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- PDB-5j2s: NKR-P1B from Rattus norvegicus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j2s
タイトルNKR-P1B from Rattus norvegicus
要素Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele A
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / immune receptor / signaling protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / signaling receptor activity / carbohydrate binding / 細胞膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele A
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Skalova, T. / Vanek, O. / Blaha, J. / Duskova, J. / Hasek, J. / Koval, T. / Dohnalek, J.
資金援助 チェコ, 2件
組織認可番号国
Czech Science Foundation15-15181S チェコ
European Regional Development FundCZ.1.05/1.1.00/02.0109 チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of NKR-P1B from Rattus norvegicus
著者: Vanek, O. / Skalova, T. / Blaha, J. / Duskova, J. / Hasek, J. / Koval, T. / Dohnalek, J.
履歴
登録2016年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年4月24日Group: Data collection / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele A
B: Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6604
ポリマ－33,4872
非ポリマー1,1732
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.721, 60.721, 76.589
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12N
22O

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A14 - 135
2111B14 - 135
1121N511 - 513
2121O511 - 513

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(1, 0.000302, -0.000944), (0.000303, -0.999999, 0.000964), (-0.000944, -0.000964, -0.999999)-0.00235, -35.04614, -0.01758

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要素

#1: タンパク質 Killer cell lectin-like receptor subfamily B member 1B allele A / CD161 antigen-like family member B / Natural killer cell surface protein NKR-P1B allele RNK/SD/BN/F344


分子量: 16743.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Cell: natural killer cells / 遺伝子: Klrb1b, Nkrp1b / プラスミド: pYD5
詳細 (発現宿主): modified version of pTT5 plasmid (Durocher et al., NAR 2002)
細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): human embryonic kidney / 参照: UniProt: A4KWA1
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.64 % / 解説: cube 100x100x100 um
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 80 mM HEPES, pH 7.5, 20% (w/v) PEG3000, 20% (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→52.59 Å / Num. obs: 21405 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2→2.04 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.702 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YHF

2yhf


解像度: 2→52.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / SU B: 4.675 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.179 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 677 3.2 %random selection
Rwork0.22134 ---
obs0.22134 21380 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.708 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.66 Å2-0.33 Å2-0 Å2
2---0.66 Å2-0 Å2
3---2.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→52.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1936 0 78 101 2115
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022072
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021872
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8131.982814
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04334364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.9015246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.45925.68288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.52215364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.076156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02448
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5755.175978
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.5695.171977
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.6297.7311220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.6287.7361221
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6265.8021094
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6245.8041095
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.2588.5011593
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.62741.5542422
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.59341.5232394
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.5

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A6540.89
22B681.01
LS精密化 シェル解像度: 1.997→2.049 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 44 4 %
Rwork0.313 1522 -
obs--97.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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