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- PDB-5j62: FMN-dependent Nitroreductase (CDR20291_0684) from Clostridium dif... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j62
タイトルFMN-dependent Nitroreductase (CDR20291_0684) from Clostridium difficile R20291
要素Putative reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Nitroreductase / Hypervirulent / Clostridium difficile / R20291 / Metronidazole resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / Putative reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Peptoclostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Wang, B. / Powell, S.M. / Hessami, N. / Najar, F.Z. / Thomas, L.M. / West, A.H. / Karr, E.A. / Richter-Addo, G.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Price Family Foundation 米国
引用ジャーナル: Nitric Oxide / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of two nitroreductases from hypervirulent Clostridium difficile and functionally related interactions with the antibiotic metronidazole.
著者: Wang, B. / Powell, S.M. / Hessami, N. / Najar, F.Z. / Thomas, L.M. / Karr, E.A. / West, A.H. / Richter-Addo, G.B.
履歴
登録2016年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative reductase
B: Putative reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2426
ポリマ－52,1432
非ポリマー1,1004
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7940 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area19280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.323, 100.323, 99.921
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Putative reductase


分子量: 26071.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Peptoclostridium difficile (strain R20291) (バクテリア)
株: R20291 / 遺伝子: CDR20291_0684 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C9YJD4
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.98 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.6 10% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 28386 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.9 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.901 / Net I/av σ(I): 40.667 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 678045
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.15-2.1911.90.74213880.8160.2180.7750.8599.9
2.19-2.23160.69513930.8950.1760.7180.875100
2.23-2.27200.62913820.920.1420.6450.891100
2.27-2.3222.70.55714000.9530.1180.5690.875100
2.32-2.3724.50.50113770.9630.1020.5120.894100
2.37-2.4225.10.42213910.9770.0850.4310.89100
2.42-2.4825.20.36714170.9840.0740.3740.885100
2.48-2.5523.30.31313900.9850.0650.320.88699.9
2.55-2.6225.20.2713960.9910.0540.2750.89499.9
2.62-2.71270.23614030.9940.0460.240.91599.9
2.71-2.8126.80.18713970.9960.0360.190.91999.9
2.81-2.9226.50.15214120.9970.030.1550.9299.9
2.92-3.0526.30.12414150.9980.0240.1260.924100
3.05-3.2125.70.09814210.9990.020.10.924100
3.21-3.4123.60.07514260.9990.0160.0770.912100
3.41-3.6827.20.06142610.0120.0610.95100
3.68-4.0526.60.051143410.010.0520.933100
4.05-4.6325.50.043145610.0090.0440.893100
4.63-5.8324.50.04147610.0080.0410.824100
5.83-5023.70.032158610.0070.0320.91799.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
HKL-3000位相決定
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ensemble model of 3PXV and 3EK3

3pxv

3ek3


解像度: 2.15→35.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 4.389 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2175 1415 5 %RANDOM
Rwork0.1673 ---
obs0.1698 26891 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 129.2 Å2 / Biso mean: 45.286 Å2 / Biso min: 24.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.23 Å2-0 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→35.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3259 0 73 138 3470
Biso mean--35.89 44.56 -
残基数----417
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0193401
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023235
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7661.9564622
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0412.9837467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8655417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.89625.364151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.60915589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.6591516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213833
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02727
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9984.2321671
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.9754.231670
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4896.3212087
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 87 -
Rwork0.216 1951 -
all-2038 -
obs--99.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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