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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jat | ||||||
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タイトル | Exploitation of a Novel Binding Pocket in Human Lipoprotein-Associated Phospholipase A2 (Lp-PLA2) Discovered Through X-Ray Fragment Screening | ||||||
要素 | Platelet-activating factor acetylhydrolase1-アルキル-2-アセチルグリセロホスホコリンエステラーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / phospholipase (ホスホリパーゼ) / lipid metabolism (脂質代謝) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plasma lipoprotein particle oxidation / platelet activating factor catabolic process / calcium-independent phospholipase A2 activity / 1-アルキル-2-アセチルグリセロホスホコリンエステラーゼ / platelet activating factor metabolic process / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / 脂質過酸化反応 / phosphatidylcholine catabolic process / low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle ...plasma lipoprotein particle oxidation / platelet activating factor catabolic process / calcium-independent phospholipase A2 activity / 1-アルキル-2-アセチルグリセロホスホコリンエステラーゼ / platelet activating factor metabolic process / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / 脂質過酸化反応 / phosphatidylcholine catabolic process / low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle / low-density lipoprotein particle remodeling / positive regulation of monocyte chemotaxis / peptide hormone processing / hydrolase activity, acting on ester bonds / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / phospholipid binding / positive regulation of inflammatory response / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.04 Å | ||||||
データ登録者 | Day, P.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016 タイトル: Exploitation of a Novel Binding Pocket in Human Lipoprotein-Associated Phospholipase A2 (Lp-PLA2) Discovered through X-ray Fragment Screening. 著者: Woolford, A.J. / Pero, J.E. / Aravapalli, S. / Berdini, V. / Coyle, J.E. / Day, P.J. / Dodson, A.M. / Grondin, P. / Holding, F.P. / Lee, L.Y. / Li, P. / Manas, E.S. / Marino, J. / Martin, A.C. ...著者: Woolford, A.J. / Pero, J.E. / Aravapalli, S. / Berdini, V. / Coyle, J.E. / Day, P.J. / Dodson, A.M. / Grondin, P. / Holding, F.P. / Lee, L.Y. / Li, P. / Manas, E.S. / Marino, J. / Martin, A.C. / McCleland, B.W. / McMenamin, R.L. / Murray, C.W. / Neipp, C.E. / Page, L.W. / Patel, V.K. / Potvain, F. / Rich, S. / Rivero, R.A. / Smith, K. / Somers, D.O. / Trottet, L. / Velagaleti, R. / Williams, G. / Xie, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5jat.cif.gz | 180.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5jat.ent.gz | 139.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5jat.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/5jat ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/5jat | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44203.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLA2G7, PAFAH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q13093, 1-アルキル-2-アセチルグリセロホスホコリンエステラーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 化合物 | ChemComp-DMS / |
#4: 化合物 | ChemComp-6HR / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.06 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 28.0%w/v PEG 3350, 0.1M HEPES/NaOHpH=7.4, 1.3M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.04→28.86 Å / Num. obs: 26906 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 25.04 Å2 / Net I/σ(I): 6.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.04→28.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.184 / SU Rfree Blow DPI: 0.159 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.149
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29.655 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.18 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.04→28.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.04→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 30.5044 Å / Origin y: 14.7355 Å / Origin z: 0.902 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: { A|55 - A|425 } |