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Yorodumi- PDB-5j6c: FMN-dependent Nitroreductase (CDR20291_0767) from Clostridium dif... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5j6c | ||||||
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Title | FMN-dependent Nitroreductase (CDR20291_0767) from Clostridium difficile R20291 | ||||||
Components | Putative reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Nitroreductase / Hypervirulent / Metronidazole resistance | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Peptoclostridium difficile (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.096 Å | ||||||
Authors | Powell, S.M. / Wang, B. / Hessami, N. / Najar, F.Z. / Thomas, L.M. / West, A.H. / Karr, E.A. / Richter-Addo, G.B. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nitric Oxide / Year: 2016 Title: Crystal structures of two nitroreductases from hypervirulent Clostridium difficile and functionally related interactions with the antibiotic metronidazole. Authors: Wang, B. / Powell, S.M. / Hessami, N. / Najar, F.Z. / Thomas, L.M. / Karr, E.A. / West, A.H. / Richter-Addo, G.B. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5j6c.cif.gz | 88.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5j6c.ent.gz | 65.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5j6c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5j6c_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5j6c_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 5j6c_validation.xml.gz | 16.4 KB | Display | |
Data in CIF | 5j6c_validation.cif.gz | 22.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/5j6c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/5j6c | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5j62C 3m5kS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23300.771 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Peptoclostridium difficile (strain R20291) (bacteria) Strain: R20291 / Gene: CDR20291_0767 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) / References: UniProt: C9YJL7 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.68 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.2M di-hydrogen ammonium citrate 20% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.54178 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 300K / Detector: PIXEL / Date: Jul 8, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54178 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 25340 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 22.72 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.129 / Χ2: 1.264 / Net I/av σ(I): 12.64 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 86479 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3M5K Resolution: 2.096→43.941 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / Phase error: 23.68 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 67.08 Å2 / Biso mean: 25.0279 Å2 / Biso min: 12.71 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.096→43.941 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13
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