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万見
- PDB-5jdn: Structural mechanisms of extracellular ion exchange and induced b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jdn
タイトルStructural mechanisms of extracellular ion exchange and induced binding-site occlusion in the sodium-calcium exchanger NCX_Mj soaked with 10 mM Na+ and 10mM Sr2+
要素sodium-calcium exchanger NCX_Mj
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Na+/Ca2+ exchange / Calcium signalling / membrane transporter / induced conformational change
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium, potassium:sodium antiporter activity / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / intracellular calcium ion homeostasis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NCX, central ion-binding region / NCX, peripheral helical region / Sodium/potassium/calcium exchanger / Sodium/calcium exchanger membrane region / NCX, central ion-binding domain superfamily / Sodium/calcium exchanger protein / A middle domain of Talin 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix non-globular / Special ...NCX, central ion-binding region / NCX, peripheral helical region / Sodium/potassium/calcium exchanger / Sodium/calcium exchanger membrane region / NCX, central ion-binding domain superfamily / Sodium/calcium exchanger protein / A middle domain of Talin 1 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PENTADECANE / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / STRONTIUM ION / Uncharacterized membrane protein MJ0091
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Liao, J. / Jiang, Y.X. / Faraldo-Gomez, J.D.
資金援助 米国, 中国, 5件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)funding for Youxing Jiang 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM079179 米国
Welch FoundationGrant I-1578 米国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)Project 31470817 中国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)funding for Jose D. Faraldo-Gomez 米国
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Mechanism of extracellular ion exchange and binding-site occlusion in a sodium/calcium exchanger.
著者: Liao, J. / Marinelli, F. / Lee, C. / Huang, Y. / Faraldo-Gomez, J.D. / Jiang, Y.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Structural insight into the ion-exchange mechanism of the sodium/calcium exchanger.
著者: Liao, J. / Li, H. / Zeng, W. / Sauer, D.B. / Belmares, R. / Jiang, Y.
履歴
登録2016年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Database references
改定 1.22016年6月15日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: sodium-calcium exchanger NCX_Mj
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,66713
ポリマ－32,2171
非ポリマー2,45012
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.670, 72.463, 96.428
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 sodium-calcium exchanger NCX_Mj


分子量: 32217.379 Da / 分子数: 1 / 変異: L2V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: MJ0091 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57556

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非ポリマー , 6種, 45分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#4: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 化合物
ChemComp-MYS / PENTADECANE / ペンタデカン


分子量: 212.415 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H32
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 16546 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 39.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.14 / Χ2: 1.324 / Net I/av σ(I): 18.391 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 102248
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
2.3-2.344.5199.9
2.34-2.384.7199.3
2.38-2.435198.4
2.43-2.485.3199.5
2.48-2.535.41100
2.53-2.595.91100
2.59-2.666.211000.958
2.66-2.736.511000.873
2.73-2.816.611000.84
2.81-2.96.811000.721
2.9-36.711000.605
3-3.126.711000.461
3.12-3.266.711000.352
3.26-3.446.711000.24
3.44-3.656.711000.167
3.65-3.936.711000.112
3.93-4.336.7199.80.081
4.33-4.956.611000.064
4.95-6.246.711000.066
6.24-506.21990.041

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V5U

3v5u


解像度: 2.3→40.141 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2486 1649 10 %
Rwork0.2018 --
obs0.2064 16488 98.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 124.72 Å2 / Biso mean: 47.1254 Å2 / Biso min: 23.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→40.141 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2232 0 104 33 2369
Biso mean--64.25 51.3 -
残基数----297
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072411
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0573246
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036392
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004383
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.799872
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2668-2.33350.29431140.2461025113984
2.3335-2.40880.25761360.22291219135599
2.4088-2.49490.28511350.216812261361100
2.4949-2.59480.26831390.190312421381100
2.5948-2.71290.23361360.182412271363100
2.7129-2.85590.23881380.186112431381100
2.8559-3.03470.23761380.176212521390100
3.0347-3.26890.24091390.189312461385100
3.2689-3.59770.2621390.195412541393100
3.5977-4.11790.22841410.202512651406100
4.1179-5.18630.22731440.205812951439100
5.1863-40.14690.27241500.21211345149599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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