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- PDB-5iy5: Electron transfer complex of cytochrome c and cytochrome c oxidas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iy5
タイトルElectron transfer complex of cytochrome c and cytochrome c oxidase at 2.0 angstrom resolution
要素
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 13
  • Cytochrome c
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / : / regulation of oxidative phosphorylation / Respiratory electron transport ...cytochrome c-heme linkage / cytochrome complex / TP53 Regulates Metabolic Genes / Cytoprotection by HMOX1 / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / : / regulation of oxidative phosphorylation / Respiratory electron transport / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / cytochrome-c oxidase / : / oxidative phosphorylation / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / : / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / central nervous system development / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / electron transfer activity / positive regulation of apoptotic process / copper ion binding / lipid binding / apoptotic process / heme binding / mitochondrion / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome C Oxidase; Chain F / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome C Oxidase; Chain D / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C Oxidase; Chain K / Cytochrome C Oxidase, chain K / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa / Cytochrome C Oxidase; Chain I ...Cytochrome C Oxidase; Chain F / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome C Oxidase; Chain D / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C Oxidase; Chain K / Cytochrome C Oxidase, chain K / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa / Cytochrome C Oxidase; Chain I / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome C Oxidase; Chain G / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome C Oxidase; Chain M / Cytochrome C Oxidase; Chain L / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle / Helix Hairpins - #90 / Cytochrome C Oxidase; Chain J / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome C oxidase chain VIIB / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Helix Hairpins - #70 / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Cupredoxins - blue copper proteins / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Cupredoxin / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Few Secondary Structures
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / CHOLIC ACID / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / HEME C / Chem-PEK / PEROXIDE ION / Chem-PGV / Chem-PSC ...CARDIOLIPIN / CHOLIC ACID / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / HEME C / Chem-PEK / PEROXIDE ION / Chem-PGV / Chem-PSC / TRISTEAROYLGLYCEROL / Unknown ligand / Cytochrome c / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shimada, S. / Baba, J. / Aoe, S. / Shimada, A. / Yamashita, E. / Tsukihara, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
日本
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2017
タイトル: Complex structure of cytochrome c-cytochrome c oxidase reveals a novel protein-protein interaction mode
著者: Shimada, S. / Shinzawa-Itoh, K. / Baba, J. / Aoe, S. / Shimada, A. / Yamashita, E. / Kang, J. / Tateno, M. / Yoshikawa, S. / Tsukihara, T.
履歴
登録2016年3月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月15日Group: Database references
改定 2.02019年10月9日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase subunit 3
D: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
E: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
F: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
G: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
H: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
I: Cytochrome c oxidase subunit 6C
J: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
K: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
L: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
M: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
N: Cytochrome c oxidase subunit 1
O: Cytochrome c oxidase subunit 2
P: Cytochrome c oxidase subunit 3
Q: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
R: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
S: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
T: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
U: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
V: Cytochrome c oxidase subunit 6C
W: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
X: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
Y: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
Z: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
1: Cytochrome c
2: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)456,565102
ポリマ－427,79628
非ポリマー28,76874
水40,3002237
1
A: Cytochrome c oxidase subunit 1
B: Cytochrome c oxidase subunit 2
C: Cytochrome c oxidase subunit 3
D: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
E: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
F: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
G: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
H: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
I: Cytochrome c oxidase subunit 6C
J: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
K: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
L: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
M: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
1: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,19651
ポリマ－213,89814
非ポリマー15,29737
水25214
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
N: Cytochrome c oxidase subunit 1
O: Cytochrome c oxidase subunit 2
P: Cytochrome c oxidase subunit 3
Q: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
R: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
S: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
T: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
U: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
V: Cytochrome c oxidase subunit 6C
W: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
X: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
Y: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
Z: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
2: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,36951
ポリマ－213,89814
非ポリマー13,47137
水25214
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.290, 183.872, 148.929
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.120, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21N
12B
22O
13C
23P
14D
24Q
15E
25R
16F
26S
17G
27T
18H
28U
19I
29V
110J
210W
111K
211X
112L
212Y
113M
213Z
1141
2142

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A1 - 526
2116N1 - 526
1126B1 - 229
2126O1 - 229
1136C1 - 272
2136P1 - 272
1146D4 - 147
2146Q4 - 147
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2156R5 - 109
1166F1 - 99
2166S1 - 99
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2176T1 - 85
1186H7 - 85
2186U7 - 85
1196I1 - 73
2196V1 - 73
11106J1 - 59
21106W1 - 59
11116K6 - 54
21116X6 - 54
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21136Z1 - 43
1114610 - 105
2114620 - 105

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.831972, -0.010747, -0.554713), (-0.007647, -0.99994, 0.007905), (-0.554765, -0.002335, -0.832004)40.340462, -0.83419, 132.57309
3given(1), (1), (1)
4given(0.83133, -0.003219, -0.55577), (-0.0026, -0.999995, 0.001903), (-0.555773, -0.000137, -0.831334)40.307961, -0.35593, 132.498322
5given(1), (1), (1)
6given(0.832054, -0.010883, -0.554587), (-0.010091, -0.999939, 0.004483), (-0.554602, 0.001866, -0.832114)40.277721, -0.51278, 132.604248
7given(1), (1), (1)
8given(0.836256, -0.021573, -0.547914), (-0.015942, -0.99976, 0.015033), (-0.548107, -0.003837, -0.836399)39.459751, -1.30309, 132.800507
9given(1), (1), (1)
10given(0.833846, -0.029407, -0.551213), (-0.019535, -0.999526, 0.023773), (-0.551651, -0.009055, -0.834026)40.22459, -2.48523, 132.649017
11given(1), (1), (1)
12given(0.821611, -0.008057, -0.569992), (0.000334, -0.999893, 0.014616), (-0.570048, -0.012199, -0.821521)42.050598, -1.31192, 131.525681
13given(1), (1), (1)
14given(0.831893, -0.034914, -0.553837), (-0.022329, -0.999317, 0.029458), (-0.554487, -0.012139, -0.832104)39.3965, -1.81845, 132.51799
15given(1), (1), (1)
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17given(1), (1), (1)
18given(0.83598, -0.019898, -0.548399), (-0.007473, -0.999663, 0.024879), (-0.548709, -0.0167, -0.835847)39.527012, -2.57625, 133.019135
19given(1), (1), (1)
20given(0.825431, 0.005776, -0.564474), (0.003982, -0.999982, -0.004409), (-0.564489, 0.001391, -0.825439)41.866268, 0.43834, 131.759918
21given(1), (1), (1)
22given(0.834354, -0.021583, -0.550807), (-0.011835, -0.999704, 0.021245), (-0.551103, -0.011207, -0.834362)39.91309, -2.22789, 132.753418
23given(1), (1), (1)
24given(0.832704, -0.009258, -0.553641), (-0.007505, -0.999957, 0.005432), (-0.553667, -0.000368, -0.832738)40.26115, -0.47406, 132.631439
25given(1), (1), (1)
26given(0.829286, -0.035633, -0.557687), (-0.011914, -0.998865, 0.046107), (-0.558697, -0.031591, -0.82877)40.648491, -5.73668, 131.899734
27given(1), (1), (1)
28given(0.830096, -0.03594, -0.556461), (-0.049126, -0.998754, -0.008776), (-0.555452, 0.034621, -0.830827)40.14864, 3.66861, 132.950516

-
要素

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 13種, 26分子 ANBOCPDQERFSGTHUIVJWKXLYMZ

#1: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide I


分子量: 57093.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00396, cytochrome-c oxidase
#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase polypeptide II


分子量: 26068.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P68530
#3: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase polypeptide III


分子量: 29725.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00415
#4: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide IV / Cytochrome c oxidase subunit IV isoform 1 / COX IV-1


分子量: 16913.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00423
#5: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide Va


分子量: 12083.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00426
#6: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa / Cytochrome c oxidase polypeptide Vb


分子量: 10684.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00428
#7: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa-heart / COXVIAH / Cytochrome c oxidase polypeptide VIb


分子量: 9532.667 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07471
#8: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase polypeptide VII / Cytochrome c oxidase subunit AED / Cytochrome c oxidase ...Cytochrome c oxidase polypeptide VII / Cytochrome c oxidase subunit AED / Cytochrome c oxidase subunit VIb isoform 1 / COX VIb-1


分子量: 9411.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00429
#9: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase polypeptide VIc / Cytochrome c oxidase subunit STA


分子量: 8537.019 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P04038
#10: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit VIIIc / VIIIC / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-heart / Cytochrome c ...Cytochrome c oxidase subunit VIIIc / VIIIC / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-heart / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-H / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-muscle / Cytochrome c oxidase subunit VIIa-M


分子量: 6553.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P07470
#11: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIb / IHQ


分子量: 5442.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13183
#12: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIIA / Cytochrome c oxidase polypeptide VIIc


分子量: 5362.319 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00430
#13: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase polypeptide VIII-heart / Cytochrome c oxidase subunit 8-1 / Cytochrome c ...Cytochrome c oxidase polypeptide VIII-heart / Cytochrome c oxidase subunit 8-1 / Cytochrome c oxidase subunit 8H / IX / VIIIb


分子量: 4738.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P10175

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 12

#14: タンパク質 Cytochrome c


分子量: 11751.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P00004
#30: 糖 ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 17種, 2309分子

#15: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#16: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#17: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#18: 化合物
ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#19: 化合物 ChemComp-PER / PEROXIDE ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#20: 化合物
ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#21: 化合物
ChemComp-TGL / TRISTEAROYLGLYCEROL / TRIACYLGLYCEROL / トリステアリン


分子量: 891.480 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C57H110O6
#22: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#23: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#24: 化合物
ChemComp-CHD / CHOLIC ACID / コ-ル酸


分子量: 408.571 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40O5
#25: 化合物 ChemComp-PEK / (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 2-ARACHIDONOYL-1-STEAROYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 768.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H78NO8P / コメント: リン脂質*YM
#26: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#27: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 15 / 由来タイプ: 合成
#28: 化合物 ChemComp-PSC / (7R,17E,20E)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSA-17,20-DIEN-1-AMINIUM 4-OXIDE / PHOSPHATIDYLCHOLINE / 2-LINOLEOYL-1-PALMITOYL-SN-GYCEROL-3-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 759.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H81NO8P / コメント: リン脂質*YM
#29: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#31: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#32: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode / pH: 8
詳細: 15mM sodium phosphate, pH 8.0, 0.7% fluorinated octylmaltoside, 0.2% decylmaltoside, 3% ethylene glycol, 5% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 397399 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 1.36 / Net I/av σ(I): 17.007 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 1960373
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
2-2.023.798850.6230.5990.72499.5
2.02-2.033.799620.6640.5570.72499.40.933
2.03-2.053.898510.6790.4980.74699.50.8390.982
2.05-2.073.898960.740.4690.74299.30.7890.925
2.07-2.093.899460.7350.4240.75699.50.7160.838
2.09-2.113.898440.7420.4130.75999.40.7010.819
2.11-2.133.899240.7860.3720.77999.40.6340.74
2.13-2.153.898530.8140.3450.76299.40.590.688
2.15-2.183.999520.8440.3190.79899.40.5480.638
2.18-2.23.998320.8460.2940.899.30.5090.592
2.2-2.233.999420.8650.2740.8299.30.4740.551
2.23-2.253.998420.8740.250.84599.20.4360.506
2.25-2.28498250.8820.2360.91599.20.4120.478
2.28-2.31499040.9010.2130.84999.20.3760.435
2.31-2.344.198390.9090.1980.85399.10.350.405
2.34-2.374.199260.930.180.852990.3240.373
2.37-2.414.198590.9340.1660.86698.90.2990.344
2.41-2.444.298430.9460.150.885990.2740.315
2.44-2.484.3100140.9320.1440.93399.70.2590.299
2.48-2.524.599270.9320.1390.96499.90.2510.289
2.52-2.564.699570.9380.131.00499.90.2380.273
2.56-2.614.798970.9420.121.08499.80.2210.253
2.61-2.664.899500.9480.1081.12799.70.2020.231
2.66-2.714.999110.9490.11.18299.70.1880.214
2.71-2.774.999730.9590.0911.24399.60.1720.196
2.77-2.84599370.9620.0851.28599.50.1620.184
2.84-2.915.199380.9670.0751.29399.60.1450.165
2.91-2.995.299080.9750.0671.32899.40.1310.148
2.99-3.085.399490.9810.0611.36999.60.1220.137
3.08-3.175.499370.9830.0551.45499.70.1110.124
3.17-3.295.699610.9870.0491.57599.80.1040.115
3.29-3.425.899820.9890.0451.77999.80.0980.109
3.42-3.586.199630.9890.0462.18199.90.1040.114
3.58-3.766.7100240.9920.0442.4411000.1040.113
3.76-46.9100180.9940.0372.4141000.0910.098
4-4.317.199730.9950.0322.2541000.0790.085
4.31-4.747.3100250.9960.0282.0481000.0710.077
4.74-5.437.5100430.9960.0271.811000.0670.072
5.43-6.837.6100550.9970.0241.5171000.0620.066
6.83-507.3101320.9960.0251.75699.30.0610.066

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0048精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DYR and 1HRC

2dyr

1hrc


解像度: 2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.2045 / WRfactor Rwork: 0.162 / FOM work R set: 0.7862 / SU B: 9.054 / SU ML: 0.116 / SU R Cruickshank DPI: 0.1297 / SU Rfree: 0.1284 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2074 19990 5 %RANDOM
Rwork0.1665 ---
obs0.1686 377338 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 166.2 Å2 / Biso mean: 48.152 Å2 / Biso min: 17.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.78 Å20 Å20.24 Å2
2--3.62 Å20 Å2
3----1.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30158 0 2183 2237 34578
Biso mean--71.26 55.59 -
残基数----3768
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.02633567
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2052.01745237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.58453776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.55823.0781303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.469155100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.90815131
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.24770
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0240.02924471
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2043.41515126
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4855.08518884
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.65118441
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.5452
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A4373LOOSE POSITIONAL0.165
1A4373LOOSE THERMAL3.0410
2B1866LOOSE POSITIONAL0.295
2B1866LOOSE THERMAL5.2410
3C2573LOOSE POSITIONAL0.425
3C2573LOOSE THERMAL3.3810
4D1187LOOSE POSITIONAL0.665
4D1187LOOSE THERMAL4.5810
5E852LOOSE POSITIONAL0.265
5E852LOOSE THERMAL2.2210
6F749LOOSE POSITIONAL0.785
6F749LOOSE THERMAL4.4810
7G704LOOSE POSITIONAL0.715
7G704LOOSE THERMAL4.5710
8H662LOOSE POSITIONAL0.585
8H662LOOSE THERMAL8.6110
9I601LOOSE POSITIONAL0.685
9I601LOOSE THERMAL6.310
10J489LOOSE POSITIONAL0.675
10J489LOOSE THERMAL5.1110
11K384LOOSE POSITIONAL0.235
11K384LOOSE THERMAL6.710
12L380LOOSE POSITIONAL0.315
12L380LOOSE THERMAL2.5610
13M335LOOSE POSITIONAL0.425
13M335LOOSE THERMAL4.7310
14869LOOSE POSITIONAL0.545
14869LOOSE THERMAL8.1210
LS精密化 シェル解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 1459 -
Rwork0.313 27295 -
all-28754 -
obs--97.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.36420.0095-0.07440.13750.0750.40920.00470.04430.0499-0.0374-0.00240.0074-0.0395-0.052-0.00230.04540.02480.01110.02340.01310.0159-2.46810.920333.7561
20.5142-0.0779-0.18130.15190.07980.453-0.01530.042-0.0321-0.03680.023-0.05080.02320.1012-0.00760.0550.03030.0220.0623-0.00970.024823.9593-9.914827.2901
30.2143-0.1037-0.10020.20820.15190.54220.0145-0.07220.10710.02510.0171-0.0318-0.15030.0157-0.03160.0980.00570.02010.0315-0.03370.06055.311319.098562.0657
40.58020.008-0.0810.09920.0360.18440.01370.1452-0.0466-0.0585-0.02470.031-0.0029-0.05880.0110.07080.0263-0.00020.0522-0.0120.0271-14.9622-11.296316.9191
51.7936-0.4925-0.44541.06940.46481.1455-0.056-0.2158-0.23160.0657-0.01270.06210.223-0.01380.06870.0675-0.0290.01430.05760.01540.0943-38.62-31.059935.1935
60.70780.44750.42280.84640.55290.55550.0934-0.15010.0280.1519-0.13050.14540.0568-0.25020.03710.04690.0070.04810.17750.00860.0622-31.6217-0.876960.3435
70.690.0329-0.47660.1818-0.12681.08470.0651-0.18070.10020.0590.0218-0.0722-0.17730.2234-0.08690.1308-0.04440.00770.0767-0.05980.109721.490923.153567.5275
80.7139-0.80530.09451.69240.30030.5459-0.0131-0.15050.11690.07340.1688-0.33240.02640.2499-0.15570.01020.0045-0.00170.2612-0.06940.135347.89642.56844.703
92.950.719-0.53750.2651-0.28030.3478-0.0298-0.0771-0.4549-0.0494-0.0484-0.1090.08660.07810.07830.15680.03930.04750.0699-0.05250.181212.3357-27.82721.1523
100.8109-0.0806-0.32110.37970.06181.23560.14230.11740.2593-0.0680.0010.0093-0.42-0.2542-0.14330.22360.10750.02090.06950.01070.2083-11.322232.595147.7737
110.3462-0.2777-0.17380.23110.10470.43170.0860.1764-0.1454-0.0804-0.09940.12850.052-0.22410.01340.20110.0177-0.00890.2631-0.00650.09820.7476-7.27062.1483
121.15650.1945-0.38750.16150.12781.0173-0.02050.12320.096-0.1291-0.01070.0659-0.2086-0.08310.03120.16280.0721-0.00020.06950.05290.0907-12.366217.524723.0532
132.34650.8792-1.0150.3915-0.2481.59160.03260.0930.1266-0.09160.00280.0701-0.1763-0.0531-0.03540.18160.0852-0.01820.11560.0630.0768-11.287412.281612.3375
140.3129-0.0542-0.15330.14620.09590.5813-0.0223-0.08810.01590.09850.0663-0.03290.08120.124-0.0440.08990.0463-0.01860.0636-0.01840.009319.2947-0.9429105.6131
150.42060.0634-0.12490.2071-0.0520.50420.0009-0.12640.1140.05640.0732-0.1087-0.05030.2877-0.07410.0226-0.0031-0.03220.2444-0.12460.120744.90929.626696.5361
160.29520.03220.07670.26160.13430.5018-0.00430.0402-0.06940.02620.0261-0.0160.22060.0185-0.02170.13270.020.00010.0257-0.01110.01679.8022-19.353678.1938
170.4774-0.1356-0.24860.17710.09970.4745-0.015-0.18550.11840.16310.0963-0.04710.00820.1707-0.08130.19120.0326-0.02520.1353-0.03510.040818.150711.6181126.6039
182.39840.2562-0.25030.91730.19480.85680.05670.09320.32280.01930.04950.0815-0.1254-0.1025-0.10620.18340.06410.07270.03150.03990.0711-11.426931.7685124.0653
190.1772-0.0976-0.21320.86350.99631.5618-0.03140.02980.00080.0226-0.12290.2251-0.002-0.35450.15420.08050.01780.01450.18540.01710.0858-19.94651.0314100.4757
201.23880.0120.42890.2829-0.11140.5699-0.01140.2675-0.1415-0.03850.048-0.02650.13190.1311-0.03650.18130.07320.00980.1206-0.0580.056220.5906-23.527564.7265
210.74330.0289-0.89850.48060.59512.47410.01970.0522-0.0283-0.01910.0653-0.1311-0.08580.2743-0.08490.01760.00090.01470.2729-0.07580.128554.4694-2.722968.6443
222.3-0.6683-0.79660.4629-0.00170.54660.1483-0.02410.46670.06180.0319-0.1896-0.19140.1306-0.18030.1635-0.0946-0.01710.283-0.16020.266538.860827.6905107.7976
231.04810.28670.28130.30940.18521.08280.0793-0.1862-0.38420.1370.0104-0.04840.4486-0.063-0.08970.3659-0.02930.02170.06260.07260.16433.5854-32.523299.3213
242.32430.2862-1.16380.2991-0.24471.22620.0894-0.4040.18210.19020.0464-0.0653-0.03180.2276-0.13580.18670.0606-0.08430.3957-0.10890.06739.34567.3514130.4352
250.43190.09250.19530.2360.20160.5051-0.1227-0.0252-0.06510.16620.1107-0.00730.28490.14190.0120.35770.12640.0170.13630.04750.067116.7001-17.481120.495
263.1927-1.4902-1.02180.77720.48881.5808-0.1619-0.2958-0.02140.22290.1374-0.03440.26180.28680.02450.33230.1065-0.0690.19220.01860.027323.5186-12.3533128.8741
273.1276-0.13530.01783.5780.39263.1804-0.26750.03430.9187-0.17660.1084-0.1501-0.9610.27290.15910.4372-0.1223-0.02050.0396-0.00290.375541.278426.997519.8774
284.34491.21770.83882.27741.22372.6393-0.0156-0.1238-0.6420.1413-0.1013-0.42061.01620.30310.11690.54230.29250.02760.3395-0.06790.434562.6153-27.245593.1504
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 608
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 303
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 311
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 201
5X-RAY DIFFRACTION5E5 - 202
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 102
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 103
8X-RAY DIFFRACTION8H7 - 85
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 101
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 102
11X-RAY DIFFRACTION11K6 - 54
12X-RAY DIFFRACTION12L2 - 102
13X-RAY DIFFRACTION13M1 - 101
14X-RAY DIFFRACTION14N1 - 614
15X-RAY DIFFRACTION15O1 - 301
16X-RAY DIFFRACTION16P3 - 310
17X-RAY DIFFRACTION17Q4 - 201
18X-RAY DIFFRACTION18R5 - 109
19X-RAY DIFFRACTION19S1 - 102
20X-RAY DIFFRACTION20T1 - 103
21X-RAY DIFFRACTION21U7 - 85
22X-RAY DIFFRACTION22V1 - 73
23X-RAY DIFFRACTION23W1 - 102
24X-RAY DIFFRACTION24X6 - 54
25X-RAY DIFFRACTION25Y2 - 101
26X-RAY DIFFRACTION26Z1 - 101
27X-RAY DIFFRACTION2710 - 201
28X-RAY DIFFRACTION2820 - 201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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