PDB-5j7k: Loop grafting onto a highly stable FN3 scaffold

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j7k

タイトル

Loop grafting onto a highly stable FN3 scaffold

要素

FN3con-a-lys

キーワード

PROTEIN BINDING / loop grafting / rational design / fibronectin type III / FN3 / protein binding-hydrolase complex

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.46 Å

データ登録者

Porebski, B.T. / Drinkwater, N. / McGowan, S. / Buckle, A.M.

引用

ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2016
タイトル: Circumventing the stability-function trade-off in an engineered FN3 domain.
著者: Porebski, B.T. / Conroy, P.J. / Drinkwater, N. / Schofield, P. / Vazquez-Lombardi, R. / Hunter, M.R. / Hoke, D.E. / Christ, D. / McGowan, S. / Buckle, A.M.

履歴

登録	2016年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月14日	Group: Database references
改定 1.2	2016年9月21日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5j7k.cif.gz	241.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5j7k.ent.gz	195.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j7k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5j7k_validation.pdf.gz	495.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5j7k_full_validation.pdf.gz	509 KB	表示
XML形式データ	5j7k_validation.xml.gz	24.2 KB	表示
CIF形式データ	5j7k_validation.cif.gz	33.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/5j7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/5j7k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5j7cC 4u3hS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6jr3-d 3l51-d 6am3-d 2qww-1 3e4b-1 3cvd-d 5834 6ipi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FN3con-a-lys

B: FN3con-a-lys

C: FN3con-a-lys

D: FN3con-a-lys

E: FN3con-a-lys

F: FN3con-a-lys

G: FN3con-a-lys

H: FN3con-a-lys

ヘテロ分子

89.1 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FN3con-a-lys

C: FN3con-a-lys

E: FN3con-a-lys

H: FN3con-a-lys

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: FN3con-a-lys

D: FN3con-a-lys

F: FN3con-a-lys

G: FN3con-a-lys

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.220, 71.230, 126.141
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.43, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	FN3con-a-lys 分子量: 11077.237 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.98 % / 解説: Large flat plates that formed within 2 days.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 5% glycerol, 10% 2-propanol, 0.2 M zinc acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.46→50.22 Å / Num. obs: 32118 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2.46→2.56 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 1.17 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4U3H

4u3h

解像度: 2.46→50.219 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.28 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2854	1630	5.08 %	Random selection
R_work	0.2594	-	-	-
obs	0.2611	32099	98.57 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.46→50.219 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4338	0	7	69	4414

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4437
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.058	6075
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.044	2485
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	726
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	756

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.46-2.5394	0.3365	134	0.3564	2749	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5394-2.6302	0.3258	137	0.3528	2790	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6302-2.7355	0.3482	151	0.3239	2743	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7355-2.86	0.3605	146	0.3182	2732	X-RAY DIFFRACTION	94
2.86-3.0107	0.3291	159	0.2874	2786	X-RAY DIFFRACTION	94
3.0107-3.1993	0.3167	139	0.2774	2745	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1993-3.4462	0.3288	136	0.2551	2797	X-RAY DIFFRACTION	94
3.4462-3.7928	0.3095	169	0.255	2776	X-RAY DIFFRACTION	93
3.7928-4.3411	0.241	149	0.2277	2768	X-RAY DIFFRACTION	94
4.3411-5.4675	0.2147	155	0.1988	2817	X-RAY DIFFRACTION	94
5.4675-42.0519	0.2903	132	0.2779	2786	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9969	1.1007	2.2158	5.1834	2.6988	1.968	0.047	-0.5352	0.0731	0.5348	-0.0065	0.0713	-0.1463	-0.0089	0.0249	0.4559	-0.0031	-0.07	0.2947	0.0716	0.3448	90.8085	16.2156	129.4068
2	0.4555	-1.2404	-0.62	3.469	2.6479	2.0009	0.0502	0.022	0.2101	0.189	0.2498	-0.3723	-0.4138	0.3257	-0.1534	0.4859	-0.0152	0.0716	0.2823	0.0824	0.4849	92.0403	14.1703	114.8436
3	0.4264	0.4137	-0.1033	2.3298	-0.3929	2.0004	-0.1922	-0.0858	0.3728	-0.2954	-0.227	-0.2855	-0.7089	0.2964	0.2321	-0.1314	-0.0681	-0.0109	0.3591	0.0945	0.5842	94.0403	12.1162	124.7824
4	3.2329	-6.7269	1.9016	2.0008	-3.9784	1.139	-0.1845	-0.541	-0.0974	0.6777	0.2224	-0.5553	-0.0825	0.2318	-0.061	0.5	-0.1804	-0.069	0.7752	0.0293	0.4617	97.8672	8.4102	137.6201
5	6.9688	-1.0364	4.7495	1.7045	-0.9773	5.1487	-0.068	-0.0472	-0.2208	0.4985	0.3156	0.2635	0.2353	0.1694	-0.1679	0.5248	-0.0516	0.0591	0.4691	0.0766	0.3101	88.1388	3.505	125.5898
6	1.7449	1.6852	0.1904	3.1884	-0.1516	3.6195	-0.0358	-0.0887	-0.0707	-0.2346	0.5884	0.3876	0.5706	-0.4294	-0.3407	0.3265	-0.008	-0.0042	0.4931	0.0605	0.5767	85.8929	0.7052	123.2646
7	1.8719	-0.0316	0.3488	1.4037	0.5659	0.7554	-0.2765	-0.5892	-0.1432	-0.502	0.3205	-0.2996	0.265	0.4593	-0.0287	-0.0178	0.1432	-0.0742	0.7206	-0.0214	0.4973	94.8989	8.0712	121.4169
8	3.076	0.006	3.7823	2.1179	-2.1522	9.9114	0.0174	-0.5235	-0.1155	0.3121	0.032	0.1769	0.1248	-0.1082	-0.1889	0.3296	-0.0959	-0.0598	0.4038	-0.0375	0.3235	85.7449	7.1159	125.7641
9	1.788	-1.9724	1.37	3.0432	-2.6536	2.7398	-0.179	-0.4995	-0.1648	0.2626	0.1917	-0.0118	0.2025	-0.0753	-0.1008	0.3453	0.0423	-0.0787	0.4984	-0.0027	0.3079	86.0581	9.7344	128.4179
10	0.0422	0.0091	0.5487	-0.0294	0.0127	8.1434	0.2656	-0.03	0.1422	-0.0338	0.2131	0.7588	-0.2468	-0.0731	-0.0308	0.4355	0.13	-0.0923	0.0692	-0.5032	0.0982	84.8376	14.7259	104.0893
11	3.8667	0.9272	-1.2981	4.324	-0.0425	8.4754	0.3131	-0.8897	-0.2773	-0.3359	0.1733	0.282	0.1159	0.0936	-0.1301	0.1243	-0.015	0.0808	0.535	0.0124	0.4465	106.8064	25.0518	185.8214
12	3.6131	-1.2899	-2.3468	2.1392	2.3521	2.8821	-0.0482	0.0338	0.4115	-0.174	-0.2444	0.0371	-0.1017	-0.1279	0.1054	0.4327	-0.0473	0.3146	1.0149	-0.1924	0.5252	99.2206	33.2447	201.1031
13	4.8623	2.2343	-0.5533	3.7041	-1.679	1.6804	0.1974	-0.343	0.5095	0.3085	0.2197	-0.101	-0.4132	0.1139	-0.3115	0.1583	0.0277	0.0112	0.359	-0.0878	0.447	110.3184	36.4114	188.6672
14	3.0726	1.1603	3.5085	2.0009	-2.2093	4.4989	0.2488	0.5364	0.1053	-1.7561	-0.1412	-1.6933	0.2349	1.4468	-0.2102	0.4511	-0.1681	0.0368	0.5434	-0.0792	0.5572	118.7365	38.7668	184.5077
15	0.5535	-1.0306	-0.4292	1.8563	0.6926	0.2315	0.3498	-0.3666	0.331	-0.1077	0.2646	0.4149	-0.6035	-0.5402	-0.2433	0.2174	0.1023	-0.0637	0.5516	0.0489	0.6199	101.5534	36.1532	190.9108
16	0.8974	1.2542	-0.4132	2.0399	-0.2523	4.1944	-0.0521	-0.2727	-0.115	-0.3117	0.0174	0.1769	-0.1832	-0.1626	0.1001	0.2658	0.0145	0.0596	0.3278	0.0704	0.327	109.8229	31.8408	183.8213
17	0.6464	-0.1141	-0.6111	0.0096	0.0513	0.4851	0.0619	-0.0525	0.3402	-0.205	-0.1131	0.1635	-0.1126	-0.1827	-0.0865	0.7119	-0.0539	0.3852	0.6867	0.0278	0.9829	105.7729	40.891	199.7599
18	0.9219	0.4272	-0.1147	0.7518	-0.1623	0.0295	0.2845	0.2683	0.469	-0.0013	-0.0251	0.7996	-0.1026	0.3406	-0.0553	0.4275	0.0456	-0.2664	0.2505	0.1152	0.4433	114.5955	25.0614	173.0185
19	1.8085	0.7835	0.8884	1.8137	-0.4486	1.0437	0.0573	0.3165	0.0373	-0.1502	-0.0235	0.1876	-0.6548	-0.0039	0.0022	0.7352	0.0424	0.1187	0.3364	0.0343	0.4006	91.4181	26.1408	99.299
20	1.9025	0.1008	1.1717	2.442	-0.2817	0.7334	-0.0926	-0.0328	0.1668	0.4986	0.1135	-0.1597	-0.3832	0.0946	-0.0032	0.8451	0.0161	0.0372	0.2928	-0.0538	0.3219	89.9731	26.5938	103.8486
21	0.2215	-0.435	1.4269	0.8925	-2.6724	9.2288	0.4778	0.8688	0.0824	-0.5371	-0.8107	-0.1046	-0.18	0.1458	0.1551	1.0256	0.4129	-0.26	-0.5804	0.2009	0.5503	85.3238	21.8949	110.6055
22	0.0688	0.1689	-0.0537	0.3724	-0.0257	1.2882	0.0355	0.5923	0.2947	-0.3743	-0.2637	-0.2397	-0.1107	0.4244	0.1257	0.6182	0.0108	0.1483	0.5185	0.1472	0.5687	85.8016	27.3046	166.2133
23	4.3949	0.8687	0.4911	2.8576	-0.1487	0.0391	0.2953	0.1533	0.8312	-1.0213	-0.4296	-0.3226	-0.6503	-0.6212	-0.1158	0.3776	0.2202	0.0708	0.0598	0.1215	0.5332	79.6684	26.4692	171.1819
24	1.9885	0.5635	-0.7248	1.6449	-0.0489	2.8432	0.1827	0.2278	-0.1488	-0.3296	-0.2125	-0.1854	0.6337	-0.3163	-0.0351	0.3069	0.1074	-0.0569	0.3417	-0.0861	0.606	111.6242	17.6281	120.7828
25	0.0017	0.0121	-0.0054	-0.0283	0.0183	-0.0048	-0.139	-0.531	-0.2175	1.113	0.2553	0.2873	0.3932	0.2156	0.0607	-1.4252	-0.1757	-0.0117	0.8561	-0.3721	0.8285	105.3343	19.6971	138.0169
26	3.9918	-0.6897	-0.8327	2.7645	0.289	3.4659	0.2449	-0.4916	0.1014	0.1902	0.1033	0.0228	-0.6891	0.1391	-0.2968	0.3387	0.067	-0.0014	0.2969	-0.0869	0.5385	114.8213	27.3453	128.7913
27	0.481	-0.6418	-0.4568	0.6743	0.6928	2.5948	0.1122	-0.115	-0.2812	0.0205	-0.0141	0.2098	-0.19	-0.5675	-0.181	0.2201	0.1133	-0.016	0.5183	-0.0027	0.4103	109.1256	22.9461	122.8821
28	6.596	1.3532	-1.2998	6.2342	-2.1056	7.9371	-0.0043	-0.4861	0.3619	0.4611	-0.1738	-0.3887	-0.208	-0.0599	0.0143	0.2744	-0.169	0.0559	0.2557	-0.0483	0.4549	118.0553	22.3511	127.1533
29	2.5007	-0.7292	-1.2406	2.2518	1.2166	3.9895	-0.3743	-0.6377	0.0066	0.091	-0.1878	0.6493	-0.1497	0.1505	0.2605	0.3264	0.031	0.0636	0.375	-0.0022	0.4107	118.5758	19.1863	122.7905
30	2.4431	2.4538	2.7674	6.0163	4.4129	3.8418	-0.0719	-0.2235	0.3216	0.2129	-0.3693	-0.1776	0.411	-0.0443	0.3457	0.304	-0.1116	-0.007	0.3236	0.0694	0.4233	86.4929	23.0487	183.0153
31	1.5965	0.559	-0.7046	3.5979	0.3471	3.0406	0.3125	0.0148	0.4188	0.1011	0.1398	0.1222	0.3871	0.1029	-0.2422	0.1817	-0.0604	-0.0008	0.3854	0.0896	0.4668	85.3085	16.8551	193.0317
32	0.7047	-0.3278	0.2935	0.7492	0.0753	2.4299	-0.0178	-0.2356	-0.0482	0.0786	-0.0837	-0.2097	0.2147	0.1723	0.0817	0.2758	0.0026	0.0253	0.3492	0.0489	0.4665	84.6811	17.1833	186.0109
33	0.5191	0.0504	0.2495	1.0453	-0.367	1.314	0.066	0.2272	-0.044	-0.3073	-0.2936	0.7316	-0.1103	-0.1594	0.2465	0.5141	0.1289	-0.1235	0.4046	-0.0173	0.4998	104.7873	17.7207	161.8585
34	4.8175	1.0323	3.8412	0.2533	0.8434	3.0381	-0.1579	-0.386	-0.0526	-0.0166	0.2139	-0.0367	0.2575	-0.4347	0.1456	0.8446	0.0064	0.0047	0.4177	0.0251	0.6859	110.2213	9.3269	162.1883
35	1.2713	-2.9761	-0.5644	2.0096	-3.4764	4.1607	0.7283	-0.1172	-1.3899	-0.7295	0.2174	0.5484	0.6064	-0.5551	-0.7915	0.7822	-0.0785	-0.0663	0.6566	-0.1232	0.6866	111.0987	6.4383	164.2017
36	2.5386	-1.0406	0.4234	2.3949	-4.4314	9.2756	0.2708	0.2183	-0.7173	-0.4408	0.4038	0.6105	0.5239	-0.2684	-0.5745	0.2975	-0.1897	-0.2292	0.7657	0.1919	0.6918	97.2011	14.8478	157.7905
37	1.2669	1.0383	0.9488	1.39	1.236	1.2387	0.1496	0.298	-0.1835	0.1068	0.0722	-0.1117	0.5854	0.1258	-0.1618	0.4695	0.0652	0.0171	0.2544	0.0397	0.3181	111.2121	14.4712	167.9792
38	2.7031	-0.1214	2.3556	-0.0274	-0.2252	2.0933	0.2719	0.1421	-0.1853	0.2967	0.041	-0.2516	0.0578	-0.2863	-0.1007	0.7534	0.2329	-0.1642	0.515	-0.1315	0.4858	110.8817	12.8436	100.1764
39	0.3023	0.2514	1.201	0.1889	-1.1751	1.9855	0.3427	0.8873	-0.5313	-0.1923	-0.9931	1.0145	-0.1496	0.3208	0.0626	0.7572	0.3244	-0.1139	0.4864	-0.2477	0.5237	119.3667	13.8649	104.4015

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 10 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 11 through 17 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 18 through 22 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 23 through 29 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 30 through 37 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 38 through 47 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 48 through 64 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 65 through 73 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 74 through 91 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 92 through 98 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 4 through 22 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 23 through 29 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 30 through 37 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 38 through 42 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 43 through 53 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 54 through 73 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 74 through 87 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 88 through 99 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 6 through 47 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 48 through 72 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 73 through 98 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 8 through 64 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 65 through 99 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 7 through 21 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 22 through 29 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 30 through 48 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 49 through 64 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 65 through 72 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 73 through 94 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 7 through 17 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 18 through 42 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 43 through 97 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'G' and (resid 7 through 29 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'G' and (resid 30 through 37 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 38 through 47 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 48 through 54 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 55 through 98 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H' and (resid 7 through 64 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'H' and (resid 65 through 99 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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