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- PDB-5ixb: Structure of human Melanoma Inhibitory Activity (MIA) Protein in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ixb
タイトルStructure of human Melanoma Inhibitory Activity (MIA) Protein in complex with Pyrimidin-2-amine
要素Melanoma-derived growth regulatory protein
キーワードCELL ADHESION / all beta / SH3 domain-like fold / extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular matrix organization / growth factor activity / :
類似検索 - 分子機能
Melanoma-derived growth regulatory protein / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PYRIMIDIN-2-AMINE / Melanoma-derived growth regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Yip, K.T. / Gasper, R. / Zhong, X.Y. / Seibel, N. / Puetz, S. / Autzen, J. / Scherkenbeck, J. / Hofmann, E. / Stoll, R.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Small Molecules Antagonise the MIA-Fibronectin Interaction in Malignant Melanoma.
著者: Yip, K.T. / Zhong, X.Y. / Seibel, N. / Putz, S. / Autzen, J. / Gasper, R. / Hofmann, E. / Scherkenbeck, J. / Stoll, R.
履歴
登録2016年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Melanoma-derived growth regulatory protein
B: Melanoma-derived growth regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8256
ポリマ－24,5162
非ポリマー3084
水4,774265
1
A: Melanoma-derived growth regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4123
ポリマ－12,2581
非ポリマー1542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Melanoma-derived growth regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4123
ポリマ－12,2581
非ポリマー1542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.440, 47.480, 87.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 3 and (name O or name...
21(chain B and ((resid 3 and (name O or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET

Dom-IDComponent-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMET(chain A and ((resid 3 and (name O or name...AA34
12GLNGLN(chain A and ((resid 3 and (name O or name...AA3 - 1074 - 108
13GLNGLN(chain A and ((resid 3 and (name O or name...AA3 - 1074 - 108
14GLNGLN(chain A and ((resid 3 and (name O or name...AA3 - 1074 - 108
15GLNGLN(chain A and ((resid 3 and (name O or name...AA3 - 1074 - 108
16GLNGLN(chain A and ((resid 3 and (name O or name...AA3 - 1074 - 108
17GLNGLN(chain A and ((resid 3 and (name O or name...AA3 - 1074 - 108
18GLNGLN(chain A and ((resid 3 and (name O or name...AA3 - 1074 - 108
19GLNGLN(chain A and ((resid 3 and (name O or name...AA3 - 1074 - 108
110GLNGLN(chain A and ((resid 3 and (name O or name...AA3 - 1074 - 108
111GLNGLN(chain A and ((resid 3 and (name O or name...AA3 - 1074 - 108
112GLNGLN(chain A and ((resid 3 and (name O or name...AA3 - 1074 - 108
113GLNGLN(chain A and ((resid 3 and (name O or name...AA3 - 1074 - 108
114GLNGLN(chain A and ((resid 3 and (name O or name...AA3 - 1074 - 108
115GLNGLN(chain A and ((resid 3 and (name O or name...AA3 - 1074 - 108
116GLNGLN(chain A and ((resid 3 and (name O or name...AA3 - 1074 - 108
21METMET(chain B and ((resid 3 and (name O or name...BB34
22GLNGLN(chain B and ((resid 3 and (name O or name...BB3 - 1074 - 108
23GLNGLN(chain B and ((resid 3 and (name O or name...BB3 - 1074 - 108
24GLNGLN(chain B and ((resid 3 and (name O or name...BB3 - 1074 - 108
25GLNGLN(chain B and ((resid 3 and (name O or name...BB3 - 1074 - 108
26GLNGLN(chain B and ((resid 3 and (name O or name...BB3 - 1074 - 108
27GLNGLN(chain B and ((resid 3 and (name O or name...BB3 - 1074 - 108
28GLNGLN(chain B and ((resid 3 and (name O or name...BB3 - 1074 - 108
29GLNGLN(chain B and ((resid 3 and (name O or name...BB3 - 1074 - 108
210GLNGLN(chain B and ((resid 3 and (name O or name...BB3 - 1074 - 108
211GLNGLN(chain B and ((resid 3 and (name O or name...BB3 - 1074 - 108
212GLNGLN(chain B and ((resid 3 and (name O or name...BB3 - 1074 - 108
213GLNGLN(chain B and ((resid 3 and (name O or name...BB3 - 1074 - 108
214GLNGLN(chain B and ((resid 3 and (name O or name...BB3 - 1074 - 108
215GLNGLN(chain B and ((resid 3 and (name O or name...BB3 - 1074 - 108
216GLNGLN(chain B and ((resid 3 and (name O or name...BB3 - 1074 - 108

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.000825, 0.999995, 0.003006), (0.999999, -0.000827, 0.000635), (0.000638, 0.003005, -0.999995)
ベクター: 11.7372, -11.8566, 65.672699)

-
要素

#1: タンパク質 Melanoma-derived growth regulatory protein / Melanoma inhibitory activity protein


分子量: 12258.138 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-131 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MIA / プラスミド: pQE-40 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q16674
#2: 化合物 ChemComp-LGA / PYRIMIDIN-2-AMINE


分子量: 95.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5N3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 100 mM Tris/HCl, pH 8.2, 20% MPD, 8% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97962 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月9日
放射モノクロメーター: double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97962 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→50 Å / Num. obs: 40375 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 15.36 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 28.53
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.39-1.430.2496.66196.2
1.43-1.470.2218.44198.8
1.47-1.510.19511.351100
1.51-1.550.15914.821100
1.55-1.610.12917.451100
1.61-1.660.10421.121100
1.66-1.720.09123.691100
1.72-1.790.07828.561100
1.79-1.870.0731.781100
1.87-1.970.06335.261100
1.97-2.070.0638.241100
2.07-2.20.05643.341100
2.2-2.350.05443.71100
2.35-2.540.05243.971100
2.54-2.780.0546.21100
2.78-3.110.04948.771100
3.11-3.590.04848.71100
3.59-4.40.04649.461100
4.4-6.220.04650.231100
6.220.04846.981100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.436
最高解像度最低解像度
Rotation19.14 Å1.95 Å
Translation19.14 Å1.95 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10-2155精密化
XSCALEVERSION July 4, 2012 BUILT=20130617データスケーリング
MOLREPVers 11.2.05; 31.07.2013位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1I1J

1i1j


解像度: 1.39→43.745 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 14.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1598 2019 10 %
Rwork0.1323 --
obs0.1337 40373 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 142.31 Å2 / Biso mean: 24.1098 Å2 / Biso min: 7.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.39→43.745 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1680 0 38 265 1983
Biso mean--37.1 30.62 -
残基数----210
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011860
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1052516
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091250
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008332
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.265718
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1438X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.236
12B1438X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.236
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.39-1.42470.17461350.13532565270096
1.4247-1.46320.18211410.11912690283199
1.4632-1.50630.16161430.108227022845100
1.5063-1.55490.17381430.110427182861100
1.5549-1.61050.16591420.106327062848100
1.6105-1.6750.171450.105127442889100
1.675-1.75120.16691430.112727322875100
1.7512-1.84360.15191440.110227212865100
1.8436-1.95910.1581440.118327392883100
1.9591-2.11030.15751440.116527482892100
2.1103-2.32270.13151450.11927592904100
2.3227-2.65870.16971470.137227752922100
2.6587-3.34950.17021480.147928122960100
3.3495-43.76670.15641550.152729433098100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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