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- PDB-5iw1: Crystal Structure of B4.2.3 T-Cell Receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iw1
タイトルCrystal Structure of B4.2.3 T-Cell Receptor
要素
  • T-CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN
  • T-CELL RECEPTOR BETA CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / T-cell Receptor / TCR / B4.2.3 / B423 / MHC Class I / MOLECULAR RECOGNITION / HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.001 Å
データ登録者Natarajan, K. / Jiang, J. / Margulies, D.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: An allosteric site in the T-cell receptor C beta domain plays a critical signalling role.
著者: Natarajan, K. / McShan, A.C. / Jiang, J. / Kumirov, V.K. / Wang, R. / Zhao, H. / Schuck, P. / Tilahun, M.E. / Boyd, L.F. / Ying, J. / Bax, A. / Margulies, D.H. / Sgourakis, N.G.
履歴
登録2016年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN
B: T-CELL RECEPTOR BETA CHAIN
C: T-CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN
D: T-CELL RECEPTOR BETA CHAIN
E: T-CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN
F: T-CELL RECEPTOR BETA CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,7036
ポリマ－145,7036
非ポリマー00
水00
1
A: T-CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN
B: T-CELL RECEPTOR BETA CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5682
ポリマ－48,5682
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3860 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20770 Å2
手法PISA
2
C: T-CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN
D: T-CELL RECEPTOR BETA CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5682
ポリマ－48,5682
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20710 Å2
手法PISA
3
E: T-CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN
F: T-CELL RECEPTOR BETA CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5682
ポリマ－48,5682
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.112, 96.112, 167.578
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 T-CELL RECEPTOR ALPHA CHAIN


分子量: 21658.111 Da / 分子数: 3 / 変異: T163C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / Cell: T LYMPHOCYTE / 細胞株: B4.2.3 T CELL HYBRIDOMA / 遺伝子: TCRAV2S6J38 / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: タンパク質 T-CELL RECEPTOR BETA CHAIN


分子量: 26909.424 Da / 分子数: 3 / 変異: S167C, C181A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / Cell: T LYMPHOCYTE / 細胞株: B4.2.3 T CELL HYBRIDOMA / 遺伝子: TCRAV2S6J38 / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 / 詳細: 16% PEG 4000, 0.1M TRIS, 0.2M Magnesium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月7日
放射モノクロメーター: SI III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→48.1 Å / Num. obs: 32680 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 70.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 65.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1690精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IVX

5ivx


解像度: 3.001→48.056 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 31.01
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2675 1966 6.02 %Random
Rwork0.2402 ---
obs0.243 32680 94.43 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.001→48.056 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10062 0 0 0 10062
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00210332
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60813995
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.983771
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0231491
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031821
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0023-3.07730.3114930.31341464X-RAY DIFFRACTION59
3.0773-3.16050.38191060.31521734X-RAY DIFFRACTION71
3.1605-3.25340.31991210.28982013X-RAY DIFFRACTION81
3.2534-3.35840.28671490.27992254X-RAY DIFFRACTION91
3.3584-3.47830.30231500.27732331X-RAY DIFFRACTION94
3.4783-3.61750.31751620.26482293X-RAY DIFFRACTION93
3.6175-3.7820.27771640.25692309X-RAY DIFFRACTION93
3.782-3.98120.2631410.25182337X-RAY DIFFRACTION94
3.9812-4.23030.24371360.23512347X-RAY DIFFRACTION95
4.2303-4.55640.22721630.18962306X-RAY DIFFRACTION93
4.5564-5.01390.2111290.18772335X-RAY DIFFRACTION95
5.0139-5.73720.25521470.20812328X-RAY DIFFRACTION94
5.7372-7.21980.27051340.23632323X-RAY DIFFRACTION95
7.2198-37.42460.32891390.26032336X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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