PDB-5ivp: Crystal structure of the Peptidyl-tRNA hydrolase from Vibrio chol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ivp

タイトル

Crystal structure of the Peptidyl-tRNA hydrolase from Vibrio cholerae in the C121 space group at pH 6.5

要素

Peptidyl-tRNA hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Peptidyl-tRNA hydrolase / Vibrio cholerae / Space group C121 / pH 6.5

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-tRNA hydrolase / peptidyl-tRNA hydrolase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / rescue of stalled ribosome / tRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Shahid, S. / Kabra, A. / Pal, R.K. / Arora, A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the Peptidyl-tRNA hydrolase from Vibrio cholerae in the C121 space group at pH 6.5
著者: Shahid, S. / Kabra, A. / Pal, R.K. / Arora, A.

履歴

登録	2016年3月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ivp.cif.gz	162.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ivp.ent.gz	129.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ivp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ivp_validation.pdf.gz	450.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ivp_full_validation.pdf.gz	453 KB	表示
XML形式データ	5ivp_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	5ivp_validation.cif.gz	24.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/5ivp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/5ivp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zxpS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5zk0-2 5fra-6 4dzz-2 3oui-d 4j25-1 5onk-d 2nv0-2 3ou2-d 5zab-6 6vcj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-tRNA hydrolase

B: Peptidyl-tRNA hydrolase

ヘテロ分子

43.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidyl-tRNA hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peptidyl-tRNA hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.861, 44.507, 108.231
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.97, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- FLC
2	1	B-201- FLC
3	1	A-371- HOH

#1: タンパク質	Peptidyl-tRNA hydrolase / PTH 分子量: 21776.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌) 株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: pth, VC_2184 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: Q9KQ21, peptidyl-tRNA hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION 分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	TEV protease site was present cleaved in the purification process

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.61 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Sodium citrate 0.2 Ammonium acetate, 17.5 % Polyethylene glycol 4000 protein concentration 8 mg/ml

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年8月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→107.7 Å / Num. obs: 22748 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 32.5
反射シェル	解像度: 2.01→2.08 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZXP

4zxp

解像度: 2.01→107.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 8.921 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.178 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22443	1175	5.2 %	RANDOM
R_work	0.16116	-	-	-
obs	0.1644	21569	95.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.248 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.08 Å²	-0 Å²	-0.77 Å²
2-	-	4.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→107.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2996	0	26	122	3144

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	3079
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3028
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.737	1.983	4157
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.856	3	6969
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.116	5	389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.273	24.58	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.773	15	536
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.322	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	460
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	3489
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	675
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.487	2.961	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.487	2.959	1561
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.375	4.414	1949
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.375	4.415	1950
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.171	3.331	1516
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.172	3.332	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.727	4.853	2207
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.276	24.042	3432
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.263	23.922	3405
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.011→2.063 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.267	72	-
R_work	0.185	1452	-
obs	-	-	86.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7062	-0.0227	0.274	0.2509	-0.2419	0.647	0.0396	0.0448	-0.0598	-0.0311	-0.0165	0.0268	0.0253	0.0204	-0.0231	0.0874	0.0039	-0.0154	0.0063	-0.0187	0.0845	83.8648	44.4852	149.1266
2	0.6723	-0.4432	0.7725	0.3461	-0.7097	1.6585	-0.0755	0.0185	0.1173	0.0315	-0.0085	-0.0649	0.0261	0.0205	0.084	0.1132	0.0436	-0.0404	0.032	-0.0154	0.0371	71.9587	63.6376	122.0641

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 197
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 197

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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