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- PDB-5iv8: The LPS Transporter LptDE from Klebsiella pneumoniae, core complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iv8
タイトルThe LPS Transporter LptDE from Klebsiella pneumoniae, core complex
要素
  • LPS biosynthesis protein
  • LPS-assembly lipoprotein LptE
キーワードTRANSPORT PROTEIN / LptD / LptE / lipopolysaccharide / Transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / : / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
LptD, C-terminal / LPS-assembly protein LptD / LPS transport system D / Lipoprotein like domain / Lipopolysaccharide-assembly / LPS-assembly lipoprotein LptE / Organic solvent tolerance-like, N-terminal / LptA/(LptD N-terminal domain) LPS transport protein / Double Stranded RNA Binding Domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. ...LptD, C-terminal / LPS-assembly protein LptD / LPS transport system D / Lipoprotein like domain / Lipopolysaccharide-assembly / LPS-assembly lipoprotein LptE / Organic solvent tolerance-like, N-terminal / LptA/(LptD N-terminal domain) LPS transport protein / Double Stranded RNA Binding Domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LPS-assembly lipoprotein LptE / : / LPS-assembly protein LptD
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.938 Å
データ登録者Botos, I. / McCarthy, J.G. / Buchanan, S.K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structural and Functional Characterization of the LPS Transporter LptDE from Gram-Negative Pathogens.
著者: Botos, I. / Majdalani, N. / Mayclin, S.J. / McCarthy, J.G. / Lundquist, K. / Wojtowicz, D. / Barnard, T.J. / Gumbart, J.C. / Buchanan, S.K.
履歴
登録2016年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Database references
改定 1.22016年6月15日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LPS biosynthesis protein
B: LPS-assembly lipoprotein LptE
C: LPS biosynthesis protein
D: LPS-assembly lipoprotein LptE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,40512
ポリマ－177,9534
非ポリマー2,4528
水362
1
A: LPS biosynthesis protein
B: LPS-assembly lipoprotein LptE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,8965
ポリマ－88,9772
非ポリマー9193
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9170 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area34600 Å2
手法PISA
2
C: LPS biosynthesis protein
D: LPS-assembly lipoprotein LptE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,5097
ポリマ－88,9772
非ポリマー1,5325
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7190 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area33670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.020, 173.050, 84.757
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 LPS biosynthesis protein


分子量: 69113.391 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 203-782 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: AU361_02400 / プラスミド: pJGM013 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U3IWD2, UniProt: C4T9I0*PLUS
#2: タンパク質 LPS-assembly lipoprotein LptE


分子量: 19863.355 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 20-196 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: lptE, APU20_03225, SM74_00486, SM87_01358 / プラスミド: pJGM030 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0J4W1Y0
#3: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.31 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 22% PEG4K, 200mM ammonium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.938→46.58 Å / Num. obs: 41834 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 16.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Q35

4q35


解像度: 2.938→41.414 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 32.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2839 1989 5.55 %
Rwork0.235 --
obs0.2378 35870 83.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.938→41.414 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11177 0 168 2 11347
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211606
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48815712
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1176884
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421640
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042051
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9377-3.01110.367360.3022737X-RAY DIFFRACTION25
3.0111-3.09250.3014520.29041069X-RAY DIFFRACTION37
3.0925-3.18350.33671220.29231599X-RAY DIFFRACTION57
3.1835-3.28620.3291250.28652239X-RAY DIFFRACTION77
3.2862-3.40360.35671490.27842611X-RAY DIFFRACTION90
3.4036-3.53980.37441550.2782753X-RAY DIFFRACTION96
3.5398-3.70080.32031710.27732780X-RAY DIFFRACTION97
3.7008-3.89580.33861660.25742784X-RAY DIFFRACTION97
3.8958-4.13960.27711670.23692838X-RAY DIFFRACTION98
4.1396-4.45890.2631640.19822875X-RAY DIFFRACTION99
4.4589-4.9070.21111740.17262861X-RAY DIFFRACTION100
4.907-5.61550.23931720.20622901X-RAY DIFFRACTION100
5.6155-7.06930.3141730.23762904X-RAY DIFFRACTION100
7.0693-41.41840.2371630.22682930X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 30.6673 Å / Origin y: -56.9339 Å / Origin z: -64.1474 Å
111213212223313233
T0.0962 Å2-0.2053 Å2-0.0617 Å2-0.0869 Å2-0.2196 Å2--0.0772 Å2
L0.0031 °2-0.0659 °2-0.0387 °2--0.021 °2-0.0915 °2--0.16 °2
S-0.003 Å °-0.0016 Å °-0.0199 Å °-0.1191 Å °0.086 Å °-0.0004 Å °0.121 Å °0.0084 Å °0.1372 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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