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- PDB-5jan: Exploitation of a Novel Binding Pocket in Human Lipoprotein-Assoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jan
タイトルExploitation of a Novel Binding Pocket in Human Lipoprotein-Associated Phospholipase A2 (Lp-PLA2) Discovered Through X-Ray Fragment Screening
要素Platelet-activating factor acetylhydrolase
キーワードHYDROLASE / phospholipase / lipid metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma lipoprotein particle oxidation / platelet activating factor catabolic process / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / platelet activating factor metabolic process / calcium-independent phospholipase A2 activity / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / lipid oxidation / low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle / low-density lipoprotein particle remodeling ...plasma lipoprotein particle oxidation / platelet activating factor catabolic process / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / platelet activating factor metabolic process / calcium-independent phospholipase A2 activity / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / lipid oxidation / low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle / low-density lipoprotein particle remodeling / positive regulation of monocyte chemotaxis / hydrolase activity, acting on ester bonds / phosphatidylcholine catabolic process / peptide hormone processing / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / phospholipid binding / positive regulation of inflammatory response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Platelet-activating factor acetylhydrolase, eucaryote / Platelet-activating factor acetylhydrolase, isoform II / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6HP / Platelet-activating factor acetylhydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Day, P.J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Exploitation of a Novel Binding Pocket in Human Lipoprotein-Associated Phospholipase A2 (Lp-PLA2) Discovered through X-ray Fragment Screening.
著者: Woolford, A.J. / Pero, J.E. / Aravapalli, S. / Berdini, V. / Coyle, J.E. / Day, P.J. / Dodson, A.M. / Grondin, P. / Holding, F.P. / Lee, L.Y. / Li, P. / Manas, E.S. / Marino, J. / Martin, A.C. ...著者: Woolford, A.J. / Pero, J.E. / Aravapalli, S. / Berdini, V. / Coyle, J.E. / Day, P.J. / Dodson, A.M. / Grondin, P. / Holding, F.P. / Lee, L.Y. / Li, P. / Manas, E.S. / Marino, J. / Martin, A.C. / McCleland, B.W. / McMenamin, R.L. / Murray, C.W. / Neipp, C.E. / Page, L.W. / Patel, V.K. / Potvain, F. / Rich, S. / Rivero, R.A. / Smith, K. / Somers, D.O. / Trottet, L. / Velagaleti, R. / Williams, G. / Xie, R.
履歴
登録2016年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月22日Group: Database references
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Platelet-activating factor acetylhydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5265
ポリマ－44,2031
非ポリマー3234
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area290 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area15680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.373, 92.080, 48.273
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Platelet-activating factor acetylhydrolase / PAF acetylhydrolase / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / 2-acetyl-1- ...PAF acetylhydrolase / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / 2-acetyl-1-alkylglycerophosphocholine esterase / Group-VIIA phospholipase A2 / gVIIA-PLA2 / LDL-associated phospholipase A2 / LDL-PLA(2) / PAF 2-acylhydrolase


分子量: 44203.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLA2G7, PAFAH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q13093, 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-6HP / 1,3-dimethyl-6-(2-methylpropoxy)pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione


分子量: 212.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 1.0M NaCl, 0.1M HEPES/NaOHpH=7.4, 28.8%w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→46.33 Å / Num. obs: 21778 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 7.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
d*TREKデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化解像度: 2.12→46.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 16.474 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.28 / ESU R Free: 0.219 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26693 1172 5.1 %RANDOM
Rwork0.22291 ---
obs0.22519 21778 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 34.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.67 Å2-0 Å20.78 Å2
2---2.14 Å20 Å2
3---3.09 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.12→46.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2978 0 18 131 3127
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193071
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4251.9464154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9322.9886684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8055372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.83623.865148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.23315.028532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9841518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined00.0213472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02738
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0573.1391485
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0363.1351484
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3473.5461584
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3473.5491585
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.3967.2981071
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.117→2.172 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 95 -
Rwork0.312 1567 -
obs--98.17 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.7183 Å / Origin y: 14.6937 Å / Origin z: 1.0399 Å
111213212223313233
T0.126 Å20.0013 Å20.0471 Å2-0.1333 Å2-0.0235 Å2--0.027 Å2
L2.4734 °2-0.3773 °20.304 °2-2.2689 °2-0.3996 °2--1.6822 °2
S0.0407 Å °-0.0469 Å °0.0695 Å °0.0124 Å °-0.0338 Å °0.0995 Å °-0.035 Å °-0.1306 Å °-0.007 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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