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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5j4w | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | DIY G-Quadruplexes: Solution structure of d(GGTTTGGTTTTGGTTGG) in sodium | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / Structure from programmed design / Structure from MOLMOL | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | ![]() Dvorkin, S.A. / Webba da Silva, M. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Encoding canonical DNA quadruplex structure. 著者: Dvorkin, S.A. / Karsisiotis, A.I. / Webba da Silva, M. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 115.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 390.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 510.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 5326.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 2 mM dna, 90% H2O/10% D2O / 詳細: 100 mM NaCl, 15 mM NaPi, pH 6.8 / Label: S170_h2o / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 2 mM / 構成要素: dna / Isotopic labeling: none |
試料状態 | 詳細: 100 mM NaCl, 15 mM NaPi, pH 6.8 / イオン強度: 115 mM Na mM / Label: S170_h2o_d2o / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 278 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian VXRS / 製造業者: Varian / モデル: VXRS / 磁場強度: 500 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | |||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |