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- PDB-5jam: Yersinia pestis FabV variant T276V -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jam
タイトルYersinia pestis FabV variant T276V
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
キーワードOXIDOREDUCTASE / fatty acid biosynthesis FabV
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / NAD binding
類似検索 - 分子機能
: / Trans-2-enoyl-CoA reductase / Enoyl reductase FAD binding domain / Trans-2-enoyl-CoA reductase catalytic domain, putative / Enoyl reductase FAD binding domain / Trans-2-enoyl-CoA reductase catalytic region / NAD(P)H binding domain of trans-2-enoyl-CoA reductase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pschibul, A. / Kuper, J. / HIrschbeck, M. / Kisker, C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Selectivity of Pyridone- and Diphenyl Ether-Based Inhibitors for the Yersinia pestis FabV Enoyl-ACP Reductase.
著者: Neckles, C. / Pschibul, A. / Lai, C.T. / Hirschbeck, M. / Kuper, J. / Davoodi, S. / Zou, J. / Liu, N. / Pan, P. / Shah, S. / Daryaee, F. / Bommineni, G.R. / Lai, C. / Simmerling, C. / Kisker, C. / Tonge, P.J.
履歴
登録2016年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月8日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1025
ポリマ－44,2021
非ポリマー9004
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area16700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.872, 102.872, 84.794
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / ENR


分子量: 44201.863 Da / 分子数: 1 / 変異: T276V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: fabV, YPO4104, y4119, YP_4011 / プラスミド: pet15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q8Z9U1, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.89 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 150 mM (NH4)2SO4 25-38% PEG 4000 100 mM MES PH 5.6-5.9
PH範囲: 5.6-5.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→44.55 Å / Num. obs: 35422 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 1.885 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4bkr

4bkr


解像度: 2→44.545 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.96
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2273 1772 5.01 %
Rwork0.201 --
obs0.2023 35384 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→44.545 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3096 0 56 102 3254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023535
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.594802
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4442127
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042534
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003646
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.05410.36041170.3232582X-RAY DIFFRACTION100
2.0541-2.11460.33941480.29712539X-RAY DIFFRACTION100
2.1146-2.18280.29941380.28512560X-RAY DIFFRACTION100
2.1828-2.26090.3111380.25872543X-RAY DIFFRACTION100
2.2609-2.35140.24331460.24262539X-RAY DIFFRACTION100
2.3514-2.45840.27061270.23042577X-RAY DIFFRACTION100
2.4584-2.5880.27261530.22832565X-RAY DIFFRACTION100
2.588-2.75010.23931310.21172560X-RAY DIFFRACTION100
2.7501-2.96240.23851380.21992592X-RAY DIFFRACTION100
2.9624-3.26040.24211450.20192575X-RAY DIFFRACTION100
3.2604-3.7320.17791290.1872610X-RAY DIFFRACTION100
3.732-4.70110.17011430.14772623X-RAY DIFFRACTION100
4.7011-44.55590.20391190.16862747X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.17091.59981.17292.22330.1473.02480.0050.05410.0010.0731-0.0526-0.0531-0.19820.50630.0470.1722-0.0686-0.00190.3397-0.00480.136415.541-38.03970.9131
22.96341.15911.63830.67120.29962.7869-0.49340.24340.6297-0.1575-0.04510.3068-0.6559-0.06870.20120.3493-0.0495-0.09790.36290.07260.4070.5444-29.2325-10.3023
31.40622.61980.17062.6795-0.26421.183-0.28660.40350.138-0.2560.32150.4227-0.07070.2919-0.0690.2631-0.1163-0.04760.49920.02080.19555.5817-38.1551-17.1393
42.79181.44271.29052.06770.63413.134-0.03960.3917-0.1946-0.14970.10440.01780.24180.2836-0.01110.21210.00220.010.3547-0.04290.16353.9073-48.1928-9.1673
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -5 through 137 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 138 through 218 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 219 through 315 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 316 through 399 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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