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- PDB-5ixf: Solution structure of the STAM2 SH3 with AMSH derived peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ixf
タイトルSolution structure of the STAM2 SH3 with AMSH derived peptide complex
要素
  • STAM-binding protein
  • Signal transducing adapter molecule 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / STAM2 / SH3 / endosome / traffic / AMSH
機能・相同性
機能・相同性情報


ESCRT-0 complex / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / : / hippocampal neuron apoptotic process / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / deubiquitinase activity / membrane fission / multivesicular body assembly / negative regulation of Ras protein signal transduction ...ESCRT-0 complex / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / : / hippocampal neuron apoptotic process / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; オメガペプチターゼ / deubiquitinase activity / membrane fission / multivesicular body assembly / negative regulation of Ras protein signal transduction / metal-dependent deubiquitinase activity / K63-linked deubiquitinase activity / protein deubiquitination / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / cleavage furrow / RHOU GTPase cycle / mitotic cytokinesis / endocytic vesicle / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / phosphatidylinositol binding / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / ubiquitin binding / macroautophagy / EGFR downregulation / Negative regulation of MET activity / Metalloprotease DUBs / metallopeptidase activity / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / early endosome membrane / early endosome / Ub-specific processing proteases / endosome / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / proteolysis / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / STAM2, SH3 domain / STAMBP/STALP-like, MPN domain / USP8 dimerisation domain / USP8 dimerisation domain / VHS domain / VHS domain / VHS domain profile. / Domain present in VPS-27, Hrs and STAM / Ubiquitin interaction motif ...: / STAM2, SH3 domain / STAMBP/STALP-like, MPN domain / USP8 dimerisation domain / USP8 dimerisation domain / VHS domain / VHS domain / VHS domain profile. / Domain present in VPS-27, Hrs and STAM / Ubiquitin interaction motif / ENTH/VHS / Ubiquitin-interacting motif. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / SH3 Domains / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / SH3 domain / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
STAM-binding protein / Signal transducing adapter molecule 2 / STAM-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Hologne, M. / Cantrelle, F.X. / Trivelli, X. / Walker, O.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-14-OHRI-0006-01 フランス
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: NMR Reveals the Interplay among the AMSH SH3 Binding Motif, STAM2, and Lys63-Linked Diubiquitin.
著者: Hologne, M. / Cantrelle, F.X. / Riviere, G. / Guilliere, F. / Trivelli, X. / Walker, O.
履歴
登録2016年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Signal transducing adapter molecule 2
B: STAM-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9032
ポリマ－13,9032
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1360 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area6060 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Signal transducing adapter molecule 2 / STAM-2 / Hrs-binding protein


分子量: 12465.770 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain, residues 196-263 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STAM2, HBP / プラスミド: pETM60 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O75886
#2: タンパク質・ペプチド STAM-binding protein


分子量: 1437.705 Da / 分子数: 1 / 断片: SBM motif, UNP residues 228-241 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: C9JK83, UniProt: O95630*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-15N NOESY
121isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
131isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HNCA
161isotropic13D HN(CO)CA
171isotropic13D C(CO)NH
181isotropic13D H(CCO)NH
191isotropic13D CBCA(CO)NH
1101isotropic13D HN(CA)CB

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 250 uM [U-13C; U-15N] UIM-SH3, 250 uM SBM motif of AMSH, 20 mM sodium phosphate, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O
Label: 13C_15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
250 uMUIM-SH3[U-13C; U-15N]1
250 uMSBM motif of AMSHnatural abundance1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
0.02 %sodium azidenatural abundance1
試料状態詳細: no details / イオン強度: 20 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
HADDOCKBonvinstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5 / 詳細: no details
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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