0610.12870.3483-0.0549-0.01190.2842-0.00790.389148.4708420.83851.4461
162.7531.1302-0.70886.75480.70841.73470.0492-0.36610.50211.3058-0.58611.4253-0.27790.09440.08820.3774-0.0364-0.08440.463-0.04820.5216114.0452420.86628.5572
175.68450.0288-0.86062.98-0.74223.32680.4588-0.45480.64150.57650.0670.3274-0.9417-0.5847-0.35670.40490.17540.12720.3457-0.01190.2317124.0154441.238425.315
186.06150.4193-1.35653.5625-1.02713.76690.3651-0.50871.15010.6739-0.2843-0.4197-0.91580.0566-0.26820.49610.02110.0140.453-0.02050.3731132.4449.143125.032
192.41880.41940.26293.0397-0.60352.33710.00740.31970.3477-0.19450.05740.2615-0.206-0.3518-0.01120.23180.05850.00290.3543-0.00290.3278122.6311442.198115.8704
202.61691.5901-0.79853.262-1.1542.892-0.32420.4454-0.3948-0.76490.260.01320.5675-0.45020.11930.4206-0.08160.04140.4386-0.0890.2727123.0398426.569412.2919
212.87612.3720.66.5669-1.12032.1012-0.06110.2215-0.4214-1.16940.0305-0.00010.63220.03760.24610.4553-0.1110.07680.37140.02130.2113128.3134426.393714.1777
222.34131.0396-1.05464.9545-1.10312.8215-0.1825-0.1384-0.3241-0.0663-0.0173-0.42030.53230.19670.11630.26620.00310.02290.319-0.0190.2112129.2926425.852321.18
232.96370.69290.80883.8336-0.9584.41260.259-0.183-0.4947-0.3934-0.01970.36080.5425-1.02660.00010.6837-0.09080.04720.4915-0.03110.4584117.3984411.011921.6619
241.24290.5103-0.83853.27391.0490.91440.40140.6481-0.0853-0.5388-0.49130.51060.1-0.34430.07870.2668-0.03620.01230.4849-0.00120.2274117.1132429.310246.0297
255.3061-1.45970.61483.4861-1.17912.46030.275-0.7597-0.86610.2251-0.2323-0.0510.9933-0.483-0.03680.5609-0.07460.05780.3561-0.05330.4024120.7406412.229447.853
262.0162-0.6293-0.42641.8633-0.87142.98430.1067-0.3674-0.23710.2665-0.24990.33080.2593-0.34820.13280.225-0.05330.10390.4607-0.10630.3794118.3991422.375258.7356
271.37410.17410.07713.67140.11351.4648-0.0452-0.03110.30370.2978-0.08260.3922-0.5226-0.1450.0870.26560.05140.08390.3921-0.07590.2981119.7491440.460852.0982
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 482 through 491 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 482 through 491 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'F' and (resid 482 through 491 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 482 through 491 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 189 through 210 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 211 through 244 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 245 through 267 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 268 through 296 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 297 through 316 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 317 through 422 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 189 through 220 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 221 through 240 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 241 through 296 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 297 through 316 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 317 through 422 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 189 through 203 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 204 through 240 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 241 through 254 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 255 through 296 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 297 through 334 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 335 through 348 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 349 through 400 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 401 through 422 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'G' and (resid 189 through 229 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'G' and (resid 230 through 254 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'G' and (resid 255 through 316 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'G' and (resid 317 through 422 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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