PDB-5j5y: Translation initiation factor 4E in complex with m2(7,2'O)GppCCl2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j5y

タイトル

Translation initiation factor 4E in complex with m2(7,2'O)GppCCl2ppG mRNA 5' cap analog

要素

Eukaryotic translation initiation factor 4E

キーワード

TRANSLATION / Protein-ligand complex / translation initiation factor / eIF4E / m2(7 / 2'O)GppCCl2ppG / dichloromethylenebisphosphonate / mRNA 5' cap analog

機能・相同性

機能・相同性情報

Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / Deadenylation of mRNA / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / ISG15 antiviral mechanism / mTORC1-mediated signalling / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Warminski, M. / Nowak, E. / Rydzik, A.M. / Kowalska, J. / Jemielity, J. / Nowotny, M.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: mRNA cap analogues substituted in the tetraphosphate chain with CX2: identification of O-to-CCl2 as the first bridging modification that confers resistance to decapping without impairing translation.
著者: Rydzik, A.M. / Warminski, M. / Sikorski, P.J. / Baranowski, M.R. / Walczak, S. / Kowalska, J. / Zuberek, J. / Lukaszewicz, M. / Nowak, E. / W Claridge, T.D. / Darzynkiewicz, E. / Nowotny, M. / Jemielity, J.

履歴

登録	2016年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Advisory / Database references / カテゴリ: citation / database_PDB_caveat Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.0	2019年1月23日	Group: Advisory / Atomic model / Data collection カテゴリ: atom_site / database_PDB_caveat ...atom_site / database_PDB_caveat / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5j5y.cif.gz	295.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5j5y.ent.gz	240.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j5y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5j5y_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5j5y_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5j5y_validation.xml.gz	29.8 KB	表示
CIF形式データ	5j5y_validation.cif.gz	41.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/5j5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j5/5j5y	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5j5oC 1l8bS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5m80-3 6u06-4 6gkj-2 5m80-1 5j5o-1 5j5o-3 5m7v-2 6gkk-1 4bea-d 6ylv-4 5m7x-1 5m7w-1 6gkk-3 6ylt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (17)

登録構造単位

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

B: Eukaryotic translation initiation factor 4E

C: Eukaryotic translation initiation factor 4E

D: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

90.1 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Eukaryotic translation initiation factor 4E

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Eukaryotic translation initiation factor 4E

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Eukaryotic translation initiation factor 4E

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	38.040, 38.060, 146.740
Angle α, β, γ (deg.)	88.36, 95.63, 103.54
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Eukaryotic translation initiation factor 4E / mRNA cap-binding protein / eIF-4F 25 kDa subunit 分子量: 22145.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Eif4e / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63073
#2: 化合物	ChemComp-6G6 / 2-amino-9-{5-O-[(R)-{[(S)-{dichloro[(R)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-2-O-methyl-beta-D-ribofuranosyl}-7-methyl-9H-purin-7-ium-6-olate 分子量: 698.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₁Cl₂N₅O₁₆P₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.99 % / 解説: Thin plates
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 15% PEG 3350, 2% 1,4-dioxane, 0.1 M Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 72989 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 2.66 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 12.26
反射シェル	解像度: 1.75→1.79 Å / R_merge(I) obs: 0.43

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2152: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1L8B

1l8b

解像度: 1.75→37.001 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 31.41

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2859	3650	5 %
R_work	0.2365	-	-
obs	0.239	72986	90.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→37.001 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5372	0	82	269	5723

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5657
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.951	7714
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.827	3303
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	829
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	971

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.748-1.771	0.3384	118	0.2757	2243	X-RAY DIFFRACTION	79
1.771-1.7952	0.3332	125	0.2791	2371	X-RAY DIFFRACTION	79
1.7952-1.8209	0.3393	126	0.2827	2389	X-RAY DIFFRACTION	79
1.8209-1.848	0.3218	126	0.2805	2397	X-RAY DIFFRACTION	85
1.848-1.8769	0.3256	132	0.2733	2510	X-RAY DIFFRACTION	83
1.8769-1.9077	0.3153	130	0.2703	2470	X-RAY DIFFRACTION	84
1.9077-1.9406	0.3159	129	0.2748	2440	X-RAY DIFFRACTION	85
1.9406-1.9759	0.2795	130	0.2635	2471	X-RAY DIFFRACTION	83
1.9759-2.0139	0.3065	134	0.2601	2558	X-RAY DIFFRACTION	85
2.0139-2.055	0.3183	133	0.2534	2520	X-RAY DIFFRACTION	88
2.055-2.0997	0.2898	138	0.2463	2628	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0997-2.1485	0.2863	138	0.2473	2617	X-RAY DIFFRACTION	89
2.1485-2.2022	0.327	138	0.2406	2622	X-RAY DIFFRACTION	89
2.2022-2.2617	0.2796	144	0.246	2745	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2617-2.3283	0.2652	148	0.2339	2801	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3283-2.4034	0.3015	152	0.2463	2882	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4034-2.4893	0.3259	150	0.2546	2859	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4893-2.589	0.288	152	0.2505	2886	X-RAY DIFFRACTION	98
2.589-2.7067	0.3186	152	0.2402	2895	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7067-2.8494	0.3069	147	0.2353	2787	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8494-3.0279	0.2852	152	0.2364	2888	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0279-3.2615	0.2633	152	0.2295	2899	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2615-3.5895	0.2946	154	0.2178	2911	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5895-4.1083	0.2789	148	0.213	2815	X-RAY DIFFRACTION	96
4.1083-5.1738	0.2339	152	0.2072	2894	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1738-37.0092	0.2636	150	0.2405	2838	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7534	-2.7822	-0.9991	4.0211	2.1337	4.6108	0.2047	0.1052	0.1323	-0.2521	0.0498	-0.6074	0.0439	0.4739	-0.2802	0.2201	0.0974	0.0537	0.1521	-0.0722	0.4724	-47.2955	-77.9257	4.1249
2	2.2848	-0.4827	-0.9138	0.1445	0.2268	0.7484	0.1368	0.0464	0.0348	0.0382	-0.0729	0.3962	-0.2591	-0.1995	-0.022	0.2401	0.0457	0.0218	0.1021	-0.0403	0.3535	-74.4558	-69.2941	9.8112
3	6.0289	-2.2176	-2.3349	0.8856	0.7351	1.1251	0.0676	0.0633	-0.2055	-0.0311	-0.0298	0.1774	-0.0701	-0.0424	0.1448	0.2167	0.0432	0.034	0.1399	-0.1556	0.3766	-69.7089	-73.8152	6.9536
4	0.373	-0.0562	0.0187	2.6326	0.2097	1.1753	0.016	-0.0606	0.1506	-0.0063	-0.0028	-0.0748	-0.1357	-0.0936	0.0006	0.1452	0.0271	0.0239	0.0896	-0.0637	0.236	-62.6499	-64.9107	12.2836
5	1.7782	1.2215	-1.5128	1.5284	-0.1234	4.2956	0.0886	-0.286	-0.1055	0.1657	-0.0912	-0.684	0.3288	0.6414	0.0252	0.1758	0.054	-0.0511	0.2035	-0.0498	0.362	-55.4905	-71.0901	19.9342
6	2.4499	-1.3238	1.0694	6.5827	-0.886	2.2372	-0.1039	-0.2779	0.0002	0.6718	0.186	-0.0379	-0.2421	-0.2021	-0.1194	0.2059	0.0548	0.0178	0.1139	-0.0881	0.2363	-65.8572	-65.3411	21.8449
7	2.1935	2.9602	-0.325	4.2367	0.1487	1.9484	0.2438	-0.3985	0.3351	0.6022	-0.2366	0.0814	-0.2623	-0.0188	-0.0158	0.3441	-0.0015	-0.0886	0.1837	-0.1067	0.2673	-59.2179	-62.6262	27.5922
8	6.1401	-3.1346	2.6418	4.094	-0.8107	7.2776	0.1906	-0.4774	-0.7002	0.0811	0.0399	-0.0278	0.7546	0.2992	-0.2198	0.1453	0.0506	-0.0684	0.3146	0.0792	0.4701	-32.4205	-62.2065	62.7662
9	1.1541	-1.7405	0.3675	3.2765	-0.5771	0.2901	-0.0861	-0.1337	0.24	0.1153	-0.0372	0.0558	-0.067	0.0119	0.0505	0.0855	-0.0151	-0.0627	0.212	-0.0171	0.3301	-44.9312	-38.3761	57.2419
10	4.5117	-0.7859	0.8906	1.6037	-0.8259	2.4287	-0.0451	-0.2477	-0.2353	0.1202	0.0645	0.1491	-0.075	-0.1022	-0.0231	0.0721	-0.0126	-0.0357	0.1557	-0.0012	0.2085	-47.3669	-49.8838	61.0155
11	5.1905	-0.9193	1.8083	7.5905	-0.5163	7.2794	-0.1763	0.2955	0.4155	-0.2986	0.0421	-0.5723	-0.6561	0.6015	0.1147	0.1603	-0.0736	-0.0149	0.1586	0.0336	0.2554	-37.9098	-41.263	45.6811
12	2.3936	1.0198	0.4272	1.606	-0.5548	2.0042	-0.0591	0.2631	-0.2848	-0.1901	-0.0332	0.0838	0.1433	-0.1362	0.0553	0.1245	-0.0256	-0.0357	0.1291	-0.0624	0.2762	-49.9717	-53.6438	49.1245
13	4.6675	-0.1624	-0.7367	2.1092	0.9392	3.8758	0.0468	0.7178	0.2257	-0.3452	0.0712	-0.0033	-0.266	-0.1774	-0.0241	0.1138	-0.0356	-0.0413	0.2035	0.0311	0.2545	-48.9321	-46.4055	44.2808
14	1.2603	1.078	0.4936	2.4199	-0.2651	2.2784	-0.1002	0.2297	-0.1669	-0.2863	0.1972	-0.1206	0.3992	0.0828	-0.1154	0.1653	-0.056	-0.0396	0.2493	-0.2264	0.2352	-46.6668	-59.2403	40.123
15	1.0256	0.9861	0.1075	2.6818	-0.2114	3.8457	-0.2565	0.3461	0.0878	-0.5665	0.1726	0.4672	-0.1264	-0.3195	0.0707	0.3077	-0.0516	-0.0834	0.3234	-0.1078	0.2035	-51.6461	-49.7209	37.5079
16	3.5934	-0.0404	-1.6785	6.6966	-3.3642	5.2014	-0.0673	0.1182	-0.1516	-0.0384	0.2437	0.4973	0.6163	-0.3183	-0.1791	0.5537	-0.0148	0.0418	0.1013	-0.0284	0.2806	-66.047	-62.5956	-7.5423
17	1.1641	-1.815	-0.6671	2.8374	0.9624	1.4602	0.2605	0.0522	0.7387	-0.9827	0.0886	-1.0773	-0.83	0.2496	-0.4546	0.7934	0.0714	0.4076	0.3599	-0.0757	0.7675	-45.2584	-43.642	-13.3051
18	0.3	-0.8527	0.0996	2.8624	0.2105	0.5879	0.2568	0.4404	0.3374	-1.4107	-0.1617	-0.9797	-0.5061	0.1217	-0.1452	0.7979	0.1037	0.3179	0.2885	-0.0126	0.612	-46.6877	-48.3172	-12.2423
19	0.5845	-0.5457	-0.6832	0.712	0.4207	1.0417	0.1919	0.1149	0.1644	-0.5588	0.0134	-0.5734	-0.2207	0.1366	-0.1356	0.6486	0.1326	0.3074	0.2288	0.0264	0.4544	-54.9886	-46.8734	-11.7241
20	0.1687	0.1438	-0.0738	0.3167	0.5702	2.0998	0.1305	0.1559	-0.0468	-0.4047	-0.2626	-0.0612	-0.1468	0.0478	0.0365	1.0636	0.1482	0.3442	0.3773	-0.0291	0.5145	-57.683	-38.829	-23.4261
21	1.2653	0.3939	-0.3731	6.0347	-0.8136	0.8816	0.0762	0.0771	0.0478	-0.3089	-0.0707	0.3315	0.046	-0.0143	0.0025	0.7481	0.1743	0.1396	0.2299	0.0396	0.2471	-63.6441	-44.5976	-16.3739
22	0.7427	0.0121	-1.1281	0.1099	-0.1101	1.7893	0.268	0.481	-0.0876	-0.9911	-0.4524	0.2916	-0.4422	-0.3336	0.1666	1.2462	0.2876	0.0042	0.4142	-0.0465	0.4133	-64.2091	-56.5803	-25.6327
23	2.0476	-0.9971	-0.9217	2.6131	1.0131	1.0864	0.1445	0.2052	0.0222	-0.4381	-0.0961	-0.1223	-0.2193	-0.0473	-0.0328	0.886	0.179	0.3819	0.2928	0.0329	0.4459	-54.8118	-43.6675	-23.9385
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25	4.8525	0.4536	1.7711	5.2095	-2.1473	8.4559	-0.0392	-0.6918	0.0958	0.3755	-0.0941	-0.1791	-0.49	0.2938	0.1727	0.0936	-0.0178	-0.0435	0.4926	-0.0067	0.2333	-51.6463	-47.1496	73.7845
26	3.7313	-1.7858	1.3422	1.0064	-1.0192	1.4198	0.0376	-0.6295	-0.9668	0.0943	0.2925	0.35	0.2371	-0.4536	-0.3293	0.3153	0.0185	-0.0278	0.7089	0.4381	0.7771	-64.9557	-70.8727	79.5813
27	4.2723	-0.8681	1.0877	1.1591	-0.247	1.2654	-0.0489	-0.62	-0.7037	0.1438	0.1928	0.238	0.1957	-0.3006	-0.2034	0.2057	0.0825	-0.0382	0.6376	0.2587	0.6793	-59.9887	-68.2408	77.4571
28	1.9433	0.6028	-0.0898	0.8519	-0.2333	0.6203	0.0862	-0.2844	-0.2518	0.0225	-0.04	0.2175	0.0695	-0.1562	0.0173	0.0638	-0.042	-0.0729	0.5672	0.1639	0.3443	-65.7217	-58.3188	75.2367
29	0.1118	-0.1874	0.0308	0.3195	-0.0553	0.0297	-0.1001	-0.3716	-0.3978	0.0691	0.0008	0.0677	0.1307	-0.006	0.021	0.3444	0.066	0.046	1.2869	0.4491	0.6359	-68.7059	-62.8506	88.1444
30	7.1213	3.6424	0.3633	2.998	-0.085	1.0049	-0.0941	-0.4323	0.4862	0.0315	0.1094	0.3828	-0.0412	0.0112	0.05	0.159	0.0675	-0.0119	0.8429	0.0932	0.2584	-68.9858	-52.9696	82.553
31	1.3002	-0.5389	-0.0786	0.5043	-0.3712	0.5811	0.169	-0.9968	-0.1947	0.2162	0.0038	0.0342	0.0438	0.1072	-0.0067	0.2217	-0.0327	-0.0189	1.0915	0.245	0.4184	-64.5594	-57.8408	89.8891
32	1.2416	1.5877	2.3117	2.422	2.2589	5.5466	-0.0734	-0.3636	0.085	0.4069	-0.1379	-0.0492	-0.1231	-0.1926	0.1915	0.4795	0.0741	-0.0296	1.6151	-0.0874	0.4077	-65.9515	-48.972	95.0548
33	0.3365	-0.6114	-0.2953	5.9369	-2.983	2.8268	-0.5574	-0.7141	-0.425	0.5136	0.956	0.8288	-0.1528	-0.0535	-0.4183	0.415	-0.0251	0.0184	1.3599	0.4499	0.6362	-69.6812	-60.1385	99.2234

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 31 through 42 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 56 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 57 through 66 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 67 through 138 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 139 through 155 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 156 through 172 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 173 through 217 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 31 through 42 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 43 through 66 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 67 through 95 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 96 through 110 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 111 through 155 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 156 through 172 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 173 through 186 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 187 through 217 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 31 through 42 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 43 through 55 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 56 through 66 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 67 through 104 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 105 through 125 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 126 through 138 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 139 through 148 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 149 through 177 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 178 through 190 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 31 through 42 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 43 through 56 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 57 through 66 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 67 through 95 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 96 through 125 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 126 through 138 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 139 through 173 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 174 through 187 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 188 through 216 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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