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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5j4g | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the C-terminally His6-tagged HP0902, an uncharacterized protein from Helicobacter pylori 26695 | ||||||
要素 | Uncharacterized protein | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / HP0902 / Helicobacter pylori / secretory protein / Cupin family / Uncharacterized protein | ||||||
機能・相同性 | RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Cupin domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Sim, D.W. / Lee, W.C. / Kim, H.Y. / Kim, J.H. / Won, H.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2016 タイトル: Structural identification of the lipopolysaccharide-binding capability of a cupin-family protein from Helicobacter pylori 著者: Sim, D.W. / Kim, J.H. / Kim, H.Y. / Jang, J.H. / Lee, W.C. / Kim, E.H. / Park, P.J. / Lee, K.H. / Won, H.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5j4g.cif.gz | 50.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5j4g.ent.gz | 35.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5j4g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5j4g_validation.pdf.gz | 432.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5j4g_full_validation.pdf.gz | 433.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5j4g_validation.xml.gz | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5j4g_validation.cif.gz | 12.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/5j4g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j4/5j4g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12119.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal 6xHis tag 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌) 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: HP_0902 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25562 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.77 % / 解説: short needle |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 3350, ammonium acetate, bis-tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年12月12日 |
放射 | モノクロメーター: Cryo-cooled channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→71 Å / Num. obs: 6158 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 39.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2q30 解像度: 2.6→41.076 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 11.76 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→41.076 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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