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- PDB-5ja8: Crystal structure of the HigB2 toxin in complex with Nb2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ja8
タイトルCrystal structure of the HigB2 toxin in complex with Nb2
要素
  • Nanobody 2
  • Toxin HigB-2
キーワードTOXIN / toxin-antitoxin system
機能・相同性
機能・相同性情報


Toxin HigB-2 / RelE toxin of RelE / RelB toxin-antitoxin system / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 1,3-PROPANDIOL / PHOSPHATE ION / Toxin HigB-2
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae serotype O1 (コレラ菌)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Hadzi, S. / Loris, R.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Ribosome-dependent Vibrio cholerae mRNAse HigB2 is regulated by a beta-strand sliding mechanism.
著者: Hadzi, S. / Garcia-Pino, A. / Haesaerts, S. / Jurenas, D. / Gerdes, K. / Lah, J. / Loris, R.
履歴
登録2016年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / pdbx_data_processing_status ...diffrn_radiation_wavelength / pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Toxin HigB-2
B: Nanobody 2
C: Toxin HigB-2
D: Nanobody 2
E: Toxin HigB-2
F: Nanobody 2
G: Toxin HigB-2
H: Nanobody 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,10924
ポリマ－108,4108
非ポリマー1,70016
水2,342130
1
A: Toxin HigB-2
B: Nanobody 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5087
ポリマ－27,1022
非ポリマー4065
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area11370 Å2
手法PISA
2
C: Toxin HigB-2
D: Nanobody 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7978
ポリマ－27,1022
非ポリマー6946
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area12610 Å2
手法PISA
3
E: Toxin HigB-2
F: Nanobody 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5315
ポリマ－27,1022
非ポリマー4283
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12520 Å2
手法PISA
4
G: Toxin HigB-2
H: Nanobody 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2744
ポリマ－27,1022
非ポリマー1712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.000, 109.280, 117.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
31chain E
41chain G
12chain B
22chain D
32chain F
42chain H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISGLNGLNchain AAA0 - 1091 - 110
21HISHISSERSERchain CCC0 - 1101 - 111
31HISHISSERSERchain EEE0 - 1101 - 111
41HISHISSERSERchain GGG0 - 1101 - 111
12GLNGLNSERSERchain BBB2 - 1221 - 121
22GLNGLNHISHISchain DDD2 - 1281 - 127
32GLNGLNHISHISchain FFF2 - 1281 - 127
42GLNGLNHISHISchain HHH2 - 1231 - 122

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Toxin HigB-2


分子量: 13164.109 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961) (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: higB-2, VC_A0468 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KMA6
#2: 抗体
Nanobody 2


分子量: 13938.359 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 146分子

#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL


分子量: 76.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Lithiumsulphate; 0.1M Tris pH8.5; 30% (w/v) PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→49.545 Å / Num. obs: 34841 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.24 % / Biso Wilson estimate: 43.89 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Net I/σ(I): 9.17
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.49-2.641.3511.47196.7
2.64-2.820.8832.361100
2.82-3.050.5144.011100
3.05-3.340.36.65199.9
3.34-3.730.16810.81100
3.73-4.30.10316.12199.9
4.3-5.260.07220.361100
5.26-7.40.07818.991100
7.4-49.5450.05224.63198.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.49→46.476 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2476 1737 5 %
Rwork0.2013 --
obs0.2036 34755 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 165.56 Å2 / Biso mean: 50.0384 Å2 / Biso min: 19.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→46.476 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7246 0 157 130 7533
Biso mean--80.47 38.77 -
残基数----922
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067494
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03110093
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421051
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041301
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5642707
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2013X-RAY DIFFRACTION12.777TORSIONAL
12C2013X-RAY DIFFRACTION12.777TORSIONAL
13E2013X-RAY DIFFRACTION12.777TORSIONAL
14G2013X-RAY DIFFRACTION12.777TORSIONAL
21B2250X-RAY DIFFRACTION12.777TORSIONAL
22D2250X-RAY DIFFRACTION12.777TORSIONAL
23F2250X-RAY DIFFRACTION12.777TORSIONAL
24H2250X-RAY DIFFRACTION12.777TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4897-2.5630.38471340.33332554268894
2.563-2.64570.35421440.307727282872100
2.6457-2.74020.33931440.291927312875100
2.7402-2.84990.29261430.261827302873100
2.8499-2.97960.30891440.260427252869100
2.9796-3.13670.2751440.250327352879100
3.1367-3.33310.30731460.234327752921100
3.3331-3.59040.27421450.198827492894100
3.5904-3.95150.22891440.171527562900100
3.9515-4.52290.17621470.145227982945100
4.5229-5.69680.1911480.141428112959100
5.6968-46.48440.21771540.18472926308099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.98610.11471.66755.32292.50665.60990.02140.17160.0592-0.2915-0.08790.087-0.3655-0.29020.04610.23810.020.06150.31110.03780.289299.21614.401526.7033
24.38-0.35641.92592.49671.85555.7266-0.0232-0.40130.19190.24790.1445-0.204-0.2025-0.0793-0.10810.2776-0.0192-0.00440.2279-0.04530.3134112.717720.297948.4138
34.17990.8046-1.74725.3022-1.80582.58690.0060.1663-0.3844-0.31020.00120.04950.26350.14880.00640.24110.0233-0.05630.3691-0.12690.3317126.7653-4.471929.2306
42.9661-0.2871-1.92820.72620.25595.60750.031-0.519-0.52280.09270.082-0.02780.5330.0998-0.11260.3068-0.0035-0.0390.32110.09590.4501111.0401-8.439551.6104
53.75150.4598-2.14395.7618-2.86533.58770.12080.0928-0.1465-0.1599-0.18350.05540.09420.13460.0630.27030.036-0.05920.3663-0.04260.2296126.8093-60.524255.5563
62.5667-0.3225-1.16881.36860.33834.8228-0.0144-0.29760.01410.1390.04620.03810.1047-0.1274-0.05240.1994-0.0102-0.03470.3023-0.01930.2847110.9799-64.156478.0005
72.52450.64562.1073.79622.58735.2044-0.042-0.00970.2131-0.3370.03230.2371-0.9959-0.4110.02250.5730.2110.09560.51940.08350.384199.6495-40.29353.3744
83.63840.20050.59083.54081.35663.54440.371-0.30150.34190.0918-0.1093-0.1972-1.0307-0.0696-0.23910.6647-0.02250.11260.3179-0.05870.4688113.1319-35.689375.7443
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 110 )A0 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 2 through 122 )B2 - 122
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 0 through 110 )C0 - 110
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 2 through 128 )D2 - 128
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 0 through 110 )E0 - 110
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 2 through 128 )F2 - 128
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G' and (resid 0 through 110 )G0 - 110
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 2 through 124 )H2 - 124

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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