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- PDB-5iys: Crystal structure of a dehydrosqualene synthase in complex with ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iys
タイトルCrystal structure of a dehydrosqualene synthase in complex with ligand
要素Phytoene synthase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / dehydrosqualene synthase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性farnesyl-diphosphate farnesyltransferase activity / squalene synthase activity / Squalene/phytoene synthase / Trans-isoprenyl diphosphate synthases, head-to-head / Squalene/phytoene synthase / biosynthetic process / Isoprenoid synthase domain superfamily / Chem-FPS / Phytoene synthase
機能・相同性情報
生物種Enterococcus hirae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Liu, G.Z. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a dehydrosqualene synthase in complex with ligand
著者: Liu, G.Z. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
履歴
登録2016年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phytoene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8038
ポリマ－33,7421
非ポリマー1,0627
水3,657203
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.238, 41.090, 93.477
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.350, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Phytoene synthase / Uncharacterized protein


分子量: 33741.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Enterococcus hirae (strain ATCC 9790 / DSM 20160 / JCM 8729 / LMG 6399 / NBRC 3181 / NCIMB 6459 / NCDO 1258) (バクテリア)
参照: UniProt: I6T9U8
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-FPS / S-[(2E,6E)-3,7,11-TRIMETHYLDODECA-2,6,10-TRIENYL] TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / FARNESYL THIOPYROPHOSPHATE / チオピロりん酸ファルネシル


分子量: 398.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H28O6P2S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.61 % / Mosaicity: 0.726 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 24% PEG 3350, 0.1M Li2SO4, 0.1M Bis-Tris pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月14日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→25 Å / Num. obs: 21148 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 1.075 / Net I/av σ(I): 16.662 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 70500
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.93-23.30.258197.1
2-2.083.40.188199.2
2.08-2.173.40.137199.4
2.17-2.293.40.105199.2
2.29-2.433.40.086199
2.43-2.623.40.076198.8
2.62-2.883.30.065198.4
2.88-3.33.30.058197.9
3.3-4.153.20.052196.8
4.15-253.10.051194.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4E9U

4e9u


解像度: 1.93→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 7.356 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.156
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2195 1088 5.2 %RANDOM
Rwork0.1641 ---
obs0.1669 20009 97.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 76.05 Å2 / Biso mean: 29.324 Å2 / Biso min: 10.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20 Å2-0.66 Å2
2---0.85 Å20 Å2
3---0.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.93→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2325 0 61 203 2589
Biso mean--39.6 40.14 -
残基数----283
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222427
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4451.9933274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0855282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.41724.262122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.95115438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9691517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2343
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.0211839
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.761.51417
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.80122284
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.89431010
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.5114.5990
LS精密化 シェル解像度: 1.924→1.974 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 74 -
Rwork0.198 1391 -
all-1465 -
obs--91.45 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.247 Å / Origin y: 9.2163 Å / Origin z: 25.0662 Å
111213212223313233
T0.0285 Å2-0.0081 Å20.0102 Å2-0.0393 Å2-0.0066 Å2--0.0408 Å2
L0.0678 °20.0485 °20.0792 °2-0.5615 °20.0074 °2--0.4682 °2
S-0.0312 Å °-0.0132 Å °-0.0033 Å °-0.0818 Å °0.0499 Å °-0.0222 Å °0.0092 Å °-0.0077 Å °-0.0187 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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