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- PDB-5jdi: Trypanosoma brucei PTR1 in complex with cofactor and inhibitor NM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jdi
タイトルTrypanosoma brucei PTR1 in complex with cofactor and inhibitor NMT-H024 (compound 2)
要素(Pteridine reductase) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / Trypanosoma brucei / pteridine reductase / oxydoreductase / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


pteridine reductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Pteridine reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6JO / ACETATE ION / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Pteridine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.38 Å
データ登録者Landi, G. / Pozzi, C. / Di Pisa, F. / Dello lacono, L. / Mangani, S.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
European Commission603240 イタリア
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Profiling of Flavonol Derivatives for the Development of Antitrypanosomatidic Drugs.
著者: Borsari, C. / Luciani, R. / Pozzi, C. / Poehner, I. / Henrich, S. / Trande, M. / Cordeiro-da-Silva, A. / Santarem, N. / Baptista, C. / Tait, A. / Di Pisa, F. / Dello Iacono, L. / Landi, G. / ...著者: Borsari, C. / Luciani, R. / Pozzi, C. / Poehner, I. / Henrich, S. / Trande, M. / Cordeiro-da-Silva, A. / Santarem, N. / Baptista, C. / Tait, A. / Di Pisa, F. / Dello Iacono, L. / Landi, G. / Gul, S. / Wolf, M. / Kuzikov, M. / Ellinger, B. / Reinshagen, J. / Witt, G. / Gribbon, P. / Kohler, M. / Keminer, O. / Behrens, B. / Costantino, L. / Tejera Nevado, P. / Bifeld, E. / Eick, J. / Clos, J. / Torrado, J. / Jimenez-Anton, M.D. / Corral, M.J. / Alunda, J.M. / Pellati, F. / Wade, R.C. / Ferrari, S. / Mangani, S. / Costi, M.P.
履歴
登録2016年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pteridine reductase
B: Pteridine reductase
C: Pteridine reductase
D: Pteridine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,65714
ポリマ－122,6954
非ポリマー3,96110
水16,304905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20170 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area31280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.880, 90.840, 82.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABDC

#1: タンパク質 Pteridine reductase


分子量: 30669.791 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: PTR1 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O76290
#2: タンパク質 Pteridine reductase


分子量: 30685.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: PTR1 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O76290

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非ポリマー , 4種, 915分子

#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-6JO / 3,6-dihydroxy-2-(3-hydroxyphenyl)-4H-1-benzopyran-4-one


分子量: 270.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O5
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 905 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein solution: 6 g/L in 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 10 mM DTT; Crystallization buffer: 0.1 M sodium citrate pH 5, 2.25 M sodium acetate
PH範囲: 5.0-6.0 / Temp details: Room Temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月29日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→57.7 Å / Num. obs: 204222 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 1.38→1.45 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.339 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2x9g

2x9g


解像度: 1.38→57.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / Rfactor Rfree error: 0.045 / SU B: 1.573 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.045 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15046 10084 4.9 %RANDOM
Rwork0.115 ---
obs0.1168 193908 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 15.672 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20.01 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.38→57.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7212 0 264 905 8381
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0197894
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.027593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3912.00110881
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1923.00117412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0195.0091085
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.92424.255282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.898151222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2611543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1670.21327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0219053
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021762
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.384042
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.384038
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5425055
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5425056
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9753852
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9753848
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4455765
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.8519767
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.8519766
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.24936969
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free32.3325280
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.96557559
LS精密化 シェル解像度: 1.38→1.416 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 748 -
Rwork0.184 14236 -
obs--99.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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