PDB-5iw4: Crystal structure of E. coli NudC in complex with NAD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5iw4

タイトル

Crystal structure of E. coli NudC in complex with NAD

要素

NADH pyrophosphatase

キーワード

HYDROLASE / NAD / RNA / capping / Nudix

機能・相同性

機能・相同性情報

: / NADP catabolic process / NAD+ diphosphatase / NAD+ diphosphatase activity / NADH pyrophosphatase activity / RNA NAD-cap (NMN-forming) hydrolase activity / NAD-cap decapping / NAD catabolic process / mRNA stabilization / NADH metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli B354 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Li, S. / Du, J. / Patel, D.J.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure and function of the bacterial decapping enzyme NudC.
著者: Hofer, K. / Li, S. / Abele, F. / Frindert, J. / Schlotthauer, J. / Grawenhoff, J. / Du, J. / Patel, D.J. / Jaschke, A.

履歴

登録	2016年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月20日	Group: Database references
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5iw4.cif.gz	228.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5iw4.ent.gz	185.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5iw4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5iw4_validation.pdf.gz	941.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5iw4_full_validation.pdf.gz	955.5 KB	表示
XML形式データ	5iw4_validation.xml.gz	24.1 KB	表示
CIF形式データ	5iw4_validation.cif.gz	31.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/5iw4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iw/5iw4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5iw5C 1vk6S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5isy-d 2gb5-d 2nuj-1 5hpk-d 4g96-d 4g9a-d 4xu6-1 6ya2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: NADH pyrophosphatase

B: NADH pyrophosphatase

ヘテロ分子

61.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.932, 99.369, 113.655
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NADH pyrophosphatase / NudC 分子量: 29812.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli B354 (大腸菌) / 株: B354 / 遺伝子: nudC / プラスミド: pET-Sumo / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: D6JHV3, UniProt: P32664*PLUS, NAD+ diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.98 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M sodium nitrate, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 18712 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 23.5
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1VK6

1vk6

解像度: 2.6→45.53 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.82

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	958	5.13 %
R_work	0.2	-	-
obs	0.202	18662	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→45.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4181	0	90	136	4407

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	4383
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.061	5968
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.652	1626
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	627
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	762

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6007-2.7378	0.3175	145	0.249	2433	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7378-2.9093	0.2623	123	0.2449	2508	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9093-3.1339	0.3199	153	0.2396	2455	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1339-3.4491	0.2721	122	0.2222	2538	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4491-3.948	0.2443	157	0.1884	2512	X-RAY DIFFRACTION	100
3.948-4.9731	0.1832	132	0.1616	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9731-45.5316	0.2427	126	0.1914	2692	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.6938	1.9594	-1.2486	7.1296	-1.6134	4.258	-0.2016	0.417	0.335	-0.6525	0.1756	0.2387	-0.4673	-0.0819	0.294	0.4828	0.0873	-0.112	0.3387	-0.0107	0.3487	8.2848	-1.1614	-53.4731
2	0.9381	0.214	-2.0301	4.923	1.0116	8.4747	0.1646	0.9368	-0.1781	-0.6953	-0.2138	1.4935	-1.3424	-1.6237	0.0945	0.5343	0.1958	-0.2449	0.6558	-0.1154	0.6777	-0.9536	-4.0638	-53.3368
3	5.5147	5.2138	-1.9963	7.1969	-6.0082	8.2685	-0.0599	0.1332	0.4932	-1.2837	0.2011	0.6569	0.0389	0.0593	0.0176	0.5343	0.0785	-0.1304	0.3749	-0.1299	0.3223	10.3355	-2.7727	-55.7772
4	5.5021	-1.0748	-2.5416	0.6139	1.515	6.9214	0.0388	0.0082	0.3182	-0.1091	-0.3094	0.4784	-0.5947	-0.8285	0.2133	0.3055	0.0473	-0.0724	0.3488	-0.0646	0.4223	4.6988	-3.2105	-46.5524
5	1.6603	1.0047	0.1394	2.8756	-0.5605	2.5846	-0.2232	0.1693	-0.093	-0.3824	0.1463	-0.1418	-0.307	0.2625	0.0886	0.2817	0.0101	0.0126	0.2256	-0.0778	0.3546	21.2169	-2.9355	-38.981
6	6.2125	2.5937	-1.6867	1.9661	-0.5546	6.3923	0.2279	0.0739	0.1746	0.0081	0.0147	0.4027	-0.589	-0.0016	-0.1965	0.3191	0.0669	-0.0439	0.2191	-0.0147	0.3299	18.9841	-10.1433	-21.1259
7	0.1905	0.1206	1.2571	3.2371	-0.5063	5.9613	-0.0299	-0.0367	-0.1399	0.2882	-0.0213	0.1164	0.0962	0.0116	0.0285	0.1209	0.0306	0.0246	0.3167	0.0386	0.3795	16.5258	-15.9103	-20.6595
8	6.3337	-2.9904	-0.2992	4.1583	0.3575	5.994	-0.1296	-0.1436	-0.7652	0.1285	-0.1292	0.4252	0.2796	-0.5801	0.3553	0.2683	-0.0522	-0.0193	0.3989	-0.0688	0.666	6.3891	-24.2567	-22.7588
9	6.197	-0.1945	0.1652	6.2556	-1.4055	1.7685	-0.3725	-0.5268	0.5324	0.5773	0.2146	0.0675	-0.502	-0.127	0.2168	0.3038	0.0115	-0.1122	0.5907	-0.161	0.513	44.3973	2.879	-21.8444
10	8.1388	-1.4857	-1.1664	5.3404	-1.2124	6.7392	-0.0998	-0.5427	0.4777	0.1017	0.1669	-0.4399	-0.2544	0.3377	-0.0152	0.2887	-0.0249	-0.0112	0.2863	-0.1654	0.4139	46.2271	-0.0889	-19.3526
11	8.8752	-3.2963	-1.1272	4.7042	-0.2868	9.5858	-0.142	0.27	0.738	-0.1064	-0.1903	-0.8492	0.2502	0.4266	0.2101	0.2896	0.0425	-0.0258	0.4408	-0.0516	0.4704	48.7981	-2.5798	-31.1117
12	3.2314	-1.9889	1.0288	4.6663	-2.4438	3.7741	-0.1045	-0.2821	0.0558	0.033	0.0404	0.0178	-0.1512	-0.1541	0.0827	0.2394	-0.0155	-0.0381	0.2943	-0.0636	0.3053	31.3751	4.4315	-30.1447
13	1.9607	-2.4482	-0.922	9.8488	3.9194	2.6536	0.1659	-0.0949	-0.0439	-0.1259	-0.1296	0.2064	0.0526	-0.2739	-0.024	0.1499	-0.0183	-0.0403	0.358	0.0036	0.3794	28.5961	-12.6757	-39.3124
14	2.4839	-4.549	-1.1448	8.5712	1.5179	4.6851	0.4468	0.6589	0.7701	-1.3619	-0.177	-1.4015	-0.525	0.5915	-0.3367	0.4382	-0.0711	0.0983	0.5366	-0.0456	0.461	34.6615	-16.7766	-46.3193
15	0.5096	-0.3715	-0.7097	4.5189	2.6075	3.0613	-0.0641	0.1046	-0.0155	-0.113	-0.1048	0.0061	0.0908	-0.1269	0.1763	0.2568	0.045	0.0241	0.3191	-0.0148	0.3815	27.83	-21.5427	-41.5443
16	9.8931	2.4891	0.2949	8.9293	-0.9377	2.1044	0.2436	0.2099	0.2686	0.1475	-0.139	-0.2389	-0.8725	0.0163	-0.0855	0.6721	0.0656	0.1554	0.4079	-0.0655	0.3445	35.8376	-26.4526	-53.6246
17	2.6307	1.576	-0.6757	6.6581	2.0638	6.6568	-0.083	-0.4766	-0.2489	0.6598	0.1473	-0.3256	0.0748	0.2236	-0.0845	0.3298	0.1121	0.0206	0.5275	-0.0173	0.372	39.133	-31.961	-37.2535

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 0 THROUGH 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 24 THROUGH 36 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 37 THROUGH 49 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 50 THROUGH 75 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 76 THROUGH 146 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 147 THROUGH 179 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 180 THROUGH 227 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'A' AND (RESID 228 THROUGH 256 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 0 THROUGH 23 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 24 THROUGH 57 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 58 THROUGH 75 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 76 THROUGH 115 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 116 THROUGH 146 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND (RESID 147 THROUGH 166 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'B' AND (RESID 167 THROUGH 210 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'B' AND (RESID 211 THROUGH 227 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'B' AND (RESID 228 THROUGH 257 )

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新型コロナ情報

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