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- PDB-5ix7: Crystal structure of metallo-DNA nanowire with infinite one-dimen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ix7
タイトルCrystal structure of metallo-DNA nanowire with infinite one-dimensional silver array
要素DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*TP*(CBR)P*GP*AP*CP*TP*CP*C)-3')
キーワードDNA / nanowire / X-ray analysis / metallo-base pairs / silver
機能・相同性SILVER ION / : / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.398 Å
データ登録者Kondo, J. / Tada, Y. / Dairaku, T. / Hattori, Y. / Saneyoshi, H. / Ono, A. / Tanaka, Y.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
MEXT24245037 日本
MEXTS1201015 日本
Murata Science Foundation 日本
引用ジャーナル: Nat Chem / 年: 2017
タイトル: A metallo-DNA nanowire with uninterrupted one-dimensional silver array
著者: Kondo, J. / Tada, Y. / Dairaku, T. / Hattori, Y. / Saneyoshi, H. / Ono, A. / Tanaka, Y.
履歴
登録2016年3月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*TP*(CBR)P*GP*AP*CP*TP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4289
ポリマ－3,7021
非ポリマー7258
水1,58588
1
A: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*TP*(CBR)P*GP*AP*CP*TP*CP*C)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*TP*(CBR)P*GP*AP*CP*TP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,85518
ポリマ－7,4052
非ポリマー1,45116
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area5080 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area3570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.150, 30.150, 118.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

AG

21A-106-

AG

31A-203-

HOH

41A-219-

HOH

51A-232-

HOH

61A-237-

HOH

71A-239-

HOH

81A-248-

HOH

91A-256-

HOH

101A-261-

HOH

111A-268-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*TP*(CBR)P*GP*AP*CP*TP*CP*C)-3')


分子量: 3702.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-AG / SILVER ION


分子量: 107.868 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ag
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: MOPS (pH 7.0), Spermine, MPD, KNO3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→26.111 Å / Num. obs: 11942 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.02 % / Biso Wilson estimate: 10.16 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 1.169 / Net I/σ(I): 19.68 / Num. measured all: 119653 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.4-1.439.2720.2846.9584109059070.9470.301100
1.43-1.4710.4770.2199.6988018408400.9710.231100
1.47-1.5210.4980.17311.7488718458450.9880.182100
1.52-1.5610.6020.17411.7584928018010.9880.183100
1.56-1.6110.6420.15613.6283437847840.9840.165100
1.61-1.6710.5090.13915.7782817887880.9850.146100
1.67-1.7310.4430.12318.4774987187180.990.129100
1.73-1.810.4220.11319.6374417147140.9930.119100
1.8-1.8810.3480.10421.0370686836830.9930.11100
1.88-1.9810.2230.09722.7164716336330.9940.102100
1.98-2.0810.0830.08624.2662116166160.9950.091100
2.08-2.219.7620.07826.7457015845840.9960.082100
2.21-2.369.4820.07128.2552535545540.9970.076100
2.36-2.559.480.06829.5649205195190.9980.071100
2.55-2.89.3380.06530.4742304534530.9960.068100
2.8-3.139.5620.0631.2640834274270.9980.064100
3.13-3.619.6160.05631.4636353783780.9990.06100
3.61-4.429.1490.04831.3129463223220.9990.051100
4.42-6.257.5020.04429.3318082412410.9990.047100
6.25-26.1118.8150.05432.1711901361350.9930.05899.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.4_486精密化
XSCALEデータスケーリング
AutoSol位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.398→26.111 Å / FOM work R set: 0.9069 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 15.73 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1886 1195 10.01 %
Rwork0.1651 10742 -
obs0.1675 11937 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.05 Å / VDWプローブ半径: 0.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.499 Å2 / ksol: 0.542 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 57.2 Å2 / Biso mean: 25.09 Å2 / Biso min: 5.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5821 Å20 Å2-0 Å2
2--0.5821 Å20 Å2
3----1.1643 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.398→26.111 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 241 8 88 337
Biso mean--16.46 33.59 -
残基数----12
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019269
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31411
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08846
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01512
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d33.488125
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.3976-1.45350.27841660.193911691335
1.4535-1.51970.22481400.187311771317
1.5197-1.59980.22941260.199712031329
1.5998-1.70.23561140.176112201334
1.7-1.83120.20461060.164811871293
1.8312-2.01540.24091270.174112361363
2.0154-2.30690.17681240.152411921316
2.3069-2.90590.1611670.136111561323
2.9059-26.11520.15321250.16912021327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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