PDB-5j0k: De novo design of protein homo-oligomers with modular hydrogen bo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j0k

タイトル

De novo design of protein homo-oligomers with modular hydrogen bond network-mediated specificity

要素

designed protein 2L4HC2_23

キーワード

DE NOVO PROTEIN / rosetta / de novo design

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Sankaran, B. / Zwart, P.H. / Pereira, J.H. / Baker, D. / Boyken, S. / Chen, Z. / Groves, B. / Langan, R.A. / Oberdorfer, G. / Ford, A. ...

引用

ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: De novo design of protein homo-oligomers with modular hydrogen-bond network-mediated specificity.
著者: Boyken, S.E. / Chen, Z. / Groves, B. / Langan, R.A. / Oberdorfer, G. / Ford, A. / Gilmore, J.M. / Xu, C. / DiMaio, F. / Pereira, J.H. / Sankaran, B. / Seelig, G. / Zwart, P.H. / Baker, D.

履歴

登録	2016年3月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5j0k.cif.gz	110.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5j0k.ent.gz	89.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j0k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5j0k_validation.pdf.gz	432.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5j0k_full_validation.pdf.gz	433.9 KB	表示
XML形式データ	5j0k_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	5j0k_validation.cif.gz	15.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/5j0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/5j0k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5izsC 5j0hC 5j0iC 5j0jC 5j0lC 5j10C 5j2lC 5j73C 5jqzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1zva-1 6egc-d 3g80-d 5khd-d 5tla-9 5chw-3 4ka4-2 5kb0-1 6dmp-d 3iwl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: designed protein 2L4HC2_23

B: designed protein 2L4HC2_23

19.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.720, 51.270, 65.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

Dimer according to SAXS

#1: タンパク質	designed protein 2L4HC2_23 分子量: 9750.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Lithium chloride, 20% PEG 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→27.63 Å / Num. obs: 24855 / % possible obs: 99.56 % / 冗長度: 8.5 % / Net I/σ(I): 33.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1839	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.54→27.63 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.98

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2185	1962	8.01 %
R_work	0.1989	-	-
obs	0.2005	24485	98.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→27.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1271	0	0	248	1519

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1317
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.617	1754
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.824	588
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.022	197
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	232

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5401-1.5786	0.2709	128	0.2489	1574	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5786-1.6212	0.2526	140	0.2438	1574	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6212-1.6689	0.2642	133	0.2333	1584	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6689-1.7228	0.2716	141	0.2201	1583	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7228-1.7844	0.2596	134	0.2268	1597	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7844-1.8558	0.2622	141	0.2348	1601	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8558-1.9402	0.2901	131	0.2746	1499	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9402-2.0425	0.24	136	0.2325	1564	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0425-2.1704	0.2072	146	0.189	1605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1704-2.3379	0.2262	147	0.1909	1623	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3379-2.573	0.1929	143	0.1843	1636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.573-2.945	0.2413	141	0.1887	1657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.945-3.709	0.1724	144	0.1731	1689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.709-27.6371	0.2074	157	0.1905	1737	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4304	-0.0936	-1.8081	0.6811	0.8177	2.5366	-0.1029	-0.0587	-0.1502	-0.0092	-0.0656	0.0514	0.0976	-0.0352	0.2026	0.1155	-0.015	0.0011	0.1095	0.0057	0.1079	33.2143	30.9925	11.8525
2	-0.0291	-0.0597	0.1788	0.7716	-0.9717	3.1514	0.0355	-0.0672	0.0362	0.1218	-0.1296	-0.1135	-0.2888	0.3024	0.1743	0.1373	-0.038	0.006	0.1746	0.0109	0.2015	40.676	35.819	13.9832
3	0.8734	-0.6504	0.3427	0.5461	-0.4439	2.5055	0.1172	0.0604	0.1157	0.0132	-0.0673	-0.1655	-0.1839	0.1485	0.0108	0.1876	-0.0505	0.0137	0.1019	0.008	0.1978	35.7815	45.2135	13.6167
4	1.9912	0.0311	1.3944	0.4424	0.3297	2.4546	0.1019	-0.0964	0.0695	0.0748	-0.0741	-0.002	0.0099	-0.7596	-0.0235	0.1499	-0.008	-0.0161	0.1527	0.0023	0.1751	27.7353	39.7519	13.471

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 36 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 37 through 74 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 1 through 36 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 37 through 73 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)