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- PDB-5j56: RTA-V1C7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j56
タイトルRTA-V1C7
要素
  • Ricin
  • VHH single chain antibody V1C7
キーワードHYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / Ricin / RTA / single chain antibody (VHH) / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Few Secondary Structures / Irregular / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Ricin
類似検索 - 構成要素
生物種Ricinus communis (トウゴマ)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Rudolph, M.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201400021C 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural Analysis of Single Domain Antibodies Bound to a Second Neutralizing Hot Spot on Ricin Toxin's Enzymatic Subunit.
著者: Rudolph, M.J. / Vance, D.J. / Cassidy, M.S. / Rong, Y. / Mantis, N.J.
履歴
登録2016年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 1.22017年2月1日Group: Database references
改定 1.32017年4月12日Group: Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.42017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年12月11日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ricin
B: VHH single chain antibody V1C7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5299
ポリマ－44,0462
非ポリマー4837
水4,161231
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.768, 64.768, 215.016
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-307-

CL

21A-422-

HOH

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要素

-
タンパク質 / 抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ricin


分子量: 30067.953 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 40-294 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: 抗体 VHH single chain antibody V1C7


分子量: 13978.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 238分子

#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.6 and 8% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→49.729 Å / Num. obs: 49957 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 34.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.064 / Χ2: 0.681 / Net I/av σ(I): 30.69 / Net I/σ(I): 5.5 / Num. measured all: 393312
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
1.8-1.837.60.99623980.810.370.42599.9
1.83-1.867.60.86824840.8120.3250.42699.90.929
1.86-1.97.60.67224620.930.250.44199.90.719
1.9-1.947.70.51624620.9170.1920.45799.90.552
1.94-1.987.50.45924290.9540.1720.47299.90.491
1.98-2.037.40.34624920.9650.1310.4821000.371
2.03-2.086.90.31124630.9760.1230.50999.80.335
2.08-2.137.90.23924270.9870.0870.5041000.255
2.13-2.27.90.1924720.9880.0690.5399.90.203
2.2-2.277.90.16524820.9880.060.55999.80.176
2.27-2.357.80.13824660.9930.050.58199.80.148
2.35-2.447.70.12424980.9940.0450.6231000.132
2.44-2.557.30.10924760.9930.0420.67799.80.117
2.55-2.698.30.09125010.9960.0320.70199.80.096
2.69-2.868.40.07825130.9960.0270.7591000.083
2.86-3.088.30.06725090.9970.0240.8621000.071
3.08-3.3980.05925190.9980.0221.0299.80.063
3.39-3.888.90.05425630.9990.0191.1971000.057
3.88-4.888.20.04625860.9980.0171.17699.90.049
4.88-508.30.0427550.9970.0150.90599.90.043

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å49.73 Å
Translation2 Å49.73 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000v1.0データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→49.729 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2096 2377 4.8 %
Rwork0.1734 --
obs0.1752 49537 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 112.97 Å2 / Biso mean: 46.92 Å2 / Biso min: 26.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→49.729 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3001 0 22 231 3254
Biso mean--58.48 49.57 -
残基数----383
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0183089
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6094188
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089457
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009551
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5851114
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.8-1.83670.3441460.300126772823
1.8367-1.87670.27451460.270727182864
1.8767-1.92030.24891570.242327042861
1.9203-1.96840.25881350.218327752910
1.9684-2.02160.19971250.208227362861
2.0216-2.08110.2721570.200727092866
2.0811-2.14820.27271300.198527422872
2.1482-2.2250.22761480.1927472895
2.225-2.31410.23341430.189427512894
2.3141-2.41940.23131330.179227282861
2.4194-2.5470.26741230.189927832906
2.547-2.70650.23671220.191327932915
2.7065-2.91550.20191620.184827582920
2.9155-3.20890.25521140.19628322946
3.2089-3.67310.20711320.183828162948
3.6731-4.62710.19551520.139728823034
4.6271-49.74820.15411520.141430093161
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.2444-8.5169-5.86162.28496.6018.76210.1144-0.30780.9825-0.34570.5277-1.1671-0.62541.009-0.50070.3263-0.0653-0.03190.46770.00370.471238.926718.139110.0733
29.8341-2.7517-6.45687.73787.44249.1798-0.2106-0.96170.02691.02340.4137-0.65860.37571.0806-0.11530.2974-0.0032-0.10440.42560.05340.333937.356211.313916.3027
34.56313.2521-0.93816.0299-4.96498.56440.3164-0.80290.20711.5673-0.2233-0.1183-0.4030.4561-0.08020.6944-0.0156-0.06270.4785-0.12180.410226.974220.962427.5419
43.4868-1.4075-4.76382.94852.66558.79360.0696-0.2210.36130.05970.0638-0.103-0.18380.5315-0.13420.2194-0.0408-0.03820.2482-0.01170.283629.023123.08897.7568
52.3240.75840.30454.62460.48162.4187-0.06940.00980.40010.1897-0.02660.5683-0.3284-0.17710.14270.25480.0442-0.00810.2975-0.01780.293820.643422.14126.4432
61.3414-0.39590.06984.388-5.43259.28570.05740.0723-0.0171-0.0084-0.1586-0.2363-0.04670.27890.06380.19870.0213-0.02230.2618-0.03490.261527.020315.52641.2133
72.88360.3028-4.40436.31380.0746.6986-0.1527-0.1409-0.32920.00380.0529-0.54240.9240.840.15840.28440.1005-0.0140.357-0.02140.294730.37771.02639.2519
80.96930.2494-0.1093.05990.75696.6626-0.0019-0.11320.08160.2764-0.16460.4333-0.1611-0.5470.21730.23670.04620.02270.3586-0.0460.292816.66182.688123.5884
99.2069-4.2693-0.25272.36928.46789.5992-0.1016-0.30560.18020.9391-0.05060.3508-0.3617-0.360.08610.46770.02670.08030.38320.00850.257923.071211.333226.6053
109.7154.12062.02892.63534.10154.8926-1.18461.3017-0.493-1.82781.1054-0.34-0.510.0808-0.10470.7625-0.19120.10850.60660.05960.392433.30136.8392-28.8609
112.92221.93171.19720.9593-0.42637.1698-0.21730.5218-0.2184-0.13360.1305-0.04860.4626-0.07980.07770.3533-0.01610.08050.3274-0.00710.377741.57310.744-21.4456
124.43721.9579-0.36774.0907-0.52019.5402-0.48910.4098-0.4267-0.51050.35440.310.7528-1.14260.09570.41-0.10990.03650.4026-0.02760.33229.28014.5075-19.3822
134.77353.53873.16346.92044.2747.8729-0.37430.7153-0.0527-0.8530.33830.3907-0.1907-0.56490.09920.3378-0.057-0.03550.49010.02190.275528.187611.981-21.2688
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 5:17)A5 - 17
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 18:32)A18 - 32
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 33:56)A33 - 56
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 57:97)A57 - 97
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 98:140)A98 - 140
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 141:180)A141 - 180
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 181:201)A181 - 201
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 202:248)A202 - 248
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 249:259)A249 - 259
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 0:17)B0 - 17
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 18:31)B18 - 31
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resseq 32:95)B32 - 95
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resseq 96:128)B96 - 128

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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