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万見
- PDB-5jc3: Crystal structure of chicken MDA5 with 5'p 10-mer dsRNA and ADP-M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jc3
タイトルCrystal structure of chicken MDA5 with 5'p 10-mer dsRNA and ADP-Mg2+ at 2.6 A resolution (monoclinic form, twinned).
要素
  • Melanoma differentiation associated protein-5
  • RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*AP*CP*GP*UP*AP*CP*C)-3')
キーワードIMMUNE SYSTEM / Innate immune pattern recognition receptor / RIG-I like helicase / dsRNA dependent ATPase / zinc-containing CTD domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Caspase-8 and -10 mediated induction of NF-kB / RLR (RIG-like receptor) mediated induction of IFN alpha/beta / TRAF mediated activation of IRF / Negative Regulation of MDA5 signaling / TRAF6 mediated NF-kB activation / MDA-5 signaling pathway / antiviral innate immune response / double-stranded RNA binding / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding ...Caspase-8 and -10 mediated induction of NF-kB / RLR (RIG-like receptor) mediated induction of IFN alpha/beta / TRAF mediated activation of IRF / Negative Regulation of MDA5 signaling / TRAF6 mediated NF-kB activation / MDA-5 signaling pathway / antiviral innate immune response / double-stranded RNA binding / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding / hydrolase activity / RNA helicase / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit ...RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Death-like domain superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / RNA / RNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Cusack, S. / Uchikawa, E.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
European Research Council322586 フランス
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: Structural Analysis of dsRNA Binding to Anti-viral Pattern Recognition Receptors LGP2 and MDA5.
著者: Uchikawa, E. / Lethier, M. / Malet, H. / Brunel, J. / Gerlier, D. / Cusack, S.
履歴
登録2016年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_entity_src_syn
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Melanoma differentiation associated protein-5
X: RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*AP*CP*GP*UP*AP*CP*C)-3')
Y: RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*AP*CP*GP*UP*AP*CP*C)-3')
B: Melanoma differentiation associated protein-5
C: RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*AP*CP*GP*UP*AP*CP*C)-3')
D: RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*AP*CP*GP*UP*AP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,07612
ポリマ－176,0426
非ポリマー1,0346
水00
1
A: Melanoma differentiation associated protein-5
X: RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*AP*CP*GP*UP*AP*CP*C)-3')
Y: RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*AP*CP*GP*UP*AP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5386
ポリマ－88,0213
非ポリマー5173
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area34500 Å2
手法PISA
2
B: Melanoma differentiation associated protein-5
C: RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*AP*CP*GP*UP*AP*CP*C)-3')
D: RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*AP*CP*GP*UP*AP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5386
ポリマ－88,0213
非ポリマー5173
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area34170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.160, 138.700, 100.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 297 - 988 / Label seq-ID: 4 - 695

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BD

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要素

#1: タンパク質 Melanoma differentiation associated protein-5


分子量: 81667.008 Da / 分子数: 2
変異: N-terminal deletion of 1-297; GAMG from tag at N-terminus; C-terminal deletion of 995-1001; Point mutation E436Q
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: MDA5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: D9N195
#2: RNA鎖
RNA (5'-R(P*GP*GP*UP*AP*CP*GP*UP*AP*CP*C)-3')


分子量: 3176.948 Da / 分子数: 4 / 変異: 5' monophosphate / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Directly after size exclusion chromatography chMDA5 deltaCARD-Q was mixed with 10 bp dsRNA in a 1:1 molar ratio and incubated for 30 minutes on ice. The complex was concentrated using an ...詳細: Directly after size exclusion chromatography chMDA5 deltaCARD-Q was mixed with 10 bp dsRNA in a 1:1 molar ratio and incubated for 30 minutes on ice. The complex was concentrated using an Amicon Ultra concentrator to around 10 mg/ml and 2 mM AMPPNP (adenosine 5prime-(beta,gamma-imido)triphosphate lithium salt hydrate) was added. Sample and reservoir buffer (0.025 M Bis-Tris pH 6.5, 0.075 M succinic acid pH 7.0, 12-14% PEG 3350, 2% sucrose) were mixed in a 2:1 ratio. Three hours after setup, cover glasses with drops were transferred from a reservoir containing 12-14% PEG 3350 to one containing 8% PEG 3350. Crystals grew in one week at 20 C and were harvested in cryo-protectant solution (0.025 M Bis-Tris pH 6.5, 0.075 M succinic acid pH 7.0, 25% 3350, 10% ethylene glycol) before flash freezing with liquid nitrogen.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 55300 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.52 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 9.83
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.63 % / Rmerge(I) obs: 0.896 / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GL2

4gl2


解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.889 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 13.362 / SU ML: 0.294 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.056 / ESU R Free: 0.363 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28962 2811 5.1 %RANDOM
Rwork0.27111 ---
obs0.27205 52489 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 57.742 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.55 Å20 Å20.06 Å2
2--0.31 Å2-0 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10847 854 58 0 11759
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01912040
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211313
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1131.90816360
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9123.00126102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.95951315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.67224.426549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.799152200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6021586
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21788
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022716
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7965.7595301
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7955.7595300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1248.6186602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1248.6196603
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5165.7956739
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5165.7966738
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6228.5869758
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.58343.62212919
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.58343.62212920
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 168864 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.02 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 194 -
Rwork0.273 3844 -
obs--99.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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