PDB-5j78: Crystal structure of an Acetylating Aldehyde Dehydrogenase from G...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j78

タイトル

Crystal structure of an Acetylating Aldehyde Dehydrogenase from Geobacillus thermoglucosidasius

要素

Acetaldehyde dehydrogenase (Acetylating)

アセトアルデヒド脱水素酵素

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Acetylating aldehyde dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

アセトアルデヒド脱水素酵素 /

acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) activity /

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus thermoglucosidasius (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Crennell, S.J. / Extance, J.P. / Danson, M.J.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2016
タイトル: Structure of an acetylating aldehyde dehydrogenase from the thermophilic ethanologen Geobacillus thermoglucosidasius.
著者: Extance, J. / Danson, M.J. / Crennell, S.J.

履歴

登録	2016年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月2日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5j78.cif.gz	699 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5j78.ent.gz	584.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j78.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/5j78 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/5j78	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5j7iC 3k9dS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5j7i-d 3k9d-d 2jkr-2 2jkt-2 6hrq-d 3g25-d 6htz-d 4bz6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (5) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Acetaldehyde dehydrogenase (Acetylating)

B: Acetaldehyde dehydrogenase (Acetylating)

C: Acetaldehyde dehydrogenase (Acetylating)

D: Acetaldehyde dehydrogenase (Acetylating)

ヘテロ分子

213 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.579, 109.120, 196.243
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Acetaldehyde dehydrogenase (Acetylating) / アセトアルデヒド脱水素酵素分子量: 52270.883 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The strain used is from Geobacillus thermoglucosidasius NCIMB 11955 由来: (組換発現) Geobacillus thermoglucosidasius (バクテリア) 株: NCIMB 11955 / 遺伝子: AcAldDH / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0M1QQ83, アセトアルデヒド脱水素酵素
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.17 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.8, 0.2M MgCl2, 15% (v/v) PEG1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月8日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 123787 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3K9D

3k9d

解像度: 2.1→49.289 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.18

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1962	6236	5.04 %	random selection
R_work	0.1431	-	-	-
obs	0.1459	123659	99.87 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.289 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13597	0	246	1269	15112

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	14419
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.142	19456
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.531	5423
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	2272
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2521

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1001-2.124	0.2719	148	0.2172	3779	X-RAY DIFFRACTION	97
2.124-2.149	0.2704	220	0.2047	3882	X-RAY DIFFRACTION	100
2.149-2.1752	0.2467	197	0.1916	3850	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1752-2.2027	0.2912	205	0.189	3875	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2027-2.2317	0.2388	214	0.1724	3885	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2317-2.2623	0.2248	206	0.1681	3885	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2623-2.2946	0.2123	191	0.1605	3902	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2946-2.3288	0.2381	223	0.1582	3852	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3288-2.3652	0.2241	201	0.1553	3894	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3652-2.404	0.2335	202	0.1541	3891	X-RAY DIFFRACTION	100
2.404-2.4454	0.2294	209	0.1555	3875	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4454-2.4899	0.2255	180	0.143	3914	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4899-2.5378	0.2249	223	0.1411	3883	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5378-2.5896	0.203	200	0.1379	3897	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5896-2.6459	0.1958	211	0.1412	3891	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6459-2.7074	0.2206	229	0.1408	3856	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7074-2.7752	0.2133	209	0.1412	3911	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7752-2.8502	0.1945	205	0.1403	3921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8502-2.934	0.196	194	0.1406	3908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.934-3.0287	0.2313	202	0.1476	3940	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0287-3.137	0.1849	214	0.14	3889	X-RAY DIFFRACTION	100
3.137-3.2625	0.2029	192	0.1314	3959	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2625-3.411	0.1776	213	0.1316	3939	X-RAY DIFFRACTION	100
3.411-3.5908	0.169	221	0.1371	3891	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5908-3.8157	0.1789	203	0.132	3968	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8157-4.1101	0.1715	239	0.1256	3924	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1101-4.5235	0.1662	239	0.1125	3942	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5235-5.1774	0.1536	212	0.1145	4003	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1774-6.5207	0.1836	230	0.1513	4019	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5207-49.3031	0.1708	204	0.1592	4198	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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