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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ja8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the HigB2 toxin in complex with Nb2 | ||||||
要素 |
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キーワード | TOXIN / toxin-antitoxin system | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Toxin HigB-2 / RelE toxin of RelE / RelB toxin-antitoxin system / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌) Lama glama (ラマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å | ||||||
データ登録者 | Hadzi, S. / Loris, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017 タイトル: Ribosome-dependent Vibrio cholerae mRNAse HigB2 is regulated by a beta-strand sliding mechanism. 著者: Hadzi, S. / Garcia-Pino, A. / Haesaerts, S. / Jurenas, D. / Gerdes, K. / Lah, J. / Loris, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ja8.cif.gz | 378.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ja8.ent.gz | 322.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ja8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5ja8_validation.pdf.gz | 546.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5ja8_full_validation.pdf.gz | 568.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5ja8_validation.xml.gz | 38.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ja8_validation.cif.gz | 51.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/5ja8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/5ja8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
-タンパク質 / 抗体 , 2種, 8分子 ACEGBDFH
#1: タンパク質 | 分子量: 13164.109 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌) 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: higB-2, VC_A0468 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KMA6 #2: 抗体 | 分子量: 13938.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-非ポリマー , 6種, 146分子
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.33 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2M Lithiumsulphate; 0.1M Tris pH8.5; 30% (w/v) PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月20日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.49→49.545 Å / Num. obs: 34841 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.24 % / Biso Wilson estimate: 43.89 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Net I/σ(I): 9.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.49→46.476 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.81
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 165.56 Å2 / Biso mean: 50.0384 Å2 / Biso min: 19.38 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.49→46.476 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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