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- PDB-5tbn: Solution NMR structure of PHF20 PHD domain in complex with a hist... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tbn
タイトルSolution NMR structure of PHF20 PHD domain in complex with a histone H3K4me2 peptide
要素
  • Histone H3.1
  • PHD finger protein 20
キーワードTRANSCRIPTION / STRUCTURAL PROTEIN / PHD finger / Methylated lysine / TRANSCRIPTION - STRUCTURAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NSL complex / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication ...NSL complex / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / epigenetic regulation of gene expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Stabilization of p53 / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / Regulation of TP53 Degradation / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / HATs acetylate histones / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / gene expression / nuclear membrane / Estrogen-dependent gene expression / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
PHD finger protein 20, AT hook / PHD finger protein 20, AT-hook / DNA repair protein Crb2, Tudor domain / DNA repair protein Crb2 Tudor domain / PHD finger protein 20-like / PhD finger domain / Tudor domain / Tudor domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 ...PHD finger protein 20, AT hook / PHD finger protein 20, AT-hook / DNA repair protein Crb2, Tudor domain / DNA repair protein Crb2 Tudor domain / PHD finger protein 20-like / PhD finger domain / Tudor domain / Tudor domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.1 / PHD finger protein 20
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Cui, G. / Botuyan, M.V. / Mer, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA132878 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016
タイトル: PHF20 Readers Link Methylation of Histone H3K4 and p53 with H4K16 Acetylation.
著者: Klein, B.J. / Wang, X. / Cui, G. / Yuan, C. / Botuyan, M.V. / Lin, K. / Lu, Y. / Wang, X. / Zhao, Y. / Bruns, C.J. / Mer, G. / Shi, X. / Kutateladze, T.G.
履歴
登録2016年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月2日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support
Item: _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42025年4月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHD finger protein 20
C: Histone H3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2424
ポリマ－8,1112
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1010 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area5280 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 PHD finger protein 20 / Glioma-expressed antigen 2 / Hepatocellular carcinoma-associated antigen 58 / Novel zinc finger ...Glioma-expressed antigen 2 / Hepatocellular carcinoma-associated antigen 58 / Novel zinc finger protein / Transcription factor TZP


分子量: 6834.700 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 646-699 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHF20, C20orf104, GLEA2, HCA58, NZF, TZP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BVI0
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3.1 / Histone H3/a / Histone H3/b / Histone H3/c / Histone H3/d / Histone H3/f / Histone H3/h / Histone ...Histone H3/a / Histone H3/b / Histone H3/c / Histone H3/d / Histone H3/f / Histone H3/h / Histone H3/i / Histone H3/j / Histone H3/k / Histone H3/l


分子量: 1276.490 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 2-12 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D 1H-15N NOESY
132isotropic12D 1H-13C HSQC
142isotropic13D HN(CA)CB
152isotropic13D CBCA(CO)NH
162isotropic13D HNCO
172isotropic13D NH(CA)CO
182isotropic13D HBHA(CO)NH
192isotropic13D CCH-TOCSY
1102isotropic13D 1H-15N NOESY
1112isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1122isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1132isotropic13D 13C,15N-filtered, 13C/15N-edited NOESY
1143isotropic12D 1H-13C HSQC
1153isotropic12D 1H-1H NOESY
1163isotropic12D 1H-1H COSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.5 mM [U-15N] PHF20 PHD domain, 6.0 mM H3K4me2 peptide, 25 mM sodium phosphate, 0.3 mM DSS, 1.5 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solution21.5 mM [U-13C; U-15N] PHF20 PHD domain, 6.0 mM H3K4me2 peptide, 25 mM sodium phosphate, 0.3 mM DSS, 1.5 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O15N_13C_sample90% H2O/10% D2O
solution32 mM H3K4me2 peptide, 25 mM sodium phosphate, 0.3 mM DSS, 1.5 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2ONatural_abundance90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMPHF20 PHD domain[U-15N]1
6.0 mMH3K4me2 peptidenatural abundance1
25 mMsodium phosphatenatural abundance1
0.3 mMDSSnatural abundance1
1.5 mMsodium azidenatural abundance1
1.5 mMPHF20 PHD domain[U-13C; U-15N]2
6.0 mMH3K4me2 peptidenatural abundance2
25 mMsodium phosphatenatural abundance2
0.3 mMDSSnatural abundance2
1.5 mMsodium azidenatural abundance2
2 mMH3K4me2 peptidenatural abundance3
25 mMsodium phosphatenatural abundance3
0.3 mMDSSnatural abundance3
1.5 mMsodium azidenatural abundance3
試料状態イオン強度: 20 mM sodium phosphate mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / PH err: 0.2 / 圧: 101325 Pa / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz / 詳細: Cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
SANEDuggan, Legge, Dyson & Wrightchemical shift assignment
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Amber14Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman精密化
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 9
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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