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万見
- PDB-5jbm: Crystal structgure of Cac1 C-terminus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jbm
タイトルCrystal structgure of Cac1 C-terminus
要素Chromatin assembly factor 1 subunit p90
キーワードCHAPERONE / nucleosome assembly / histone chaperone / CAF-1
機能・相同性
機能・相同性情報


CAF-1 complex / DNA replication-dependent chromatin assembly / chromosome, centromeric region / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / DNA replication / DNA repair / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Chromatin assembly factor 1 subunit Cac1, C-terminal domain / Chromatin assembly factor 1 subunit A / Chromatin assembly factor 1 subunit A
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromatin assembly factor 1 subunit p90
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Churchill, M.E.A. / Liu, W. / Zhou, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM111902-02 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: The Cac1 subunit of histone chaperone CAF-1 organizes CAF-1-H3/H4 architecture and tetramerizes histones.
著者: Liu, W.H. / Roemer, S.C. / Zhou, Y. / Shen, Z.J. / Dennehey, B.K. / Balsbaugh, J.L. / Liddle, J.C. / Nemkov, T. / Ahn, N.G. / Hansen, K.C. / Tyler, J.K. / Churchill, M.E.
履歴
登録2016年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromatin assembly factor 1 subunit p90


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9621
ポリマ－16,9621
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.850, 58.850, 97.929
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
詳細Size-exclusion chromatography Fluorescence anisotropy Dimer is destabilized in stringent buffers

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要素

#1: タンパク質 Chromatin assembly factor 1 subunit p90 / CAF-1 90 kDa subunit / RAP1 localization factor 2


分子量: 16962.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RLF2, CAC1, YPR018W, YP9531.12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q12495
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.2 M sodium formate, 14% PEG 3350, 0.1 M Tris, pH 8.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryo-stream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2015年10月10日
詳細: Rosenbaum-Rock monochromator 1: high-resolution double-crystal sagittal focusing, Rosenbaum-Rock monochromator 2: double crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 4117 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.42 % / Biso Wilson estimate: 74.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.9→3.01 Å / 冗長度: 6.63 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ejo

5ejo


解像度: 3→29.425 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2749 365 9.87 %1
Rwork0.2331 ---
obs0.2374 3698 97.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→29.425 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数642 0 0 1 643
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007664
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92897
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.991411
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048100
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003116
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0001-3.43370.38191060.33941053X-RAY DIFFRACTION96
3.4337-4.32390.3291240.24971090X-RAY DIFFRACTION98
4.3239-29.42660.23341350.20351190X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.53930.33561.62212.41590.48093.48240.4119-0.7171-0.07080.5332-0.10550.27640.171-0.82230.99480.1105-0.1105-0.01210.2075-0.0490.1943-20.483-3.1755-13.8205
27.8578-2.8628-5.31855.3624.19694.7811-0.4991-2.7704-0.64861.9534-0.4431-0.47671.3542-0.1765-1.49041.1098-0.1677-0.31331.11310.15190.7025-14.6699-6.97185.1845
33.4579-1.35864.00981.5462-0.46785.8861-0.7624-0.0907-0.62630.07750.51440.50210.3087-1.4435-0.59590.4192-0.03510.09660.83520.05280.4337-31.709-2.5666-6.8725
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 520 through 573 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 574 through 583 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 584 through 600 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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