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万見
- PDB-5ixe: 1.75A RESOLUTION STRUCTURE OF 5-Fluoroindole BOUND BETA-GLYCOSIDA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ixe
タイトル1.75A RESOLUTION STRUCTURE OF 5-Fluoroindole BOUND BETA-GLYCOSIDASE (W33G) FROM SULFOLOBUS SOLFATARICUS
要素Beta-galactosidase
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / ALLOSTERIC ACTIVATION / SWITCHABLE ENZYME / CHEMICAL RESCUE
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / beta-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...: / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-fluoro-1H-indole / Beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Lovell, S. / Battaile, K.P. / Mehzabeen, N. / Budiardjo, S.J. / Karanicolas, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB130049 米国
引用ジャーナル: ACS Synth Biol / 年: 2016
タイトル: Full and Partial Agonism of a Designed Enzyme Switch.
著者: Budiardjo, S.J. / Licknack, T.J. / Cory, M.B. / Kapros, D. / Roy, A. / Lovell, S. / Douglas, J. / Karanicolas, J.
履歴
登録2016年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-galactosidase
B: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,86211
ポリマ－113,2602
非ポリマー6019
水10,233568
1
A: Beta-galactosidase
ヘテロ分子

A: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,98012
ポリマ－113,2602
非ポリマー71910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area3950 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area33530 Å2
手法PISA
2
A: Beta-galactosidase
ヘテロ分子

B: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,86211
ポリマ－113,2602
非ポリマー6019
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area2810 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area34710 Å2
手法PISA
3
B: Beta-galactosidase
ヘテロ分子

B: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,74310
ポリマ－113,2602
非ポリマー4838
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area3380 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area34190 Å2
手法PISA
4
A: Beta-galactosidase
B: Beta-galactosidase
ヘテロ分子

A: Beta-galactosidase
B: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,72322
ポリマ－226,5214
非ポリマー1,20218
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area11250 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area63790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.706, 167.706, 95.871
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Beta-galactosidase / Lactase


分子量: 56630.230 Da / 分子数: 2 / 変異: W33G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: lacS, SSO3019 / プラスミド: pET29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(2DE3) pLysS / 参照: UniProt: P22498, beta-galactosidase
#2: 化合物 ChemComp-14O / 5-fluoro-1H-indole / 5-フルオロ-1H-インド-ル


分子量: 135.138 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H6FN
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.21 % / 解説: Colorless prism
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 45% 2,-methyl-2,4-pentanediol, 100 mM Bis-Tris, 200 mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→48.41 Å / Num. obs: 155679 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 23.56 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 1526719 / Scaling rejects: 39
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.75-1.7810.11.1621100
9.59-48.419.80.04199.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation8.45 Å83.83 Å
Translation8.45 Å83.83 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX(dev_2026)精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EAN

4ean


解像度: 1.75→34.063 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1 / 位相誤差: 18.94
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1728 7720 4.96 %
Rwork0.1527 --
obs0.1537 155583 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 89.67 Å2 / Biso mean: 29.8072 Å2 / Biso min: 15.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→34.063 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7854 0 34 568 8456
Biso mean--42.69 38.69 -
残基数----973
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0098294
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00611341
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581147
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071476
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1712981
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.75-1.76990.3122590.269149235182
1.7699-1.79070.28871930.252749445137
1.7907-1.81260.29442800.247348705150
1.8126-1.83550.26543060.234448105116
1.8355-1.85970.24842560.225849425198
1.8597-1.88510.22482730.209748825155
1.8851-1.91210.21342280.196949385166
1.9121-1.94060.20492790.190148225101
1.9406-1.97090.23092740.189849195193
1.9709-2.00320.20992690.181648725141
2.0032-2.03780.22292900.17648855175
2.0378-2.07480.19382600.169649055165
2.0748-2.11470.18762160.165349125128
2.1147-2.15790.1892750.164648935168
2.1579-2.20480.19322700.161649195189
2.2048-2.25610.18552440.152548895133
2.2561-2.31250.1792620.15149245186
2.3125-2.3750.1632400.143249265166
2.375-2.44480.17442310.143549685199
2.4448-2.52370.16072760.139249115187
2.5237-2.61390.15312650.133549305195
2.6139-2.71850.15982750.13949035178
2.7185-2.84220.1742190.144349715190
2.8422-2.99190.16652560.141549445200
2.9919-3.17930.15992690.138249205189
3.1793-3.42450.14472600.138549645224
3.4245-3.76880.12992200.133549905210
3.7688-4.31320.14742350.122450315266
4.3132-5.43060.162690.137149945263
5.4306-34.06940.16942710.173951625433

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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