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- PDB-5izt: Crystal structure of a C-terminal proteolytic fragment of an oute... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5izt
タイトルCrystal structure of a C-terminal proteolytic fragment of an outer surface protein from Borrelia burgdorferi
要素Outer surface protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SSGCID / Borellia burgdorferi / Outer surface protein / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性Bbcrasp-1 / Bbcrasp-1 / Borrelia lipoprotein paralogus family 54/60 / Borrelia Bbcrasp-1 domain containing protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / membrane / Outer surface protein
機能・相同性情報
生物種Borrelia burgdorferi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a C-terminal proteolytic fragment of an outer surface protein from Borrelia burgdorferi
著者: Abendroth, J. / Delker, S.L. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer surface protein
B: Outer surface protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7912
ポリマ－88,7912
非ポリマー00
水4,648258
1
A: Outer surface protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3951
ポリマ－44,3951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Outer surface protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3951
ポリマ－44,3951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.340, 54.030, 66.960
Angle α, β, γ (deg.)101.440, 98.730, 85.000
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 193 or (resid 194 and (name...
21(chain B and (resid 193:203 or resid 205:207 or resid...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERSERSER(chain A and (resid 193 or (resid 194 and (name...AA193178
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 193 or (resid 194 and (name...AA194179
13SERSERMETMET(chain A and (resid 193 or (resid 194 and (name...AA193 - 411178 - 396
14SERSERMETMET(chain A and (resid 193 or (resid 194 and (name...AA193 - 411178 - 396
15SERSERMETMET(chain A and (resid 193 or (resid 194 and (name...AA193 - 411178 - 396
16SERSERMETMET(chain A and (resid 193 or (resid 194 and (name...AA193 - 411178 - 396
21SERSERILEILE(chain B and (resid 193:203 or resid 205:207 or resid...BB193 - 203178 - 188
22ALAALASERSER(chain B and (resid 193:203 or resid 205:207 or resid...BB205 - 207190 - 192
23GLUGLUGLNGLN(chain B and (resid 193:203 or resid 205:207 or resid...BB209 - 214194 - 199
24GLYGLYPHEPHE(chain B and (resid 193:203 or resid 205:207 or resid...BB218 - 233203 - 218
25LEULEUPROPRO(chain B and (resid 193:203 or resid 205:207 or resid...BB235 - 251220 - 236
26LEULEUARGARG(chain B and (resid 193:203 or resid 205:207 or resid...BB253 - 264238 - 249
27LYSLYSASPASP(chain B and (resid 193:203 or resid 205:207 or resid...BB266 - 274251 - 259
28TYRTYRTYRTYR(chain B and (resid 193:203 or resid 205:207 or resid...BB276261
29ILEILEILEILE(chain B and (resid 193:203 or resid 205:207 or resid...BB278263
210PHEPHEGLYGLY(chain B and (resid 193:203 or resid 205:207 or resid...BB281 - 282266 - 267
211ILEILEHISHIS(chain B and (resid 193:203 or resid 205:207 or resid...BB284 - 295269 - 280
212LEULEUILEILE(chain B and (resid 193:203 or resid 205:207 or resid...BB297 - 298282 - 283
213GLUGLULEULEU(chain B and (resid 193:203 or resid 205:207 or resid...BB300 - 301285 - 286
214ILEILEASNASN(chain B and (resid 193:203 or resid 205:207 or resid...BB303 - 336288 - 321
215PHEPHESERSER(chain B and (resid 193:203 or resid 205:207 or resid...BB338 - 362323 - 347
216GLNGLNALAALA(chain B and (resid 193:203 or resid 205:207 or resid...BB364 - 370349 - 355
217ALAALASERSER(chain B and (resid 193:203 or resid 205:207 or resid...BB372 - 374357 - 359
218SERSERMETMET(chain B and (resid 193:203 or resid 205:207 or resid...BB193 - 411178 - 396
219SERSERMETMET(chain B and (resid 193:203 or resid 205:207 or resid...BB193 - 411178 - 396
220SERSERMETMET(chain B and (resid 193:203 or resid 205:207 or resid...BB193 - 411178 - 396
221SERSERMETMET(chain B and (resid 193:203 or resid 205:207 or resid...BB193 - 411178 - 396

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要素

#1: タンパク質 Outer surface protein


分子量: 44395.293 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 24-411 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (バクテリア)
株: ATCC 35210 / B31 / CIP 102532 / DSM 4680 / 遺伝子: BB_A66 / プラスミド: BobuA.18967.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O50955
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Microlytic MCSG 1 screen H3: 20% PEG 4000, 20% iso-Propanol, 100mM Na3-citrate pH 5.6; BobuA.18967.a.B2.PW37767 at 20mg/ml; cryo: 20% EG; tray 266029 h3; puck rgo9-7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月11日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 32761 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.92 % / Biso Wilson estimate: 23.84 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 17.18
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.9-1.950.4823.06196.3
1.95-20.3664.03196.7
2-2.060.2715.35197.1
2.06-2.120.2116.62196.9
2.12-2.190.1628.4197.2
2.19-2.270.1419.84197.2
2.27-2.360.11711.52197.6
2.36-2.450.09213.84197.5
2.45-2.560.08215.49198.2
2.56-2.690.06817.77198.1
2.69-2.830.05720.44198.5
2.83-30.04824.08198
3-3.210.0428.17198.4
3.21-3.470.03430.94198.6
3.47-3.80.03136.22199.1
3.8-4.250.02839.11198.8
4.25-4.910.02840.45198.7
4.91-6.010.0338.07199
6.01-8.50.02938.74199.1
8.5-500.02641.93195.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å45.4 Å
Translation2 Å45.4 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIXモデル構築
PHENIX(dev_2356)精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2yn7

2yn7


解像度: 1.9→27.405 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 20.72
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2113 2082 6.36 %
Rwork0.166 --
obs0.1688 32750 97.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 104.99 Å2 / Biso mean: 33.5274 Å2 / Biso min: 10.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→27.405 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3342 0 0 260 3602
Biso mean---39.65 -
残基数----418
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063529
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.774767
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046525
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004630
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2232248
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1597X-RAY DIFFRACTION5.268TORSIONAL
12B1597X-RAY DIFFRACTION5.268TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9002-1.94430.27321480.22392035218397
1.9443-1.9930.24821270.20422037216497
1.993-2.04680.24981360.18932029216597
2.0468-2.1070.21951610.18562004216597
2.107-2.1750.24421610.16882000216197
2.175-2.25270.19421340.16242053218797
2.2527-2.34290.1921260.15832033215998
2.3429-2.44940.22461360.16592055219198
2.4494-2.57850.22651470.16932043219098
2.5785-2.73990.24341300.17262044217498
2.7399-2.95120.17741390.17582045218498
2.9512-3.24780.2711190.17482090220999
3.2478-3.71680.20251340.15892076221099
3.7168-4.67890.1851490.14012052220199
4.6789-27.40750.18781350.16282072220799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4037-2.2570.01927.7483-0.14120.1665-0.2087-0.24020.421-0.05180.3529-1.251-0.11950.1707-0.10950.2456-0.0594-0.05480.26020.00050.386113.4745-7.32725.4974
23.9606-0.73510.94112.6121-0.34463.1048-0.0208-0.08020.00450.3370.0388-0.2137-0.0887-0.0464-0.02050.1264-0.0241-0.02070.0786-0.00760.1336-2.35910.27043.4223
32.0833-2.80430.23755.992-0.94370.895-0.07350.0385-0.2050.1537-0.00940.06080.08790.06770.07240.1162-0.0305-0.01370.1218-0.03220.12652.3352-10.6584-0.0941
42.05672.1315-0.1565.3709-3.43763.40680.11070.47610.3476-0.1691-0.4086-0.6887-0.34270.2890.38580.87880.08980.29670.54950.36911.0582-5.487617.0602-17.4728
53.127-2.71381.21714.1352-2.86534.37410.24060.1516-0.3809-0.3858-0.0180.39040.2139-0.0522-0.21010.1318-0.0332-0.04650.1471-0.05490.1698-6.5578-2.8401-7.4289
63.3923-1.4503-0.54776.78880.11964.6880.04590.02260.9812-0.39270.0426-0.2707-0.41450.30970.00240.315-0.1086-0.04510.37150.16770.5991-6.95410.408323.4879
77.17582.3105-0.58196.0695-0.07237.17410.02851.09030.0048-1.41330.1588-0.51550.03670.4304-0.13920.54210.04790.07020.5097-0.03910.16496.7653-14.597819.5505
84.49610.57271.27093.64080.15144.49260.06190.3419-0.3671-0.2015-0.00610.07260.5266-0.0077-0.05810.22440.0217-0.00330.2388-0.04480.15053.205-18.077527.6139
95.0008-4.49071.50769.2406-2.01962.11790.05490.12950.0570.0324-0.00140.53380.0102-0.11790.00720.1354-0.06210.04410.2101-0.0130.1549-9.6588-5.990129.9788
104.0464-2.20551.31753.6627-0.80261.4851-0.3435-0.32360.63310.3670.17920.2649-0.3516-0.07710.22010.2339-0.0175-0.01820.1947-0.03020.3586-6.97014.023934.6528
115.3917-2.2772-0.44893.11150.22864.2183-0.2089-0.1222-0.5814-0.41290.90441.13520.6674-0.7281-0.57420.48030.0912-0.11810.76680.3071.168616.5563-19.568743.8374
122.9366-0.86583.14082.2052-2.13644.88490.1135-0.3709-0.20440.1495-0.0220.08460.1262-0.189-0.12250.1937-0.06410.03470.22030.00090.1154-3.7964-10.836141.6966
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 193 through 223 )A193 - 223
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 224 through 291 )A224 - 291
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 292 through 374 )A292 - 374
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 375 through 380 )A375 - 380
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 381 through 411 )A381 - 411
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 193 through 213 )B193 - 213
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 214 through 225 )B214 - 225
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 226 through 291 )B226 - 291
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 292 through 331 )B292 - 331
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 332 through 372 )B332 - 372
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 373 through 380 )B373 - 380
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 381 through 411 )B381 - 411

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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