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- PDB-5j96: Crystal structure of Slow Bee Paralysis Virus at 3.4A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j96
タイトルCrystal structure of Slow Bee Paralysis Virus at 3.4A resolution
要素
  • Genome polyprotein
  • VP1
  • VP2
キーワードVIRUS / icosahedral virus / honeybee / protrusion
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / viral capsid / RNA helicase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding ...host cell membrane / viral capsid / RNA helicase activity / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Dicistrovirus, capsid-polyprotein, C-terminal / CRPV capsid protein like / Jelly Rolls - #20 / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus ...Dicistrovirus, capsid-polyprotein, C-terminal / CRPV capsid protein like / Jelly Rolls - #20 / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Slow bee paralysis virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Kalynych, S. / Levdansky, Y. / Palkova, L. / Plevka, P.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2016
タイトル: Virion Structure of Iflavirus Slow Bee Paralysis Virus at 2.6-Angstrom Resolution.
著者: Kalynych, S. / Pridal, A. / Palkova, L. / Levdansky, Y. / de Miranda, J.R. / Plevka, P.
履歴
登録2016年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月22日Group: Database references
改定 1.22016年8月10日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP2
C: Genome polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,7553
ポリマ－107,7553
非ポリマー00
水00
1
A: VP1
B: VP2
C: Genome polyprotein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,465,320180
ポリマ－6,465,320180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: VP1
B: VP2
C: Genome polyprotein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 539 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)538,77715
ポリマ－538,77715
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: VP1
B: VP2
C: Genome polyprotein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 647 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)646,53218
ポリマ－646,53218
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)360.661, 360.661, 360.661
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.5, -0.809017, -0.309017), (0.809017, 0.309017, 0.5), (-0.309017, -0.5, 0.809017)
3generate(-0.309017, -0.5, -0.809017), (0.5, -0.809017, 0.309017), (-0.809017, -0.309017, 0.5)
4generate(-0.309017, 0.5, -0.809017), (-0.5, -0.809017, -0.309017), (-0.809017, 0.309017, 0.5)
5generate(0.5, 0.809017, -0.309017), (-0.809017, 0.309017, -0.5), (-0.309017, 0.5, 0.809017)

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要素

#1: タンパク質 VP1


分子量: 30307.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Slow bee paralysis virus (ウイルス)
詳細 (発現宿主): pupae / 発現宿主: Apis mellifera (セイヨウミツバチ) / 参照: UniProt: A7LM73
#2: タンパク質 VP2


分子量: 29824.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Slow bee paralysis virus (ウイルス)
詳細 (発現宿主): pupae / 発現宿主: Apis mellifera (セイヨウミツバチ) / 参照: UniProt: A7LM73
#3: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 47623.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Slow bee paralysis virus (ウイルス)
詳細 (発現宿主): pupae / 発現宿主: Apis mellifera (セイヨウミツバチ) / 参照: UniProt: A7LM73

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶解説: small cubes with 30-50 micrometer long edges
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: NaCitrate pH 6.5, 5% (v/v) PEG-4,000, 0.2M NDSB-2 / Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.994 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.994 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.41→70.7 Å / Num. obs: 92015 / % possible obs: 87.4 % / 冗長度: 6 % / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 3.41→3.45 Å / Rmerge(I) obs: 1.26 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / % possible all: 43.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
CNS1.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
GLRF位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NAP

3nap


解像度: 3.41→70.7 Å / 交差検証法: NONE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 --
Rwork0.339 --
obs-92015 87.4 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.41→70.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7029 0 0 0 7029

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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