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- PDB-5iwd: HCMV DNA polymerase subunit UL44 complex with a small molecule -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iwd
タイトルHCMV DNA polymerase subunit UL44 complex with a small molecule
要素DNA polymerase processivity factor
キーワードREPLICATION/REPLICATION INHIBITOR / covalent inhibitor / HCMV Pol accessory subunit / protein-protein interaction / human cytomegalovirus / DNA polymerase / processivity factor / REPLICATION-REPLICATION INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bidirectional double-stranded viral DNA replication / DNA polymerase processivity factor activity / virion component / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / DNA replication / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus polymerase accessory protein / Herpesvirus polymerase accessory protein / Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / : / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6EV / DNA polymerase processivity factor
類似検索 - 構成要素
生物種Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Chen, H. / Coen, D.M. / Hogle, J.M. / Filman, D.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI019838 米国
引用ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2017
タイトル: A Small Covalent Allosteric Inhibitor of Human Cytomegalovirus DNA Polymerase Subunit Interactions.
著者: Chen, H. / Coseno, M. / Ficarro, S.B. / Mansueto, M.S. / Komazin-Meredith, G. / Boissel, S. / Filman, D.J. / Marto, J.A. / Hogle, J.M. / Coen, D.M.
履歴
登録2016年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月1日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase processivity factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2154
ポリマ－32,5901
非ポリマー6253
水181
1
A: DNA polymerase processivity factor
ヘテロ分子

A: DNA polymerase processivity factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4318
ポリマ－65,1812
非ポリマー1,2506
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
Buried area1620 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area27210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.801, 127.041, 66.003
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase processivity factor / Polymerase accessory protein / PAP / Protein ICP36


分子量: 32590.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス)
株: AD169 / 遺伝子: UL44 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16790
#2: 化合物 ChemComp-6EV / 5-methylidene-3-(methylsulfanyl)-2-benzothiophen-4(5H)-one


分子量: 208.300 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H8OS2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細authors have indicated that the correct residue in this position is a Ser

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.06 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1 uL of 10 mg/mL UL44 in the storage buffer (20 mM Tris (pH 7.5), 500 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 2 mM DTT and 5% glycerol) and 1 uL crystallization buffer (75 mM ammonium sulfate, 50 mM HEPES (pH ...詳細: 1 uL of 10 mg/mL UL44 in the storage buffer (20 mM Tris (pH 7.5), 500 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 2 mM DTT and 5% glycerol) and 1 uL crystallization buffer (75 mM ammonium sulfate, 50 mM HEPES (pH 7.5) and 10% PEG4K) were mixed in hanging drops. Crystals were obtained by vapor diffusion over a 1.8 M NaCl solution, after one day

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 12483 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 27.1
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: BD1YYP

解像度: 2.56→27.122 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 600 4.81 %RANDOM
Rwork0.2125 ---
obs0.215 12465 97.55 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→27.122 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2055 0 39 1 2095
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082150
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1022925
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2971343
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063340
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006369
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5603-2.81770.32711680.27642882X-RAY DIFFRACTION98
2.8177-3.22480.30881580.25512989X-RAY DIFFRACTION100
3.2248-4.06070.28121260.22943028X-RAY DIFFRACTION99
4.0607-27.12330.24431480.18922966X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5182.1743-0.7560.6978-0.88951.65710.1923-0.13890.17010.3822-0.08050.22350.3936-0.1580.01060.5002-0.0307-0.04190.4107-0.16310.387634.061436.5981-7.3769
22.3390.34950.29211.3592-0.75682.4858-0.04220.32720.15490.1216-0.0576-0.01970.07490.083-0.00020.7033-0.04020.00350.6425-0.04110.648335.086835.9833-11.0024
31.99012.44610.14321.3056-1.85340.08080.10230.18950.0960.39620.3130.7453-0.37520.038-0.00820.76070.03590.10920.8040.01180.816716.017516.734-6.2358
42.16580.2708-0.57673.1952-2.55261.53130.03160.0839-0.20230.23510.41240.8774-0.44880.02830.01480.55090.02660.10780.67870.04310.854913.882213.274-3.1737
5-0.29760.37280.5215-0.64180.28551.41780.26280.5172-0.88590.53331.52110.5919-1.2748-0.3150.61860.5917-0.1219-0.17751.06980.26821.089512.896416.8965-14.4486
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 53 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 54 through 128 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 129 through 185 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 186 through 260 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 261 through 276 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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