[日本語] English
万見
- PDB-5j45: Crystal structure of Shrub, fly ortholog of SNF7/CHMP4B -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j45
タイトルCrystal structure of Shrub, fly ortholog of SNF7/CHMP4B
要素GH13992p
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ESCRT / polymerization / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / fusome / Macroautophagy / contractile ring / female germ-line stem cell asymmetric division / ESCRT III complex / proximal dendrite / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway ...Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / fusome / Macroautophagy / contractile ring / female germ-line stem cell asymmetric division / ESCRT III complex / proximal dendrite / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / vesicle budding from membrane / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / dendrite morphogenesis / neuron remodeling / mitotic cytokinesis / multivesicular body / cytoplasmic side of plasma membrane / autophagy / midbody / symbiont entry into host cell / neuronal cell body
類似検索 - 分子機能
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.758 Å
データ登録者McMillan, B.J. / Blacklow, S.C.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016
タイトル: Electrostatic Interactions between Elongated Monomers Drive Filamentation of Drosophila Shrub, a Metazoan ESCRT-III Protein.
著者: McMillan, B.J. / Tibbe, C. / Jeon, H. / Drabek, A.A. / Klein, T. / Blacklow, S.C.
履歴
登録2016年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22016年8月17日Group: Database references

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GH13992p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7551
ポリマ－14,7551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.767, 29.767, 174.311
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

-
要素

#1: タンパク質 GH13992p / Shrub


分子量: 14754.847 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 18-143 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: shrb, Vps32, CG8055, Dmel_CG8055 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21 PLysS / 参照: UniProt: Q8T0Q4

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.9 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 17% v/v PEG10K, 0.1 M NH4CH3CO2, and 100 mM Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.758→50 Å / Num. obs: 3869 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 85.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル最高解像度: 2.758 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1951精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.758→43.578 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 33.76
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2688 378 9.97 %
Rwork0.2161 --
obs0.2212 3792 97.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.758→43.578 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数890 0 0 0 890
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003892
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5831188
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.838363
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029140
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002154
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7575-3.15640.34031270.31991093X-RAY DIFFRACTION94
3.1564-3.97640.31881230.25311155X-RAY DIFFRACTION99
3.9764-43.58320.23631280.18641166X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3759-0.0502-2.51798.8149-0.63765.07490.65940.16791.93912.12710.98541.1379-1.98471.919-1.23210.72910.09210.22721.5153-0.0611.226644.817431.586811.4296
27.4271-0.0652-3.73253.5697-0.56446.29270.69810.37881.55910.498-0.361-0.1682-1.8968-0.4321-0.36280.64480.03060.08310.95780.18360.893961.039333.0018-2.0185
37.0255-0.9444-0.9112.76430.33884.4174-0.2255-0.6682-0.925-0.1132-0.0881-0.4696-0.23410.36040.34730.60.0642-0.04930.88550.07490.854671.173227.6879-8.9581
47.24532.6149-4.6859-1.5098-0.2486-1.05650.101-0.13220.60830.25790.1449-0.05020.1546-0.0895-0.2490.60810.05790.08131.52480.25251.008729.203823.08410.773
52.75460.91062.41842.20140.50136.95790.09822.0735-0.8067-1.37670.29660.06160.7882-0.7189-0.4710.98090.08070.17491.24260.01591.1351-4.619615.42923.6749
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 18:22)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 23:38)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 39:72)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 73:107)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 108:121)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る